En China existen desde el año 500 antes de Cristo. En 1630 ya se mencionaban allí más de 500 variedades. En Europa, especialmente en Holanda, se conocen desde mediados del siglo XVII, pero su difusión general no se produjo hasta el siglo XIX. El crisantemo fue apreciado por primera vez en China como planta medicinal.
Está clasificado en el material médico chino más antiguo, Shennong Ben Cao Jing (principios de la era moderna), en la categoría de medicamentos superiores y forma parte de los productos relacionados con la búsqueda de la inmortalidad. «En uso prolongado, levanta la inhibición de la sangre y el qi, alivia el cuerpo, retrasa el envejecimiento y prolonga la vida», dice el clásico. «Aligerar el cuerpo» era un objetivo para alcanzar el estado etéreo de los inmortales capaces de volar y «montar en las nubes». A partir de las dinastías Jin y Tang (en torno al siglo V d.C.), el crisantemo comenzó a ser apreciado como planta ornamental, al tiempo que seguía utilizándose con fines dietéticos.
La primera monografía sobre el crisantemo se publicó en 1104 d.C. Liu Meng (劉蒙),:296-97 el autor de un «Tratado sobre el crisantemo» (菊譜),:242 clasifica los crisantemos según sus colores: los normales son los amarillos, luego vienen los blancos, los morados y finalmente los rojos. Enumera un total de 35 variedades cultivadas que podían observarse en los jardines cercanos a los santuarios budistas de las Grutas de Longmen. En el siglo XVI, el famoso médico y herborista Li Shizhen, en su Gran Tratado de Materia Médica, da cuenta de un centenar de cultivares. Les atribuye algunas propiedades medicinales como «eliminar el calor y las toxinas», «mejorar la agudeza visual», etc. En 1630, un estudio de más de 500 cultivares 17 y unos 2000 a principios del siglo XX.
El primer autor europeo que menciona el crisantemo es Jacobus Breynius (Jacob Breyn) en 1689 en su Prodromus Plantarum Rariorum. Este comerciante y botánico describe la Matricaria japonica maxima, como una planta de floración muy elegante, doble, de color rosa o rojo claro 20 y que existe en varias variedades. La primera descripción botánica del crisantemo de los floristas se debe a Thomas d’Audibert de Ramatuelle. En 1792, en el Journal of Natural History, este botánico describe la planta cultivada, de grandes flores purpurinas, traída de China por el navegante Marseillais Blancard, con el nombre de «Manzanilla de grandes flores», Anthemis grandiflora. Insiste en distinguirla del Chrysanthemum indicum de Linnaeus, de pequeñas cabezas amarillas. Propone en una nota llamarla también Chrysanthemum morifolium. A partir de esta primera planta cultivada traída de China en 1789 por Blancard, luego de las traídas (de China en 1846 y de Japón en 1863) se crearán en Europa miles de cultivares e híbridos. Se unieron miles de cultivares desarrollados de forma independiente en China y Japón, existiendo en la actualidad un enorme complejo de cultivares (se estima que de 20.000 a 30.000).
El autor Wilhelm Miller escribe: «Los crisantemos comunes de los floristas (C. hortorum) se denominan a menudo ‘de flor grande’ y ‘crisantemos de otoño’, para distinguirlos de las especies resistentes de exterior. Son la mezcla de C. indicum y C. morifolium, dos especies de plantas que crecen de forma silvestre en China y Japón. Los crisantemos de exterior o resistentes se derivan de la misma especie, siendo formas menos desarrolladas. El crisantemo de floristería no es necesariamente de invernadero»
Las más de 1.000 variedades que existen en Europa desde el siglo XIX se dividen en numerosas variedades. Los híbridos indicum, como grupo más antiguo, tienen el crisantemo chrysanthemum (Chrysanthemum indicum) como progenitor.