Jen aquí –
¿Interesado en entender cómo tomamos datos morfológicos de animales extintos y los usamos para inferir una historia evolutiva? Estos árboles pueden usarse como marco para poner a prueba diferentes cuestiones macroevolutivas relacionadas con la distribución de las especies, la paleoecología, las tasas de cambio, ¡y mucho más! Esperamos preparar el terreno para explicar cómo se realiza cada paso. Lo primero es construir una matriz de caracteres.
Antes de sumergirse en algo específico, le sugiero que piense un poco en la evolución, la filogenia y toda la terminología básica que entra en este campo. Te recomendaría que trabajaras con The Compleat Cladist: A Primer of Phylogenetic Procedures. Esto no pretende ser una guía exhaustiva, sino más bien prepararle para explorar el programa y generar una matriz de caracteres de prueba.
Paso 1: Aprenda sobre su grupo de estudio
Esto implicará MUCHA lectura y buceo en la historia de los animales que le interesan. En algunos casos esto es fácil, ¡en otros es muy difícil! No voy a insistir demasiado en esto, pero es fácil olvidar por dónde empezar. Yo empezaría por usar Google Scholar para investigar tu grupo de interés más la evolución, la morfología, la filogenia. Luego probablemente tendrás que ir a la biblioteca armado con una lista de literatura mucho más antigua que tú para comenzar realmente tu inmersión profunda. Recuerde que las ideas cambian con el tiempo, así que empezar por el principio es realmente valioso para aprender cómo han cambiado las ideas.
Lo que es importante es que también aprenda sobre la homología y trabaje para entender los elementos homólogos de sus criaturas. La homología es simplemente la similitud debida a la herencia de un ancestro común. La comprensión y la evaluación de la homología pueden ser diferentes según el grupo que estés estudiando. Por ejemplo, los equinodermos se consideran así desde hace tiempo y hay varios esquemas. Uno de ellos tiene en cuenta el cuerpo en su conjunto y cómo se conectan los elementos, el otro adopta un enfoque más específico mirando las placas específicas alrededor de la boca. No son esquemas mutuamente excluyentes, sino que pueden utilizarse conjuntamente. Otra cosa buena que hay que recordar es que a algunos les gusta pensar que son más correctos que otros; quién puede decirlo, en realidad. Sólo asegúrate de hacer tus propios deberes para formar tus propias opiniones e ideas.
Paso 2: Organiza tu información
Hay varias maneras de hacer esto, podrías simplemente almacenar la información en Excel o Google Sheets o podrías usar un programa diseñado para curar datos de carácter. Yo he utilizado Mesquite para esto. Mesquite es un software disponible gratuitamente que es
«…un software modular y extensible para la biología evolutiva, diseñado para ayudar a los biólogos a organizar y analizar datos comparativos sobre los organismos. Su énfasis está en el análisis filogenético, pero algunos de sus módulos se refieren a la genética de poblaciones, mientras que otros hacen análisis multivariados no filogenéticos. Debido a que es modular, los análisis disponibles dependen de los módulos instalados»
Puede describir fácilmente sus caracteres, añadir nuevos taxones, eliminar taxones, importar o dibujar un árbol y ver cómo los caracteres cambian a través de diferentes topologías de árbol.
Hay una barra de herramientas lateral donde se puede empezar a modificar fácilmente la matriz. Así que puedes cambiar los nombres de los taxones, añadir taxones, cambiar caracteres, añadir caracteres, borrar lo que quieras, ¡y un montón de cosas más con las que realmente no he jugado! Le sugiero que si es la primera vez que lo usa, pase algún tiempo con su matriz falsa trasteando. Una vez que tengas un conjunto de datos considerable aquí, ¡es mejor que no cometas ningún error! Averigüe dónde puede ir mal y solucione los problemas antes de tiempo.
Una forma más fácil de importar tus personajes y los diferentes estados es usar la ventana del editor de nombres de estados. Esto le muestra la lista de sus personajes y todos los diferentes estados que puede tener – usted puede editar fácilmente estos y es una buena manera de organizar los personajes, ya que en la matriz de caracteres el texto está inclinado y un poco difícil de leer.
La funcionalidad de Mesquite se extiende bastante más allá de esto. Si está buscando tutoriales o para empujar los límites del programa aquí hay algunas lecturas adicionales:
- Página de inicio del Proyecto Mesquite (un montón de tutoriales y guías paso a paso)
- Biología Integrativa 200A, antiguo manual de laboratorio
- KU Lab, modificado de Paul Lewis
Paso 3: Exportar su matriz para el análisis
File >Exportar le dará una serie de opciones para exportar su archivo, no olvide también GUARDAR regularmente su archivo para que pueda volver a visitar su matriz para añadirle fácilmente! La mayoría de los programas que infieren filogenias requieren un archivo NEXUS. Este tipo de archivo tiene su matriz y a menudo un poco más de información sobre lo que quiere en el análisis o información sobre los caracteres. Le sugiero que utilice su editor de texto plano favorito y que exporte algunos tipos diferentes para que pueda ver cómo están estructurados y por qué ciertos programas pueden querer diferentes archivos y diferente información!