For det meste lever parasitiske protozoer i et ret konstant miljø. Temperaturen svinger meget lidt eller slet ikke inde i værten, udtørring er ikke en risiko, og der er konstant føde til rådighed. Fritlevende protister er derimod udsat for kort- eller langvarige ændringer i temperatur, vandets surhedsgrad, fødeudbuddet, fugtighed og lys. Mange protozoer reagerer på ugunstige miljøbetingelser ved at omslutte sig selv: de udskiller en tyk, hård væg omkring sig selv og går effektivt ind i en hvilende tilstand, der kan sammenlignes med vinterdvale. Evnen til at danne en modstandsdygtig cyste er udbredt blandt forskellige protistangrupper og er sandsynligvis udviklet tidligt i deres evolutionære historie. Vågnende cyster bliver også let båret af vinden og udgør et vigtigt spredningsmiddel for arter, der lever i jorden eller er almindelige i flygtige damme og bassiner. I klimaer med tydelige kolde årstider kan cysten være en vigtig fase i den årlige livscyklus.
Cystvæggen består af et varierende antal lag, hvis bestanddele er afhængige af arten. Under encysteringsprocessen gennemgår protozocellen en række forandringer, der reducerer organismens kompleksitet betydeligt. Flagellede organismer og ciliater mister deres flageller og cilier, den kontraktile vacuole og fødevakuoler forsvinder, og fordelingen af organeller i cellen kan blive reorganiseret. Hos nogle arter reduceres cellevolumenet betydeligt. Disse ændringer vendes under excystmentprocessen.
Visse marine planktoniske tintinnider er programmeret til at bryde ud af deres cyster i massevis på de tidspunkter af året, hvor fødeudbuddet er rigeligt. Helicostomella subulata, f.eks., udgydes i juni i tempererede farvande og bliver talrig fra juli til oktober. I oktober danner den igen en cyste og synker ned i sedimentet, hvor den forbliver indtil det følgende år. Cysten er en normal del af den årlige livscyklus, og selv laboratoriepopulationer af denne ciliat encysterer på samme tidspunkt som den naturlige population. Denne type livsstrategimønster er blevet påvist hos flere andre ciliater og hos nogle amøber.
For jordboende protozoer er cysten et vigtigt tilflugtssted, når jordfugtigheden forsvinder, eller når jordvandet bliver frosset. I jord, der er udsat for frysning og periodisk kortvarigt optøning, excysterer protozoerne hurtigt, spiser og reproducerer sig og encysterer derefter igen, når jordvandet midlertidigt bliver utilgængeligt for dem.
Cysten spiller en vigtig rolle i livscyklussen hos flere parasitiske protozoer, der har et fritlevende spredningsstadie, såsom Entamoeba histolytica og Cryptosporidium. Cysterne udskilles i værtens afføring og overlever i vand eller jord. Mennesker smittes normalt ved at drikke forurenet vand eller spise rå frugt og grøntsager, der er dyrket, hvor menneskers afføring er brugt som gødning.
A.L. Leu
Nogle ferskvandsprotozoer, især ciliaterne Spirostomum, Loxodes og Plagiopyla, undgår ubehagelige forhold, især iltmangel, ved at opgive deres levevis på bunden og svømme opad for at placere sig på et niveau, hvor der er noget ilt til rådighed, men hvor de ikke er i direkte konkurrence med planktoniske arter. De forbliver der, indtil der igen bliver ilt til rådighed på søens bund, hvorefter de vandrer nedad.
Den udbredte forekomst af mixotrofi, der involverer algesymbiose og tilbageholdelse og fastholdelse af plastider fra fotosyntetiske byttedyr af planktoniske protozoer, menes at være en tilpasning til vandområder, hvor føden er begrænset. Ciliater, der tilbageholder plastider, synes at være langt mere almindelige i vandområder, hvor der er knapt med føde, end i produktive vandområder. Der er et omvendt forhold mellem denne form for mixotrofi og økosystemets produktivitet.