Eliminationsdiæt er en almindelig behandlingsmulighed. Det er vigtigt at tale med en kvalificeret allergolog/gastroenterolog og have en diætist med erfaring i fødevareallergi, før man påbegynder en eliminationsdiæt. Eliminationsdiæten er skræddersyet til den enkelte person. Nogle personer kan være i stand til at identificere den eller de specifikke fødevarer, der udløser symptomer, men de fleste kan ikke. Der kan være tale om mere end én fødevare. Nogle læger kan foreslå fjernelse af op til 6/8 af de mest almindelige fødevareallergener (mælk, æg, soja, hvede, jordnødder/treenødder, skaldyr/fisk). Nyere undersøgelser viser, at mælk, æg, hvede og soja er de mest almindelige fødevareudløsere af EoE, og derfor kan nogle specialister anbefale, at man kun fjerner disse 4 fødevareudløsere. Der findes ingen test (hudpriktest, blodprøve eller lappetest), som pålideligt kan påvise de(n) specifikke fødevareudløser(e) i forbindelse med EoE. Ved enhver eliminationsdiæt er det vigtigt at sikre, at kosten er afbalanceret, at væksten opretholdes, og at der er en plan for at genvurdere den igen.
En elementær diæt består kun af en særlig medicinsk mad kaldet en elementær formel, som indeholder aminosyrer (proteinernes byggesten), fedtstoffer, sukkerstoffer, vitaminer og mineraler. De giver al den ernæring, en person har brug for, hvis der indtages nok.Nogle personer har brug for en sonde for at sikre, at de får nok af formlen, eller for at give spiserøret ro. Patienten får formlen alene i et antal uger og vil derefter få en ny endoskopi for at se, om der er sket en forbedring. Hvis tilstanden er blevet bedre, indføres fødevarer langsomt tilbage i kosten, og der foretages ofte en gentagelse af endoskopien for at sikre fortsat kontrol med genindførelsen af fødevarer.
Medicin kan anvendes alene og/eller sammen med diætbehandling. De mest almindeligemedikamenter, der anvendes ved EoE, er kortikosteroider, der indtages, ofte anvendes en fluticasonpuffer (som indtages) eller budesonidampuller (som laves til en opslæmning). Disse lægemidler dækker spiserøret og hjælper med at slippe af med eosinofile. Der kan også anvendes medicin mod sure opstød. Lægen vil afgøre, hvilken medicin der eventuelt er hensigtsmæssig for den enkelte.
Øsofagaldilatation kan anvendes hos personer med alvorlig forsnævring eller forsnævring af spiserøret for at give øjeblikkelig lindring, og for det andet hos personer med langvarige symptomer, som har prøvet kost eller medicin uden at blive bedre. Selv om dilatation er relativt sikker, er denne behandling mindre bekvem, da den indebærer et endoskopisk indgreb og kun anvendes bedst i nøje udvalgte tilfælde.