FLAG-tag, eller FLAG-oktapeptid eller FLAG-epitop, er et polypeptidproteintag, der kan tilføjes til et protein ved hjælp af rekombinant DNA-teknologi, og som har sekvensmotivet DYKDDDDDDK (hvor D=asparaginsyre, Y=tyrosin og K=lysin). Det er et af de mest specifikke tags, og det er et kunstigt antigen, som der er udviklet specifikke monoklonale antistoffer med høj affinitet mod, og som derfor kan anvendes til oprensning af proteiner ved affinitetskromatografi og også til lokalisering af proteiner i levende celler. Det er blevet anvendt til at adskille rekombinant, overeksprimeret protein fra wild-type-protein, der er udtrykt af værtsorganismen. Det kan også anvendes til isolering af proteinkomplekser med flere underenheder, fordi dets milde oprensningsprocedure ikke har tendens til at forstyrre sådanne komplekser. Det er blevet anvendt til at opnå proteiner af tilstrækkelig renhed og kvalitet til at foretage 3D-strukturbestemmelse ved hjælp af røntgenkrystallografi.
Et FLAG-tag kan anvendes i mange forskellige assays, der kræver genkendelse af et antistof. Hvis der ikke findes noget antistof mod et givet protein, kan man ved at tilføje et FLAG-tag til et protein undersøge proteinet med et antistof mod FLAG-sekvensen. Eksempler herpå er undersøgelser af cellelokalisering ved immunofluorescens, immunoprecipitation eller påvisning ved SDS PAGE-proteinelektroforese og Western Blotting.
Peptidsekvensen af FLAG-tag’et fra N-terminus til C-terminus er: DYKDDDDK (1012 Da). Desuden kan den anvendes i tandem, almindeligvis 3xFLAG-peptidet: DYKDHD-G-DYKDHDHD-I-DYKDDDDDDK (med det sidste tag, der koder for et enterokinase-spaltningssted). Det kan fusioneres med C-terminus eller N-terminus af et protein eller indsættes i et protein. Nogle kommercielt tilgængelige antistoffer (f.eks. M1/4E11) genkender kun epitopen, når den er til stede ved N-terminus. Andre tilgængelige antistoffer (f.eks. M2) er imidlertid ikke positionsuafhængige. Tyrosinresten i FLAG-tag’et kan være sulfateret, hvilket kan påvirke antistoffernes genkendelse af FLAG-epitopen. FLAG-tag’et kan anvendes sammen med andre affinitets-tags, f.eks. et polyhistidin-tag (His-tag), HA-tag eller myc-tag.