Frederik Vilhelm III blev født i Potsdam den 3. august 1770 og efterfulgte sin far, Frederik Vilhelm II, som konge af Preussen i 1797. Han indledte sin regeringstid med at sende sin fars elskerinder og favoritter på porten, og han lod forstå, at han havde til hensigt at ophæve alle eksisterende restriktioner på religion, at afskaffe censuren og at forbedre bøndernes vilkår. Snart trak han sig dog tilbage foran den konservative preussiske adels modstand.
Under Anden Koalitionskrig mod Frankrig klamrede Frederik Vilhelm sig til en farlig og stadig mere isoleret neutralitet. Da Preussen endelig sluttede sig til den tredje koalition, høstede det kun det katastrofale nederlag ved Jena (1806). I den efterfølgende fred i Tilsit (1807) måtte alle Preussens polske og vestlige territorier – ca. halvdelen af dets landmasse – overgives. Denne katastrofe afslørede den sårbare position for et Preussen, der var omgivet af mere folkerige og magtfulde naboer, og gav dermed skub til de centraliserende reformer, som Frederik Vilhelms ministre gennemførte. Disse reformer gjorde det muligt for Preussen at genindtræde i krigen mod Napoleon i 1813. I den tyske historie er denne fornyelse af krigen kendt som befrielseskrigen, fordi den preussiske regering eksplicit fremstillede, at den kæmpede for at rydde tysk jord for den fremmede angriber. I 1815 tildelte Wienerkongressen Preussen visse nye landområder og gav det de fleste af de tabte områder tilbage.
På trods af sine talrige appeller til tysk patriotisme og endog nationalisme under krigen sluttede Frederik Vilhelm sig ved krigens afslutning til det reaktionære parti, der opstod under Wienerkongressen. Han nægtede at indfri sit løfte om at give Preussen en forfatning og beordrede arrestationen af talrige liberale, der havde ladet sig fange i en skødesløs afsløring af deres politiske filosofi. De senere år af hans regeringstid var præget af uformindsket reaktion. De eneste positive resultater var foreningen af de preussiske lutherske og calvinistiske kirker (1817), et udtryk for kongens voksende bekymring for religiøse spørgsmål, og oprettelsen af en nordtysk toldunion (1834), et skridt, der skulle lette udvidelsen af det preussiske politiske herredømme over dette område omkring tre årtier senere. Frederik Vilhelm III døde i Berlin den 7. juni 1840.