Brug pilene til venstre og højre ovenfor for at navigere i diasshowet. Klik på billedet for at holde pause.
Lewis og Clark var de første til at bemærke, at området omkring det nuværende Nebraska City ville være et ideelt sted for en fremtidig by under deres ekspedition til udforskning af Vesten fra 1804 til 1806. Den første begyndelse til Nebraska City kan findes i forbindelse med etableringen af Fort Kearney i 1846. Fort Kearney blev grundlagt i det nuværende Nebraska City, nær bredden af Missouri-floden mellem North Table Creek og South Table Creek. Fort Kearney-militærposten bestod af et blokhus af træstammer og lå på en bakke med udsigt over Missouri-floden nær Nebraska Citys nuværende beliggenhed. Fortets betydning var afhængig af dets beliggenhed ved Missouri-floden, som muliggjorde bedre transport, hvilket gjorde Fort Kearney til et vigtigt forsyningsfort for den amerikanske hær, der opererede i regionen. Aktiviteten i forbindelse med fortet bidrog til at skabe beskæftigelsesmuligheder for de tidlige bosættere, der kom til området. Kort efter etableringen blev fortet forladt, og muligheden for at skabe en by i nærheden af fortet blev ikke realiseret. Ikke desto mindre fortsatte færgen, der blev drevet af John Boulware og placeret på Nebraska City-området for at gøre det lettere for hærens personale at rejse over Missouri-floden, med at være i brug, efter at fortet blev lukket. Denne færge blev benyttet af hundredvis af 49ere, da de krydsede Nebraska Territory på vej til Californien.
I 1854 blev Otoe County oprettet med vedtagelsen af Kansas Nebraska Bill. Dette åbnede op for bosætning i hele Nebraska-territoriet, og samme år blev byens første bygning opført. Nebraska City blev oprindeligt anerkendt den 20. december 1853 med åbningen af Table Creek Post Office. Table Creek var en postadresse i 1853. I 1854 blev Table Creek-samfundet udnævnt til hovedsæde for Otoe County, og den 4. marts samme år ændrede samfundet sit navn fra Table Creek til Nebraska City. Ved navneændringen fra Table Creek til Nebraska City forblev Nebraska City amtssæde for Otoe County.
Nebraska City blev udlagt i juni 1854 og indlemmet den 2. marts 1855. Den oprindelige plade af Nebraska City ligger i centrum af det nuværende Nebraska City. Netværket af veje i forbindelse med den oprindelige plade af byen var designet til at give den nemmeste transport for gods, der skulle bevæge sig fra floden gennem byen og mod vest. Alle byens veje blev anlagt parallelt og vinkelret på Missouri River-segmentet mellem North Table Creek og South Table Creek. Den 16. marts 1855 blev Kearney City, der ligger sydøst for Nebraska City, indlemmet som en by. Dette område er i dag mere almindeligt kendt som Kearney Hill. Kearney Citys gitternet var meget anderledes end nabosamfundet, da vejene var drejet om en akse, sammenlignet med vejene i Nebraska City. Det alternativt retningsbestemte vejnet i Kearney Hill er stadig meget tydeligt i dag. Ud over Kearney City blev et tredje samfund ved navn South Nebraska City indlemmet den 26. januar 1856, og det lå direkte syd for Nebraska City og nord for South Table Creek. Som et separat samfund udviklede dette område også sit helt eget vejsystem. Vejene i South Nebraska City havde samme retningsmæssige linjeføring som vejene i Nebraska City; de var dog forskudt mod øst/vest, hvilket betød, at vejkorridorerne i begge samfund ikke lå i en lige linjeføring. Virkningen af denne orientering af vejbanerne i de to samfund resulterede i vejbaner, der ikke følger byens overordnede gitternet, og en række parceller, der er markant mindre end det typiske udviklingsmønster i byen. I december 1857 blev alle tre samfund endeligt dannet til det, der nu er kendt som Nebraska City.
De tidlige bosættere i Nebraska City var godt klar over manglen på betydelige skovområder, hvilket resulterede i mangel på byggematerialer. For at bekæmpe denne situation begyndte staten at tilbyde mange incitamenter for lokale grundejere til at plante træer. Ud over at etablere sin egen frugtplantage og sit eget arboretum blev Nebraska City-pioneren og indbyggeren J. Sterling Morton en politisk fortaler for træplantning og var grundlæggeren af Arbor Day, som nu er en national begivenhed. Ud over sin indsats i forbindelse med oprettelsen af Arbor Day var J. Sterling Morton lokal-, stats- og forbundspolitiker og sluttede sin politiske karriere i 1897 som landbrugsminister under præsident Grover Cleveland. Mortons hjem i Nebraska City, et palæ med 52 værelser, der er bygget til at ligne Det Hvide Hus i Washington D.C., blev oprindeligt bygget i 1879. I 1923 blev denne bygning omdannet til Arbor Lodge; en statslig historisk park og arboretum.
To år efter borgerkrigens afslutning, den 1. marts 1867, blev Nebraska officielt den 37. stat i Unionen. Indførelsen af Nebraska som stat var med til at tiltrække nye bosættere, og Nebraska Citys beliggenhed som en god overgangssted til Missouri-floden ansporede til ny udvikling i Nebraska City. Det første vækstboom skete, da jernbanen kom til byen, og den lokale økonomi skiftede fra transport af varer på floden til en økonomi baseret på det voksende jernbanenetværk. I april 1871 blev Burlington and Missouri River Railroad bygget og placeret midt i den nyoprettede by, og det førte til gengæld til en stigning i industrierne i området. Med let adgang til jernbane- såvel som pramtrafik fra floden var virksomhederne i stand til at blomstre.
Fremstillingsindustrien har spillet en meget vigtig rolle i samfundets vækst. Den tidlige industrielle udvikling bragte byens befolkningstal op på en rekordhøjde på 7.550 i 1890. Med en førsteklasses beliggenhed ved siden af Missouri-floden og umiddelbar adgang til jernbanetransport var lokale varer i stand til at få adgang til markeder i hele det amerikanske fastlands udviklingsområder. Efterhånden som folk i Nebraska City og det omkringliggende område indså landbrugspotentialet i Nebraska, blev behovet for plove, maskiner og metalvarer fremhævet; de lokale industrier var unikt egnede til at levere disse varer på grund af den fordelagtige beliggenhed langs de store transportruter. I 1888 trykte S.H. Calhoun Jr. en reklamebog, der roste de fordele, som Nebraska City besad med hensyn til industriel vækst.
Nebraska City oplevede en nedgang i den industrielle aktivitet og befolkningstallet fra 1900. Flodtrafikken aftog, og jernbanerne, der oprindeligt var koncentreret i Nebraska City, fortsatte med at danne netværk på tværs af prærien. Godstransport, rejser og industri faldt ligesom indbyggertallet til omkring 7.000, hvor det har ligget i årtier. Den nuværende beskæftigelse omfatter bl.a. plast og fremstilling, produktion af naturgasmålere, elproduktion, kødforarbejdning, detailhandel, uddannelse, sundhedsvæsen og serviceinstitutioner. I 2015 fik en fornyet fokus på oprettelse af små virksomheder og iværksætteri byen til at samarbejde med det private erhvervsliv om oprettelsen af en infrastruktur med fiberoptisk kommunikation i byen.
Nebraska City har bestræbt sig på at bevare sine historiske bygninger og steder, hvilket har resulteret i, at mange af Nebraska Citys bygninger er opført på National Registry of Historic Places samt Nebraskas Historical Registry. På grund af byens historiske småbycharme og nærhed til de store befolkningscentre Omaha, Lincoln og Kansas City udviklede og blomstrede turistindustrien. I 1968 skabte Nebraska City sin ikoniske AppleJack Festival. Denne begivenhed tiltrækker sæsonbestemt turisme til kommunen og blev i 2015 anerkendt som en Top 10 efterårshøstfestival af USA Today. I 1972 blev Arbor Day Foundation grundlagt af John Rosenow, som også førte tilsyn med opførelsen af Lied Lodge and Conference Center i 1993. Arbor Day Foundation er en nonprofitbevarings- og uddannelsesorganisation med en million medlemmer, der har til opgave at inspirere folk til at plante, pleje og fejre træer, og dens Lied Lodge and Conference Center tilbyder en resortlignende atmosfære til konferencer, ledelsesretræter, familiesammenkomster og bryllupper. Missouri River Basin Lewis & Clark Center, der anerkender områdets historie og turismens tiltrækningskraft, har tiltrukket besøgende fra alle 50 stater og adskillige lande hvert år, siden det blev bygget i 2004. Det 3-etagers, 12.000 kvadratmeter store anlæg ligger på en naturskøn 79 hektar stor skovklædt bluff med udsigt over Missouri River og giver nutidens besøgende en fornemmelse af, hvorfor Lewis og Clark lagde mærke til dette område for over 200 år siden.
Ud over den unikke historie bidrager kunsten også til at tiltrække turisterne i Nebraska City. I 2001 blev Kimmel-Harding-Nelson Center for the Arts oprettet i Nebraska City. Centret er årligt vært for mellem 50 og 60 billedkunstnere, forfattere, komponister og tværfaglige kunstnere fra hele landet og fra hele verden, og det kan huse op til fem kunstnere ad gangen i ophold, der varierer fra to til otte uger. Dette opholdsprogram for kunstnere har været med til at forme kunstens ansigt i Nebraska og regionen og har bl.a. bidraget til oprettelsen i 2013 af et kunstprojekt med titlen “An Enchanted Arboretum”. Dette projekt består af 71 stiliserede træskulpturer, der er designet af professionelle kunstnere og studerende fra Nebraska City. Femogtyve (25) seks fod høje professionelt designede træer er placeret udendørs på offentlige steder i hele Nebraska City, og seksogfyrre (46) fire fod høje træer designet af studerende findes rundt omkring i byen inden for eller uden for virksomheder og private hjem og haver. An Enchanted Arboretum var pilotprojektet for Nebraska Citys Arbor City Initiative, en græsrodsindsats i lokalsamfundet, der har til formål at fremme byen som Arbor Day’s Hometown Where Great Ideas Grow.
Igennem Nebraska Citys historie har økonomien været centreret om Missouri-floden og landbruget. I dag ligger Nebraska City og Otoe County fortsat langs og/eller i nærheden af vigtige transportveje som Interstate 29 mod øst og Interstate 80 mod nord. Nebraska City får adgang til de to interstate-systemer via U.S. Highway 75 og State Highway 2. Highway 75 er en tosporet vej, mens State Highway 2 er en firesporet motorvej med begrænset adgang, der forbinder byen Lincoln og Interstate 29 via J. Sterling Morton Beltway, der ligger langs Nebraska Citys sydlige udkant. Selv om trafikken ad floden er blevet mindre med tiden, tjener den lokale adgang til floden til trafik op og nedstrøms til andre terminaler og markeder.