Atlanta BravesRediger
Francoeur blev forfremmet af Atlanta den 6. juli 2005. Han var en del af en gruppe rookie-spillere, der fik tilnavnet “Baby Braves”, som Atlanta kaldte op fra sit minor league-system i løbet af 2005-sæsonen.
Francoeur fik sin MLB-debut dagen efter, da han startede på højre mark mod Chicago Cubs i den anden kamp i en double header. I bunden af den ottende inning slog han en 3-run homer til midtbanen, hans første Major League-hit. Francoeur er berømt for sit løfte i begyndelsen af sin karriere: Han kom på forsiden af Sports Illustrated’s udgave af 26. august 2005, som døbte ham “The Natural”, efter at han havde slået .360 med en OPS på 1,067 i sine første 37 kampe. Francoeur sluttede sæsonen med at slå .300/.336/.549 i 67 kampe, med 14 homeruns og 44 RBIs. I løbet af sin rookie-sæson fik han et ry som en fri svingende fastballhitter, og hans første walk kom først i hans 128. pladeoptræden. I forsvaret blev Francoeur kendt for at have en stærk og præcis arm, og han sluttede sæsonen med 13 outfieldassists (tredjepladsen i MLB) på trods af at han spillede mindre end halvdelen af sæsonen. Han sluttede på tredjepladsen i afstemningen om årets rookie i National League og fik samtidig flest stemmer på andenpladsen.
Francoeur ramte .260 med 29 homers og 103 RBIs i sin første fulde sæson i majors. Han blev også blot den fjerde Brave, der spillede alle 162 kampe i en sæson, sammen med Félix Millán, Dale Murphy og Andruw Jones. Francoeur blev udvist for første gang i sin karriere den 16. juli 2006. Den 13. maj 2006 slog Francoeur en walk-off grand slam mod Washington Nationals, den første walk-off home run og grand slam i hans karriere.
I sin anden fulde sæson i 2007 slog Francoeur .293, med 19 homers og 105 RBI’er. Francoeur viste også talent på den defensive side af banen og førte ligaen i outfieldassists med 19, mens han fik sin første Gold Glove i karrieren. Francoeur spillede i alle 162 kampe for anden sæson i træk. Han blev udvist for anden gang i sin karriere den 16. juli 2007, præcis et år på dagen for sin første udvisning.
Den 12. april 2008 gik Francoeur 3 for 5 mod Washington Nationals, herunder to homeruns og et karriererekord på syv RBI’er. Han nåede en stime på 370 kampe i træk, inden han sad ude i den anden kamp i et doubleheader den 20. maj 2008. Den 22. maj 2008 spillede Francoeur 3 ud af 4 mod New York Mets med en RBI-drejetur, en RBI-single og et to-run home run, og sluttede med en double uden for en cyklus.
Efter i ugevis at have været fastlåst i den værste nedtur i sin karriere, valgte Braves-ledelsen at sende Francoeur til Double-A Mississippi den 4. juli 2008 for at arbejde med sin gamle hiting coach Phillip Wellman og forfine sit sving væk fra de pressede major league-sammenhænge. Francoeur havde indtil da i sæsonen haft en statistik på .234/.287/.374. Francoeur blev kaldt tilbage den 7. juli 2008 efter kun tre dage i underholdningsligaen på grund af de mange skader, som Braves havde pådraget sig i løbet af ferieweekenden. Hans nedtur fortsatte efter hans tilbagevenden til de store hold; Francoeur havde en linje på .234/.300/.324 indtil den 10. september.
New York MetsRediger
Den 10. juli 2009 blev Francoeur handlet til New York Mets for outfielderen Ryan Church.
Francoeur fik sin debut for Mets den 11. juli 2009 og scorede to RBIs i sit første slag. Han sluttede dagen med 2-4 med to RBIs, en strikeout og blev fanget i at stjæle en gang. Den 20. juli slog Francoeur sit første homerun som Met mod Washington Nationals-kasteren Logan Kensing i den niende inning af kampen.
Den 23. august 2009 blev Francoeur den anden spiller i major league-historien (efter Homer Summa i 1927) til at slå ind i et uassisteret triple play, der afsluttede kampen uden hjælp. Han slog et line drive direkte til Eric Bruntlett, der var anden baseman for Philadelphia Phillies. Francoeur genindgik kontrakt med Mets i 2010.
Efter at have været Mets’ startende højre markspiller i første halvdel af 2010-sæsonen blev Francoeur erstattet af Ángel Pagán for at gøre plads til Carlos Beltráns tilbagevenden i anden halvdel.
Texas RangersRediger
Den 31. august 2010 blev Francoeur handlet af Mets til Texas Rangers for infielder Joaquín Árias. Francoeur blev primært brugt til defensive formål i AL Champions 2010.
Kansas City RoyalsRediger
Den 8. december 2010 underskrev Francoeur en etårig aftale med Kansas City Royals til en værdi af 2 dollars.5 millioner dollars, som indeholdt en gensidig option for 2012-sæsonen.
Den 18. august 2011 indgik Francoeur en toårig forlængelse med Royals til en værdi af 13,5 millioner dollars. Han blev udpeget til opgave den 30. juni 2013 efter at have slået .208/.249/.322 i 59 kampe med Royals.
San Francisco GiantsRediger
Francoeur blev skrevet under på en minor league-kontrakt af Giants, den 9. juli 2013. Den 13. juli blev hans kontrakt købt fra Fresno Grizzlies. Francoeur blev udpeget til udstationering den 20. august og frigivet den 22. august. I 22 kampe for Giants noterede han 12 hits, 4 RBI’er og slog kun .194.
Cleveland IndiansRediger
Francoeur underskrev en minor league-aftale med Cleveland Indians den 6. januar 2014. Organisationen frigav Francoeur den 22. marts 2014.
San Diego PadresRediger
Francoeur underskrev en minor league-aftale med San Diego Padres, den 26. marts 2014. Han blev tildelt Triple-A El Paso Chihuahuas og slog det første home run i holdets historie den 3. april 2014. De overvejede at omdanne ham til pitcher, og han brugte en del af sin tid i minors på at pitche. De besluttede dog i sidste ende at beholde ham som outfielder. Han blev kaldt op og var med i startopstillingen den 23. juli. Den 11. august blev Francoeur udpeget til udstationering. Han klarede waivers og blev outrighted tilbage til Chihuahuas. Francoeur valgte free agency i oktober 2014.
Philadelphia PhilliesRediger
Den 13. november 2014 underskrev Francoeur en minor league-kontrakt med Philadelphia Phillies. 16. juni 2015 blev Francoeur brugt som relief pitcher i et 19-3-nederlag til Baltimore Orioles, hvor han kastede den eneste målløse inning i kampen. Han overgav dog to runs i den næste inning. I juli begyndte han at have succes både fra bænken og i startopstillingen, herunder en periode, hvor han slog tre homeruns i otte kampe. Selv om han udtrykte et ønske om at blive hos Phillies gennem 2015-sæsonen og måske endda længere, tydede hans spil på, at han måske ville blive flyttet nær trading deadline for at styrke et konkurrerende holds outfield. Han blev dog ikke flyttet ved trade deadline. I sidste ende sluttede han sæsonen med et slaggennemsnit på .258, 13 homeruns og 45 RBI’er.
Tilbage til AtlantaRediger
Den 22. februar 2016 indvilligede Francoeur i en minor-league-aftale med Braves med en invitation til forårstræning. Den 29. marts købte Braves Francoeurs kontrakt.
Miami MarlinsRediger
Francoeur blev handlet til Miami Marlins den 24. august 2016 i en treholdshandel, der også omfattede Texas Rangers. Braves fik minor league utility player Dylan Moore fra Rangers og minor league catcher Matt Foley fra Marlins.