Den 8. juni 1985 blev Rigali udnævnt til præsident for det pavelige kirkelige akademi og titulær ærkebiskop af Volsinium af pave Johannes Paul II. Han modtog sin bispeindvielse den følgende 14. september af Johannes Paul med kardinalerne Eduardo Martínez Somalo og Achille Silvestrini som medkonsekratorer i katedralen i Albano. Han valgte som sit biskoppelige motto: Verbum Caro Factum Est, hvilket betyder: “Ordet blev kød” (Johannes 1,14). Han blev medlem af Den Hellige Gravs orden den 13. oktober 1986.
Fra 1985 til 1990 havde Rigali ud over sin rolle som præsident for det pavelige kirkelige akademi en række stillinger i den romerske kurie, hvor han var ansat i statssekretariatet, Rådet for Kirkens offentlige anliggender, Biskoppekongregationen og Det pavelige Råd for lægfolket. Han blev udnævnt til sekretær for Biskoppekongregationen af Johannes Paul II den 21. december 1989; som sekretær var han den næsthøjeste embedsmand i dette dikasterium. Rigali blev senere udnævnt til sekretær for kardinalkollegiet af Johannes Paul II den 2. januar 1990, og han var medlem af den permanente mellemkirkelige kommission, den pavelige kommission for Latinamerika og troslærekongregationen. I samme periode var han også engageret i pastoral tjeneste i en række sogne og seminarier i Rom.
Ærkebiskop af St. LouisRediger
Den 25. januar 1994 udnævnte pave Johannes Paul II Rigali til den syvende ærkebiskop af St. Louis, Missouri. Han efterfulgte ærkebiskop John L. May og blev formelt indsat af Bernardin kardinal Gantin, den daværende præfekt for Den Hellige Biskoppekongregation, den 15. marts samme år. Den nyindsatte ærkebiskop blev medlem af Knights of Columbus den 7. november 1994. Louis, der er kendt som “Vestens Rom”, viste ærkebiskop Rigali stor interesse for skolerne og besøgte alle gymnasier i ærkebispedømmet. Rigali var imidlertid imod overenskomstforhandlinger for lærere og modarbejdede enhver bestræbelse, som de gjorde for at organisere sig. Rigali blev bredt anerkendt som en dygtig administrator og effektiv fundraiser, selv om hans popularitet aftog, efterhånden som hans embedsperiode fortsatte.
I januar 1999 var Rigali vært for Johannes Pauls pastorale besøg i St. Louis, det eneste pavebesøg af denne art (når man ikke medregner de endnu kortere ophold, som Johannes Paul gjorde i Alaska på rejser til andre lande) i et enkelt stift i USA under paveembedet. Louis på grund af sit mangeårige nære venskab med Rigali, der stammer fra Rigalis tid som biskop under ham i Rom.
Ifølge St. Louis Business Journal har Rigali i sin tid som ærkebiskop af St. Louis “bragt økonomisk stabilitet til St. Louis ærkebispedømmet, idet han førte tilsyn med vellykkede kapitalkampagner for at imødekomme umiddelbare behov og skaffede midler til at sikre fremtiden.”
Ærkebiskop af PhiladelphiaRediger
Rigali blev senere udnævnt til den ottende ærkebiskop af Philadelphia af pave Johannes Paul II mod slutningen af hans pontifikat den 15. juli 2003, hvor han afløste den afgående Anthony Bevilacqua. Forud for Rigalis indsættelse i Philadelphia den 7. oktober 2003 blev det den 28. september 2003 meddelt, at han ville blive optaget i kardinalkollegiet, et sædvanligt privilegium for ærkebiskopperne i Philadelphia. Rigali blev udnævnt til kardinalpræst af Santa Prisca i konsistoriumet den 21. oktober 2003.
Rigali var den eneste amerikanske kardinal, der fungerede som koncelebrant ved begravelsesmessen for Johannes Paul II i 2005. Han var også en af de kardinalsvalgmænd, der deltog i det efterfølgende pavekonklave, som valgte pave Benedikt XVI, samt i det efterfølgende konklave, som valgte pave Frans. Rigali forblev stemmeberettiget i konklaverne, indtil han fyldte 80 år den 19. april 2015.
I september 2007 blev kardinalen af Benedikt udnævnt som medlem af Biskoppekongregationen, den afdeling i kurien, der forelægger paven navnene på dem, der anses for at være egnede valg til at blive udnævnt til biskopper.
Apostolsk administrator for ScrantonRediger
Den 31. august 2009 blev Rigali apostolisk administrator (sede vacante) for stiftet Scranton efter pavens accept af biskop Joseph Martinos og biskop John Doughertys, hjælpebiskop af Scranton, fratrædelser. Rigali fungerede i otte måneder som apostolsk administrator for Scranton bispedømme. Hans delegerede var Joseph Bambera, som blev den tiende biskop af Scranton den 26. april 2010, hvormed Rigalis administration af Scranton blev afsluttet.
Mellem administration af Scranton og pensioneringRediger
Den 16. juni 2011 blev Rigali udnævnt til pavens særlige udsending til festlighederne i Prachatice i Tjekkiet i forbindelse med 200-årsdagen for fødslen af Sankt Johannes Neumann, den fjerde biskop af Philadelphia og dermed Rigalis forgænger. Neumann, der var den anden amerikanske borger, der blev kanoniseret (efter Frances Xavier Cabrini), blev født i Prachatice, kom til USA og blev ordineret der i 1836 og blev i 1848 naturaliseret amerikansk statsborger.
Den 19. juli 2011 udnævnte pave Benedikt Denver ærkebiskop Charles J. Chaput til Rigalis efterfølger i Philadelphia. Rigalis tilbagetræden skete midt i en skandale, og specifikt “midt i en opstandelse over anklager fra en storjury om, at han holdt omkring tre dusin mistænkte misbrugere i tjeneste”. Rigali havde i første omgang erklæret, at “der ikke var nogen præster i aktiv tjeneste, som var blevet anklaget for misbrug”, før han vendte om og suspenderede 21 præster på en enkelt dag, “hvilket gav anledning til kritik af, at han burde have advaret anklagemyndigheden tidligere”. Ærkebiskop Chaput blev indsat den 8. september 2011.
PensioneringRediger
Efter indsættelsen af Chaput i Philadelphia trak Rigali sig tilbage med bopæl i stiftet Knoxville, Tennessee, på opfordring af biskop Richard Stika, der havde været generalvikar og kansler for ærkebispedømmet St. Louis, da Rigali var ærkebiskop der. Han har været aktiv i stiftet under sit ophold der.
I december 2013, da pave Frans reviderede sammensætningen af Biskoppekongregationen, trak Rigali sig tilbage og blev ikke genudnævnt.
Mindst siden november 2015 har Rigali også deltaget i visse aktiviteter i stiftet Nashville.
Kontroverser om håndtering af skandaler om seksuelt misbrugRediger
Da Rigali gik på pension, bragte The New York Times en artikel med overskriften “In Philadelphia, a Changing of the Guard in the Shadow of Scandal”; artiklen henviste til “den sky, der hænger over kardinal Rigalis arv – hans dårlige håndtering af misbrugsskandalen”. I september 2015 anmodede gruppen Catholic Whistleblowers, en organisation af præster, nonner og kanonadvokater, der forsvarer ofre for seksuelt misbrug af præster, pave Frans, kort før hans besøg i USA, om at undersøge Rigalis behandling af ofre for seksuelt misbrug af børn og deres familier samt kardinal Raymond Leo Burkes historie.
I 2007 ringede en tidligere katolsk gymnasieelev til en hotline for seksuelt misbrug i kirken for at fortælle, at han gentagne gange var blevet misbrugt af Michael J. Bransfield – dengang lærer på Lansdale Catholic High School i Pennsylvania – i 1970’erne, årtier før Bransfield var blevet biskop i Wheeling-Charleston i West Virginia. Rigali behandlede som ærkebiskop af Philadelphia klagen, og i oktober 2009 erklærede Rigali, at beskyldningerne var ubegrundede, og han traf ingen foranstaltninger mod Bransfield. På det tidspunkt opretholdt Bransfield venskabelige forbindelser med medlemmer af kirkens hierarki i Philadelphia, idet han i 2011 gav Rigali en gave på 1 000 USD og andre kontante gaver til andre højtstående gejstlige i ærkebispedømmet Philadelphia, herunder Monsignor Timothy C. Senior, præstevikar for præster, til Rigali. Bransfield blev senere tvunget ud som biskop af Wheeling-Charleston i 2018, da han kom i søgelyset på grund af en række beskyldninger om seksuelt misbrug og økonomiske uregelmæssigheder i løbet af sin embedsperiode. Bransfields anklager sagde, at Rigali og andre embedsmænd “så den anden vej” og undlod at informere ham om kirkens håndtering af hans klage.