Khmererne udviklede Khmer-alfabetet, det tidligste alfabet, der stadig er i brug i Sydøstasien, og som igen gav anledning til de senere thailandske og laotiske alfabeter. Khmere anses af arkæologer og etnologer for at være indfødte i de sammenhængende regioner Isan, det sydlige Laos, Cambodja og Sydvietnam. Det vil sige, at kambodjanerne historisk set har været et lavlandsfolk, der har levet tæt på en af Mekong-flodens bifloder. Årsagen til, at de migrerede ind i Sydøstasien, er ikke velforstået, men forskere mener, at Austroasiatiske talere blev skubbet sydpå af invaderende tibeto-burmanske talere fra nord, hvilket fremgår af Austroasiatisk ordforråd på kinesisk, på grund af landbrugsformål, hvilket fremgår af deres migrationsruter langs de store floder, eller en kombination af disse og andre faktorer.
Khmererne er ikke en del af storindien, men overtager blot indiske religioner, videnskaber og skikke og låner fra deres sprog. Det første magtfulde handelsrige i Sydøstasien, kongeriget Funan, blev etableret i det sydøstlige Cambodja og Mekong-deltaet i det første århundrede, selv om omfattende arkæologisk arbejde i Angkor Borei-distriktet nær den moderne vietnamesiske grænse har udgravet teglværker, kanaler, kirkegårde og grave fra det femte århundrede f.Kr.
Kongedømmet Funan anses for at være moderen til alle senere sydøstasiatiske kongeriger. I Funan-perioden (1. århundrede – 6. århundrede e.Kr.) erhvervede khmererne også buddhismen, begrebet shaiva imperiekult af devarajaen og det store tempel som et symbolsk verdensbjerg. Det rivaliserende Khmer Chenla-kongedømme opstod i det femte århundrede og erobrede senere Funan-kongedømmet. Chenla var en højlandsstat, hvis økonomi var afhængig af landbrug, mens Funan var en lavlandsstat med en økonomi afhængig af søhandel.
Disse to stater var, selv efter Chenlas erobring i det sjette århundrede, konstant i krig med hinanden og mindre fyrstedømmer. I løbet af Chenla-perioden (5.-8. århundrede) efterlod khmererne verdens tidligst kendte nul i en af deres tempelindskrifter. Først da kong Jayavarman II erklærede et uafhængigt og forenet Cambodja i 802 var der relativ fred mellem de to lande, det øvre og det nedre Cambodja.
Kort over Sydøstasien ca. 900 e.Kr., der viser Khmerriget med rødt.
Jayavarman II (802-830), genoplivede Khmermagten og lagde grunden til Khmerriget, idet han grundlagde tre hovedstæder – Indrapura, Hariharalaya og Mahendraparvata – hvis arkæologiske levn afslører meget om hans tid. Efter at have vundet en lang borgerkrig vendte Suryavarman I (regerede 1002-1050) sine styrker mod øst og underlagde Mon-kongedømmet Dvaravati. Som følge heraf herskede han over størstedelen af det nuværende Thailand og Laos samt den nordlige halvdel af den malaysiske halvø. Denne periode, hvor Angkor Wat blev bygget, anses for at være højdepunktet af khmerernes civilisation.
Khmerriget (802-1431)Rediger
Khmerriget blev til Khmerriget, og de store templer i Angkor, der betragtes som en arkæologisk skat fyldt med detaljerede basrelieffer i sten, der viser mange aspekter af kulturen, herunder nogle musikinstrumenter, forbliver som monumenter for kambodjansk kultur. Efter Suryavarman II’s død (1113-50) forfaldt Cambodja til kaos, indtil Jayavarman VII (1181-1218) gav ordre til at opføre en ny by. Han var buddhist, og i en periode blev buddhismen den dominerende religion i Cambodja. Som statsreligion blev den dog tilpasset Deva Raja-kulten, idet en Buddha Raja blev erstattet af den tidligere Shiva Raja eller Vishnu Raja.
Ansvækkelsen af Tai-kongedømmet Sukhothai (1238) og Ayutthaya (1350) resulterede i næsten uophørlige krige med khmererne og førte til ødelæggelsen af Angkor i 1431. De siges at have ført 90.000 fanger bort, hvoraf mange sandsynligvis var dansere og musikere. Perioden efter 1432, hvor khmerfolket blev berøvet sine skatte, dokumenter og menneskelige kulturbærere, var præget af en brat tilbagegang.
Efter kejserdømmet (1431-nutid)Rediger
Angkor Wat i 1900-tallet.
Overklassens Khmer-damer i 1800-tallet.
I 1434 gjorde kong Ponhea Yat Phnom Penh til sin hovedstad, og Angkor blev overladt til junglen. På grund af fortsatte siamesiske og vietnamesiske aggressioner appellerede Cambodja til Frankrig om beskyttelse i 1863 og blev et fransk protektorat i 1864. I løbet af 1880’erne blev Cambodja sammen med det sydlige Vietnam og Laos inddraget i den fransk-kontrollerede Indokinesiske Union. I næsten et århundrede udnyttede franskmændene Cambodja kommercielt og krævede magt over politik, økonomi og det sociale liv.
I anden halvdel af det 20. århundrede blev den politiske situation i Cambodja kaotisk. Kong Norodom Sihanouk (senere prins og så igen konge), proklamerede Cambodjas uafhængighed i 1949 (som blev fuldt ud bevilget i 1953) og regerede landet indtil den 18. marts 1970, hvor han blev væltet af general Lon Nol, som etablerede Khmerrepublikken. Den 17. april 1975 kom de røde Khmerer, der under ledelse af Pol Pot kombinerede Khmer-nationalisme og ekstrem kommunisme, til magten og ødelagde stort set det cambodjanske folk, dets sundhed, moral, uddannelse, fysiske miljø og kultur i det cambodjanske folkedrab.
Den 7. januar 1979 fortrængte vietnamesiske styrker de røde Khmerer. Efter mere end ti års smerteligt langsom genopbygning med kun mager hjælp udefra greb FN ind, hvilket resulterede i Paris-fredsaftalen den 23. oktober 1992 og skabte betingelser for almindelige valg i maj 1993, hvilket førte til dannelsen af den nuværende regering og genoprettelsen af prins Sihanouk som konge i 1993. De Røde Khmerer fortsatte med at kontrollere dele af det vestlige og nordlige Cambodja indtil slutningen af 1990’erne, hvor de overgav sig til regeringsstyrkerne til gengæld for enten amnesti eller genindplacering til stillinger i den cambodjanske regering.
I det 21. århundrede er Cambodjas økonomi vokset hurtigere end i noget andet land i Asien bortset fra Kina og Indien. I dag eksporterer Cambodja efter konflikten tøj for over 5 mia. dollars, hovedsagelig til USA og Den Europæiske Union, er en af de ti største eksportører af ris i verden og har oplevet, at antallet af internationale turister er steget fra under 150.000 i 2000 til over 4.000 i dag.2 millioner i 2013.
Kambodja anses ikke længere for at være på randen af en katastrofe, et ry det fik i 1980’erne og 1990’erne, da der stadig blev ført guerillakrig af de røde Khmerer indtil deres våbenhvile i 1998. Kambodjanere i diasporaen vender tilbage til deres hjemland for at starte virksomheder, og vestlige immigrantarbejdere inden for så forskellige områder som arkitektur, arkæologi, filantropi, bankvæsen, gæstfrihed, landbrug, musik, diplomati og beklædning tiltrækkes i stigende grad af Cambodja på grund af landets afslappede livsstil og traditionelle levevis.