Den organisation, der førte til Military Auxiliary Radio System, blev kaldt Auxiliary Amateur Radio System (AARS). AARS blev oprettet i november 1925 af et par dedikerede pionerer i United States Army Signal Corps under ledelse af kaptajn Thomas C. Rives. USA anerkendte radioen som en vigtig kommunikationsform under Første Verdenskrig, og integrationen af radioen til støtte for hærens operationer skabte et betydeligt behov for arbejdskraft og færdigheder, som ikke var let at opfylde. Army Amateur Radio System blev dannet i 1925 for at tilvejebringe en pulje af uddannede radiooperatører, der kunne supplere signalkorpset under mobilisering i krigstid og udbygge signalkorpsets radionetværk for at støtte civile myndigheder i forbindelse med naturkatastrofehjælp. Samtidig med at organisationen støttede militære mål, var den sammensat af frivillige civile, der var dygtige radioamatører. Disse civile anvendte deres specialiserede færdigheder inden for radiokommunikation, mens de støttede signalkorpset på tværs af det amerikanske fastland, Filippinerne, Panama og Hawaii.
Organisationen oplevede i sidste ende både succes og fiasko. Det lykkedes for Army Amateur Radio System at udvikle sine radiooperatørers færdigheder, hvilket blev demonstreret af den støtte, der blev ydet til lokale, statslige og føderale myndigheder under naturkatastrofehjælpsindsatsen. Men på tærsklen til USA’s indtræden i Anden Verdenskrig var Army Amateur Radio System’s medlemstal betydeligt underudviklet til at kunne levere betydelig arbejdskraft til at øge Signal Corps’ mobilisering til krig. AARS-organisationen fortsatte med at fungere indtil USA’s indtræden i Anden Verdenskrig den 7. december 1941, hvor radioamatører blev nægtet adgang til æteren, og amatørtjenesten og Army Amateur Radio System blev deaktiveret. Efter Anden Verdenskrig erkendte den amerikanske hær vigtigheden af at genaktivere AARS for at uddanne kommunikationspersonale, som der var et vitalt behov for, til relativt lave direkte omkostninger for staten, og i 1946 blev AARS genaktiveret.
AARS fungerede som sådan indtil oprettelsen af Military Affiliate Radio System i november 1948 med etableringen af separate MARS-programmer for hæren og luftvåbnet, hvilket afspejlede oprettelsen af luftvåbnet som en separat tjeneste. I 1948 valgte kaptajn Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) at bruge akronymet MARS, den romerske krigsgud, som et passende navn til AARS’s genfødsel efter Anden Verdenskrig som det militære amatørradiosystem. Programmets navn blev ændret til Military Affiliate Radio System den 2. september 1952 i erkendelse af organisationens skiftende karakter med det stigende antal civile frivillige medlemmer. Til sidst blev Navy-Marine Corps MARS-programmet officielt oprettet den 17. august 1962 og begyndte at fungere den 1. januar 1963. Dette fulgte efter Cubakrisen og præsident Kennedys ønske om levedygtige og udvidede kommunikationsmuligheder.
Under Koreakrigen, Vietnamkrigen, den kolde krig og Golfkrigen var MARS mest kendt for sin håndtering af skriftlige “Marsgram”-meddelelser og for at levere “telefonpatches”, der gjorde det muligt for soldater i udlandet at kontakte deres familier derhjemme.
Programmets navn blev ændret igen til det nuværende Military Auxiliary Radio System den 23. december 2009.
En udsendelse udsendt i maj 2009 annoncerede lukningen af flådens og marinekorpsets MARS-program pr. 30. september 2009. Navy-Marine Corps MARS fortsatte dog med at fungere indtil den 30. september 2015.
Department of Defense Instruction 4650.02 af 23. december 2009 ændrede MARS’ status fra en affilieret organisation til en hjælpeorganisation (med samme status som Coast Guard Auxiliary og Civil Air Patrol). Denne ændring af status reddede Navy-Marine Corps MARS-programmet fra at blive lukket ned og bragte det tilbage på linje med nødhjælpskommunikationsopgaven for dets søstertjenester (Army and Air Force MARS).
