Den geografiske placering af Ostindien på tværs af vigtige vindsystemer og handelsruter har haft stor indflydelse på deres historie. Klimaet og den geologiske aktivitet har formet landet og skabt øgruppen.
Engang, mener geologer, var der ingen øer i det gamle hav, der adskilte Asien og Australien. Jordens ydre lag er opdelt i mange stive blokke, kaldet tektoniske plader, der bevæger sig langsomt hen over Jordens overflade. Nogle af øerne i Ostindien blev skabt, da en undersøisk plade begyndte at kollidere med en anden plade. Varmen og bevægelsen fra den ene plade, der overskyggede den anden, rejste skorpegavle, og toppene dannede øer. Disse geologiske kræfter er tydelige i dag i form af gejsere, aktive vulkaner og hyppige jordskælv, der forekommer overalt på de østindiske øer. Andre bevægelser af pladerne er tydelige i den snoede form af nogle øer, som f.eks. de fire arme på Celebes.
Havene mellem øerne er meget lavvandede, og strømmene er stærke. Det er vanskeligt for store skibe at passere mellem de fleste af øerne, og der er lang vej rundt om dem. I århundreder har skibe, der handlede mellem Europa, Afrika, Den Arabiske Halvø og Indien fra vest og Kina, Japan og det vestlige USA fra øst, passeret mellem Sumatra og Den Malaysiske Halvø gennem det dybe vand, der er kendt som Malacca-strædet.
Fordelingen af planter og dyr i Ostindien har sammen med andre beviser fået forskere til at konkludere, at nogle af de vestlige øer engang var forbundet med fastlandet til det sydøstasiatiske fastland ad landvejen. Ny Guinea var engang forbundet med Australien. De relativt lavvandede have mellem den malaysiske halvø og øerne Sumatra, Java, Bali og Borneo er mindre end 90 meter dybe. Dyr fra fastlandet – f.eks. tigre, næsehorn og aber – findes på disse øer. På øerne mod øst ligner dyrene derimod dem fra Australien. Naturforskeren Alfred Russel Wallace kortlagde denne opdeling, som nu er kendt som Wallace’s Line, og offentliggjorde den i 1869. Ved at studere den måde, hvorpå fuglene spredte sig og ændrede art blandt øerne, nåede Wallace frem til evolutionsteorien uafhængigt af Charles Darwin.
De frodige tropiske skove, palmer, bregner, bambus og strålende blomster i Ostindien udgør en del af dens fabel. De er et resultat af et ækvatorielt klima, der generelt er varmt og vådt. De fleste steder er nedbøren mellem 250 og 380 centimeter om året. På havniveau er temperaturen de fleste steder mellem 26° og 32° C (80° og 90° F) hele året rundt. Øerne er dog bjergrige, og mange steder ligger de i regnskyggen fra et bjerg og får kun lidt eller kun sæsonbestemt regn. På de højere bjerge og plateauer er klimaet subtropisk, og på toppene over 3 050 meter (10 000 fod) er klimaet køligt og der er endda sne. De mere nordlige øer er stærkt påvirket af monsunvindene i deres nedbørsmønstre.
De skiftende vinde var meget vigtige for handel og navigation, indtil dampskibet blev udviklet i det 19. århundrede. Købmænd sejlede fra Kina til Sumatra på den nordøstlige monsun, opbevarede deres varer i pakhuse og tog fragt fra Indien eller Mellemøsten med sig. Derefter sejlede de med den sydvestlige monsun tilbage til Kina, mens købmændene ankom fra Indien, lossede deres last, tog de kinesiske varer om bord i pakhusene og vendte tilbage til Indien med den næste nordøstlige monsun. På denne måde blomstrede byer og imperier i Indien.