Pierpont Morgan nedstammede fra fem generationer af fremtrædende borgere fra New England – begge sider af hans familie var kommet til den nye verden før revolutionen. En af hans forfædre fra moderen var James Pierpont, en af grundlæggerne af Yale, hvis datter blev gift med Jonathan Edwards. Længere nede i denne linje kom pastor John Pierpont, Pierponts bedstefar fra moderens side, en unitarisk præst, digter og radikal anti-slaveri og temperance-aktivist. På Morgan-siden var Pierponts bedstefar, Joseph, medstifter af Aetna Insurance Company og efterlod sig en ejendom til en værdi af omkring 1 million dollars i 1847. Junius Morgan (Josephs søn) giftede sig med pastor Pierponts datter Juliet i 1836. Et år senere blev deres første barn, Pierpont, født i Hartford. De fik også tre døtre – Sarah, Mary og Juliet – og Pierponts eneste bror, Junius, som kun blev 11 år gammel.
Efter sin succes med et tørvarefirma i Hartford accepterede Junius Morgan et partnerskab i investeringshuset George Peabody & Co. (som senere blev til J. S. Morgan & Co.) og flyttede hele sin familie til London i 1854. Pierpont var netop blevet færdiguddannet fra Bostons engelske high school. For at forberede sin søn på en karriere inden for international bankvirksomhed sendte Junius Pierpont til Europa efter gymnasiet for at lære fransk og tysk. Da han begyndte at arbejde som banklærling i New York i 1857 i en alder af 20 år, talte han begge sprog flydende og kendte flere kulturer end de fleste amerikanere i sin tid. I de næste tredive år arbejdede han og hans far sammen om at kanalisere kapital fra Europa til den spirende amerikanske økonomi, og Pierpont krydsede Atlanten mindst en gang om året for at mødes med sine partnere i London og fortsætte sin kulturelle uddannelse i Europa.