I slaget om Atlanterhavet eskorterede HMS Rajputana flere konvojer i Nordatlanten fra Bermuda og Halifax, Nova Scotia under kaptajn F. H. Taylor, herunder BHX 42, BHX 45, BHX 49, BHX 52, BHX 54, BHX 61, BHX 64, BHX 71, BHX 83, BHX 94, BHX 101, BHX 111 og BHX 117.
Hendes søsterskibe SS Rawalpindi, SS Ranchi og SS Ranpura blev også ombygget til bevæbnede handelskrydstogtskibe. Bortset fra små korvetter var de ombyggede passagerskibe som HMS Rajputana den eneste bevæbnede beskyttelse for de fleste af de tidlige konvojer. Med deres 6-tommers (152 mm) kanoner var de de eneste eskorter, der kunne angribe tyske overfladeskibe. Meget få konvojer fik beskyttelse fra de større krydsere eller slagskibe.
Den 13. april 1941, fire dage efter at have skilt sig af med konvoj HX 117, blev hun torpederet af U-108 under Klaus Scholtz i Danmarksstrædet vest for Reykjavík, Island. Hun sank over en time senere med tab af 42 mand, herunder hendes sidste civile kaptajn, kommandør C. T. O. Richardson. I alt 283 af besætningen blev reddet af destroyeren HMS Legion, nogle af dem efter at have tilbragt 12 timer i overfyldte redningsbåde. Blandt de overlevende var Daniel Lionel Hanington, som senere blev kontreadmiral i Royal Canadian Navy.
Af hendes søsterskibe overlevede to af dem krigen. Den 23. november 1939, mens HMS Rawalpindi var på “Northern Patrol” for at bevogte GIUK-gabet, var HMS Rawalpindi involveret i kamp mod de tyske slagskibe Scharnhorst og Gneisenau. Hun forhindrede skibene i at bryde igennem, men blev selv sænket sydøst for Island i Island-Farø-passagen. HMS Ranchi overlevede krigen og blev ophugget i Newport i 1953. HMS Ranpura blev solgt til admiralitetet i 1943 og ombygget til et reparationsskib. Det tjente i Royal Navy som et flådedepotskib indtil 1961, hvor det blev ophugget. Hun deltog i den britiske invasion af Egypten i 1956.