Apotekskolen blev oprettet og åbnet i 1903 som School of Pharmacy og lå i Science Hall. Skolen havde en lokal læge, Dr. Samuel C. Benedict, som fungerede som dekan på deltid, og en lokal farmaceut hos H.R. Palmer & Sons, Arthur J. Palmer, som fungerede som professor i farmaci på deltid. Dr. Benedict underviste også i Materia Medica. Science Hall blev ødelagt af en brand i november samme første år, så School of Pharmacy blev flyttet ind i kælderen i Terrell Hall.
Skolen ansatte Robert C. Wilson som sin første fuldtidsmedarbejder i begyndelsen af skoleåret 1907-08 (Wilson var barnebarn af George Foster Pierce). Den første gruppe af kandidater begyndte i 1908 og fik deres ph.d.-grader i farmaci.
Da dekan Benedict døde i 1914, blev Robert Wilson skolens direktør og forblev i den stilling indtil 1948. Wilson blev udnævnt som dekan for farmacieskolen i 1924. Skolen ændrede senere sit navn til College of Pharmacy. I 1926 blev skolen en af de første i landet til at tilbyde en fireårig bachelor of Science in Pharmacy. Den opløste også sit toårige ph.d.-gradspor på dette tidspunkt.
Skolens placering forblev i Terrell Hall indtil 1939, hvor den flyttede ind på anden og tredje etage i den nyligt ombyggede New College-bygning. I 1940’erne gav Robert W. Woodruff flere donationer til at finansiere et dispensationslaboratorium, et apotek og et farmakologisk laboratorium.
Collegets Master of Science-program begyndte i 1951 og Ph.D.-programmet i 1964, og de første doktorgrader blev overrakt i 1967. Skolen flyttede ind i sine nuværende faciliteter, Robert C. Wilson Pharmacy Building, i 1964; bygningen blev dog først opkaldt efter Wilson i 1978 (Dr. Wilsons 100-års fødselsdag).
Dr. Stuart Feldman fra University of Houston blev udnævnt til dekan i 1991. I hans embedsperiode modtog kollegiet midler fra Georgia State lotteriet til at øge teknologien i undervisningen, og Millikan Educational Resources Center blev ombygget til et computerlaboratorium, som de studerende havde adgang til. Som følge af en national tendens blev læseplanen ændret fra kvartals- til semestersystemet, og der blev indført en farmaciel doktorgrad (PharmD) på begynderniveau og et ikke-traditionelt program for farmaciel doktorgrad (Doctor of Pharmacy Pathway Program). Der blev ansat en fuldtidsansat erfaringskoordinator.
Dr. Svein Øie fra University of California San Francisco blev dekan pr. 1. januar 2000. Under hans ledelse har kollegiet øget antallet af klasser, udvidet sin regionale tilstedeværelse, været involveret i etableringen af et Center for Drug Discovery og et Center for Mass Destruction Defense, øget den tværfaglige forskning og styrket sit forskningsfokus.
Kollegiet er blevet aktivt involveret i residency training. I 2003 fejrede kollegiet sit 100-års jubilæum. Fundraising-indsatsen har øget antallet af stipendier og professorater og øget de disponible midler til bygningsforbedringer. I 2007 godkendte den lovgivende forsamling i Georgia en finansiering på 44 millioner dollars til en ny tilbygning på 93.288 kvadratmeter til skolen. Den nye bygning, der er kendt som Pharmacy South, blev bygget ved siden af Robert C. Wilson Pharmacy Building og blev indviet i september 2009. Renoveringen af mere end 60 % af Wilson-bygningen blev afsluttet i 2010. Højskolen har etableret et partnerskab med Georgia Regents University’s Medical College of Georgia, der ligger i Augusta, Georgia. I efteråret 2013 etablerede kollegiet en ny bachelorgrad i farmaceutisk videnskab.