Kubanische Musik ist seit Mitte des zwanzigsten Jahrhunderts in Afrika südlich der Sahara populär. Vor allem die kubanische Musik lieferte die erste Vorlage für den Afropop. Für die Afrikaner klang die auf dem Clave basierende kubanische Popmusik sowohl vertraut als auch exotisch. In der Encyclopedia of Africa v. 1. heißt es:
„Seit den 1940er Jahren erlangten afrokubanische Gruppen wie Septeto Habanero und Trio Matamoros durch die Ausstrahlung von Radio Congo Belge, einem einflussreichen Radiosender mit Sitz in Léopoldville (heute Kinshasa DRC), große Popularität in der Kongoregion. Eine Vielzahl von Musikclubs, Aufnahmestudios und Konzerten kubanischer Bands in Léopoldville förderte den Trend zu kubanischer Musik in den späten 1940er und 1950er Jahren.“
Kongolesische Bands begannen, kubanische Covers zu machen und die Texte phonetisch zu singen. Bald schufen sie ihre eigenen kubanisch anmutenden Kompositionen mit französischen Texten. Die Kongolesen nannten diese neue Musik Rumba, obwohl sie eigentlich auf dem Son basierte. Die Afrikaner passten die Guajeos an die E-Gitarre an und gaben ihnen ihre eigene regionale Note. Die gitarrenbasierte Musik breitete sich allmählich vom Kongo aus und nahm immer mehr lokale Eigenheiten an. Dieser Prozess führte schließlich zur Entstehung verschiedener regionaler Genres, wie z. B. Soukous.
Die kubanische Populärmusik spielte eine wichtige Rolle bei der Entwicklung vieler zeitgenössischer Genres der afrikanischen Populärmusik. John Storm Roberts stellt fest: „Es war die kubanische Verbindung, aber zunehmend auch der New Yorker Salsa, der die wichtigsten und dauerhaftesten Einflüsse lieferte – Einflüsse, die tiefer gingen als frühere Imitationen oder vorübergehende Moden. Die kubanische Verbindung begann sehr früh und sollte mindestens zwanzig Jahre andauern, wobei sie allmählich absorbiert und re-afrikanisiert wurde.“ Mit der Umarbeitung afrokubanischer Rhythmusmuster durch Afrikaner schließt sich der Kreis.
Die Umarbeitung der harmonischen Muster offenbart einen auffälligen Unterschied in der Wahrnehmung. Die in der kubanischen Musik so verbreitete harmonische Progression I IV V IV ist dank des Einflusses der kubanischen Musik in der Popmusik auf dem gesamten afrikanischen Kontinent zu hören. Diese Akkorde bewegen sich in Übereinstimmung mit den grundlegenden Lehren der westlichen Musiktheorie. Wie Gerhard Kubik betont, nehmen die Interpreten afrikanischer Popmusik diese Progressionen jedoch nicht unbedingt auf die gleiche Weise wahr: „Der harmonische Zyklus C-F-G-F, der in der populären Musik des Kongo/Zaire vorherrscht, kann einfach nicht als eine Progression von der Tonika zur Subdominante zur Dominante und zurück zur Subdominante (auf der er endet) definiert werden, weil sie in der Wahrnehmung des Interpreten gleichwertig sind und nicht in einer hierarchischen Reihenfolge wie in der westlichen Musik.“
Die größte Welle kubanischer Musik, die Afrika erreichte, war die Salsa. 1974 traten die Fania All Stars in Zaire (heute Demokratische Republik Kongo), Afrika, im 80.000 Zuschauer fassenden Stadu du Hai in Kinshasa auf. Dieser Auftritt wurde auf Film festgehalten und als Live In Africa (Salsa Madness im Vereinigten Königreich) veröffentlicht. Der Auftritt in Zaire fand im Rahmen eines Musikfestivals statt, das in Verbindung mit dem Schwergewichtskampf Muhammad Ali/George Foreman veranstaltet wurde. Zu diesem Zeitpunkt waren die lokalen Genres bereits gut etabliert. Dennoch setzte sich der Salsa in vielen afrikanischen Ländern durch, insbesondere in Senegambia und Mali. In den 1950er- und 1960er-Jahren war kubanische Musik der Favorit der senegalesischen Nachtclubs gewesen. Die senegalesische Band Orchestra Baobab spielt in einem grundlegenden Salsa-Stil mit Congas und Timbales, aber mit dem Zusatz von Wolof- und Mandinka-Instrumenten und Texten.
Lise Waxer zufolge: „Afrikanische Salsa deutet nicht so sehr auf eine Rückkehr der Salsa auf afrikanischen Boden hin (Steward 1999: 157), sondern auf einen komplexen Prozess der kulturellen Aneignung zwischen zwei Regionen der sogenannten Dritten Welt.“ Seit Mitte der 1990er Jahre sind afrikanische Künstler auch in der Supergruppe Africando sehr aktiv, in der sich afrikanische und New Yorker Musiker mit führenden afrikanischen Sängern wie Bambino Diabate, Ricardo Lemvo, Ismael Lo und Salif Keita mischen. Auch heute noch ist es üblich, dass ein afrikanischer Künstler einen Salsa-Titel aufnimmt und ihn mit seiner eigenen regionalen Note versieht.