Nach jahrzehntelanger Herrschaft einer Militärdiktatur, in der die Zivilbevölkerung nur sporadisch regierte, wurde mit der Wahl von Hernan Suazo im Jahr 1982 die demokratische Herrschaft wiederhergestellt. Nach der Wahl von Suazo führten Entlassungen im Zinnbergbau zu einer Abwanderung in die bolivianische Region Chapare, wo die Migranten vom Kokaanbau lebten und den Handel damit organisierten. Die sechs Verbände der Kokabauern, die sich aus landwirtschaftlichen Gewerkschaften zusammensetzten, regierten die Region und sorgten für deren Erhalt, da es keine staatliche Präsenz gab. Im Zuge der Besiedlung des Chapare nahmen die USA die Hilfe wieder auf, die während des Militärputsches von 1980 eingestellt worden war. Die Hilfe umfasste Mittel für die Drogenbekämpfung sowie 4 Millionen Dollar für die Einrichtung und den Unterhalt von UMOPAR, einer ländlichen Drogenpolizeieinheit.
Koka ist für die Aymara in den Anden eine heilige Medizin, die Kokatee als Stimulans verwendet, um in großen Höhen Energie zu tanken, Kopfschmerzen zu lindern und Menstruationsbeschwerden zu bekämpfen. Dies führt zu Spannungen mit den USA, die versuchen, ihre internen Probleme mit dem Kokainmissbrauch zu lösen (Kokain ist eine hochkonzentrierte Form eines Wirkstoffs der Koka). Im Juni 2002 verurteilte der Botschafter der Vereinigten Staaten, Manuel Rocha, Evo Morales in einer Rede, in der er die bolivianischen Wähler warnte, dass die Zukunft der US-Hilfe gefährdet sei, wenn sie jemanden wählten, der wolle, dass Bolivien wieder zu einem wichtigen Kokainexporteur werde. Die Rede wurde weithin als Grund dafür angesehen, dass Morales bei den anschließenden Wahlen einen enormen Aufschwung von mehr als zehn Punkten erfuhr und nur zwei Punkte vom Sieg bei den nationalen Präsidentschaftswahlen entfernt war. Morales nannte Rocha seinen „Wahlkampfleiter“
Das US-Außenministerium weist darauf hin, dass die Kontrolle der illegalen Drogen ein wichtiges Thema in den bilateralen Beziehungen ist. Seit Jahrhunderten werden die bolivianischen Kokablätter gekaut und in traditionellen Ritualen verwendet, aber in den 1970er und 1980er Jahren führte das Aufkommen des Drogenhandels zu einer raschen Ausweitung des Kokaanbaus, der zur Herstellung von Kokain verwendet wird, insbesondere in der tropischen Region Chapare im Departement Cochabamba (kein traditionelles Kokaanbaugebiet). 1986 setzten die USA ihre eigenen Truppen in der Operation Blast Furnace ein, „der ersten größeren Drogenbekämpfungsoperation auf fremdem Boden, an der öffentlich US-Militärkräfte beteiligt waren“). US-Beamte behaupteten, dass eine solche Militäraktion notwendig sei, um Kokainlabors zu schließen, Kokainhandelsrouten zu blockieren und Frachtflugzeuge zu beschlagnahmen, die im Verdacht standen, Kokain zu transportieren. Die US-Präsenz im Land löste Proteste gegen die Verletzung der bolivianischen Souveränität aus. 1988 erkannte ein neues Gesetz, das Gesetz 1008, nur 12.000 Hektar in den Yungas als ausreichend an, um den legalen Bedarf an Koka zu decken. Das Gesetz 1008 legte auch ausdrücklich fest, dass die im Chapare angebaute Koka nicht zur Deckung der traditionellen Nachfrage nach Kaugummi oder Tee benötigt wurde, und forderte die Ausrottung aller „überschüssigen“ Koka im Laufe der Zeit.
Um dieses Ziel zu erreichen, legten die aufeinanderfolgenden bolivianischen Regierungen Programme auf, die den Kokabauern, die den Anbau freiwillig aufgaben, eine Entschädigung in bar boten, und die Regierung begann mit der Entwicklung und Förderung geeigneter alternativer Anbauprodukte für die Landwirte. Ab 1997 leitete die Regierung eine wirksamere Politik der physischen Ausrottung der illegalen Kokapflanzen ein, und die illegale Kokaproduktion in Bolivien ging in den folgenden vier Jahren um bis zu 90 % zurück. Dieser Plan, der als Plan Dignidad bezeichnet wird, wurde von Präsident Hugo Banzer ins Leben gerufen. Auf der Grundlage des Konzepts der „gemeinsamen Verantwortung mit der internationalen Gemeinschaft“ umfasste der Plan Dignidad „alternative Entwicklung, Prävention und Rehabilitation, Ausrottung und Verbot“. Die alternative Entwicklung hätte den Kokabauern neue Möglichkeiten eröffnet, so dass sie nicht mehr vom Einkommen aus dem Kokaanbau abhängig wären und den Anbau ganz aufgeben könnten.
Diese „erzwungene“ Ausrottung ist jedoch nach wie vor umstritten, und gut organisierte Kokabauerngewerkschaften haben Straßen blockiert, polizeiliche Ausrottungshelfer schikaniert und gelegentlich mit Gewalt gegen die Politik protestiert. Als Reaktion darauf haben die Sicherheitskräfte der früheren Regierung Gewalt angewendet. Im Jahr 1998 stationierte die Joint Task Force (JTF), eine kombinierte Einheit aus Polizei und Militär, Mitglieder in der Region Chapare. Im Jahr 2001 wurde mit finanzieller Unterstützung der US-Botschaft die paramilitärische Expeditionary Task Force (ETF) gegründet. Obwohl die ETF-Truppen aus Zivilisten bestanden, waren die kommandierenden Offiziere bolivianische Militärs. Der Einsatz von Sicherheitskräften und das Versäumnis der Regierung, mit den Kokaanbauern zu verhandeln und/oder Vereinbarungen einzuhalten, führten zu Menschenrechtsverletzungen. Die Fälle von Menschenrechtsverletzungen wurden nicht vor zivilen Gerichten nach bolivianischem Verfassungsrecht verhandelt, sondern vor Militärgerichten, wenn sie überhaupt verhandelt wurden. In einigen Fällen haben Konfrontationen zwischen Sicherheitskräften und Kokaanbauern oder -händlern zu Verletzungen und Todesfällen geführt, was Menschenrechtsfragen aufwirft. Die Regierung Morales hat eine Politik der freiwilligen Ausrottung und der sozialen Kontrolle eingeleitet. Obwohl die gewalttätigen Auseinandersetzungen zwischen der Polizei und den Kokaanbauern bzw. -händlern im Rahmen des neuen Konzepts zurückgegangen sind, muss sich seine langfristige Wirksamkeit erst noch erweisen.
Bolivien plant, zumindest für eine begrenzte Zeit den legalen Kokaanbau auf 20.000 Hektar auszudehnen, und betont die Entwicklung legaler kommerzieller Verwendungsmöglichkeiten für Kokablätter. Obwohl die USA eine langfristige Begrenzung bevorzugen, die sich stärker an der geschätzten legalen Inlandsnachfrage von etwa 4.000 bis 6.000 Hektar orientiert, werden sie die Bemühungen zur Drogenbekämpfung in Bolivien weiterhin unterstützen, da der Vorschlag von 20.000 Hektar immer noch deutlich unter dem derzeitigen Anbau liegt, der seit 2001 zwischen etwa 23.000 und 28.000 Hektar schwankt.
Die Vereinigten Staaten unterstützen auch intensiv die parallelen Bemühungen, den Schmuggel von Kokablättern, Kokain und chemischen Grundstoffen zu unterbinden. Die US-Regierung hat in großem Umfang alternative Entwicklungsprogramme und die polizeilichen Maßnahmen zur Drogenbekämpfung finanziert. Die USA bescheinigten Bolivien 2007 erneut, dass es bei der Zusammenarbeit im Bereich der Drogenbekämpfung nicht „nachweislich versagt“ habe, und bewerteten die bolivianischen Verbotsbemühungen als äußerst positiv, wenn auch vor dem Hintergrund einer stetig steigenden Kokainproduktion und eines zunehmenden Kokainhandels. Die jüngsten bolivianischen Regierungen haben die Drogenbekämpfungsprogramme der US-Regierung unterstützt.
Die Menge des bolivianischen Kokains, die auf den US-Markt gelangt, ist vernachlässigbar. Die New York Times spekuliert, dass die US-Hilfe für die Koka-Bekämpfung eher dazu dient, den US-Beamten einen seltenen Einblick in die Regierung von Herrn Morales zu geben. Doch selbst die begrenzte Zusammenarbeit zwischen den beiden Regierungen gerät zunehmend unter Druck. Radikale Mitglieder der Regierung Morales haben die Ausweisung amerikanischer Entwicklungshelfer gefordert. Im Juni 2008 marschierten 20.000 Demonstranten zur amerikanischen Botschaft in La Paz, stießen mit der Polizei zusammen und drohten, das Gebäude niederzubrennen. Evo Morales lobte später die Demonstranten.