In der Vergangenheit war diese Unterart in allen Teilen des Colorado River Drainagegebiets in Wyoming, Colorado, Utah, Arizona und New Mexico zu finden. Heute gehen Wissenschaftler jedoch davon aus, dass dieser Fisch nur noch 13 % seines historischen Verbreitungsgebiets einnimmt (Range-Wide Status of Colorado River Cutthroat Trout (Oncorhynchus clarkii pleuriticus):2005).
Ein junges Colorado River Cutthroat
Man nimmt an, dass Colorado River Cutthroats das Becken des oberen Muddy Creek, eines Nebenflusses des Little Snake River (der schließlich in den Colorado River mündet) im südlichen Carbon County, Wyoming, bewohnt haben. In historischen Berichten in Briefen und Tagebüchern werden sie als „Mountain Trout“ oder „Speckled Trout“ bezeichnet. Möglicherweise verschwanden die Fische in den 1850er Jahren aus dem oberen Muddy Creek, was auf physische Veränderungen der Umwelt durch Reisende, die Einführung der Bachforelle und anderer nicht heimischer Arten sowie möglicherweise auf den übermäßigen Fang von Bibern zurückzuführen ist, der sich auf Dämme und abhängige Lebensräume auswirkte.
Eine eigene Abstammungslinie der Colorado River Cutthroat Forelle, die als San Juan Cutthroat bekannt ist, wurde ebenfalls im San Juan River und seinen Nebenflüssen gefunden und 2012 durch genetische Tests an zwei 1874 in der Nähe von Pagosa Springs gesammelten Exemplaren identifiziert. Obwohl er als ausgestorben galt, wurden Mitte 2018 acht isolierte Populationen im und um den San Juan National Forest entdeckt. Kurz nach der Wiederentdeckung des San Juan Cutthroat wurden die verbliebenen Populationen durch das 416 Fire bedroht, das sich ihrem verbleibenden Lebensraum näherte. Als Reaktion darauf wurden 58 San-Juan-Kutthroats aus zwei abgelegenen Bächen nördlich von Durango entnommen und werden in Brütereien gehalten, mit dem Ziel, sie in Gefangenschaft zu züchten und wieder anzusiedeln.