FLAG-Tag oder FLAG-Oktapeptid oder FLAG-Epitop ist ein Polypeptid-Protein-Tag, das mittels rekombinanter DNA-Technologie an ein Protein angehängt werden kann und das Sequenzmotiv DYKDDDDK aufweist (wobei D=Asparaginsäure, Y=Tyrosin und K=Lysin). Es ist eine der spezifischsten Markierungen und ein künstliches Antigen, für das spezifische monoklonale Antikörper mit hoher Affinität entwickelt wurden. Es kann daher für die Proteinreinigung durch Affinitätschromatographie und auch für die Lokalisierung von Proteinen in lebenden Zellen verwendet werden. Es wurde verwendet, um rekombinante, überexprimierte Proteine von Wildtyp-Proteinen zu trennen, die vom Wirtsorganismus exprimiert werden. Sie kann auch für die Isolierung von Proteinkomplexen mit mehreren Untereinheiten verwendet werden, da das milde Reinigungsverfahren solche Komplexe nicht stört. Es wurde verwendet, um Proteine von ausreichender Reinheit und Qualität für die Bestimmung der 3D-Struktur durch Röntgenkristallographie zu erhalten.
Ein FLAG-Tag kann in vielen verschiedenen Assays verwendet werden, die die Erkennung durch einen Antikörper erfordern. Wenn es keinen Antikörper gegen ein bestimmtes Protein gibt, kann es durch Hinzufügen eines FLAG-Tags zu einem Protein mit einem Antikörper gegen die FLAG-Sequenz untersucht werden. Beispiele sind zelluläre Lokalisierungsstudien durch Immunfluoreszenz, Immunpräzipitation oder Nachweis durch SDS-PAGE-Proteinelektrophorese und Western Blotting.
Die Peptidsequenz des FLAG-Tags vom N-Terminus zum C-Terminus ist: DYKDDDDK (1012 Da). Zusätzlich kann das 3xFLAG-Peptid im Tandem verwendet werden: DYKDHD-G-DYKDHD-I-DYKDDDDK (wobei der letzte Tag eine Enterokinase-Spaltstelle kodiert). Es kann an den C-Terminus oder den N-Terminus eines Proteins fusioniert oder in ein Protein eingefügt werden. Einige im Handel erhältliche Antikörper (z. B. M1/4E11) erkennen das Epitop nur, wenn es sich am N-Terminus befindet. Andere verfügbare Antikörper (z. B. M2) sind jedoch positionsunempfindlich. Der Tyrosinrest in der FLAG-Marke kann sulfatiert sein, was die Erkennung des FLAG-Epitops durch Antikörper beeinträchtigen kann. Der FLAG-Tag kann in Verbindung mit anderen Affinitäts-Tags verwendet werden, z. B. einem Polyhistidin-Tag (His-Tag), HA-Tag oder Myc-Tag.