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Während ihrer Expedition zur Erkundung des Westens in den Jahren 1804 bis 1806 bemerkten Lewis und Clark als Erste, dass die Gegend um das heutige Nebraska City ein idealer Standort für eine zukünftige Stadt sein würde. Die ersten Anfänge von Nebraska City sind in der Gründung von Fort Kearney im Jahr 1846 zu finden. Fort Kearney wurde auf dem Gebiet der heutigen Stadt Nebraska City in der Nähe der Ufer des Missouri River zwischen North Table Creek und South Table Creek gegründet. Der Militärposten Fort Kearney bestand aus einem Blockhaus und befand sich auf einem Hügel mit Blick auf den Missouri in der Nähe des heutigen Nebraska City. Die Bedeutung des Forts beruhte auf seiner Lage am Missouri River, die einen besseren Transport ermöglichte und Fort Kearney zu einem wichtigen Versorgungsfort für die in der Region operierende US-Armee machte. Die mit dem Fort verbundenen Aktivitäten trugen dazu bei, den ersten Siedlern, die in die Gegend kamen, Beschäftigungsmöglichkeiten zu bieten. Kurz nach seiner Errichtung wurde das Fort aufgegeben, und die Möglichkeit, eine Stadt in der Nähe des Forts zu errichten, wurde nicht wahrgenommen. Die von John Boulware betriebene Fähre am Standort Nebraska City, mit der Armeeangehörige den Missouri River überqueren konnten, wurde jedoch auch nach der Schließung des Forts weiter genutzt. Diese Fähre wurde von Hunderten von 49ern genutzt, die das Nebraska-Territorium auf ihrem Weg nach Kalifornien durchquerten.
Im Jahr 1854 wurde mit der Verabschiedung des Kansas-Nebraska-Gesetzes der Bezirk Otoe geschaffen. Dadurch wurde die Besiedlung des gesamten Nebraska-Territoriums ermöglicht, und im selben Jahr wurde das erste Gebäude der Stadt errichtet. Nebraska City wurde erstmals am 20. Dezember 1853 mit der Eröffnung des Table Creek Post Office anerkannt. Table Creek war im Jahr 1853 eine Postadresse. Im Jahr 1854 wurde die Gemeinde Table Creek zum Sitz von Otoe County ernannt und am 4. März desselben Jahres änderte die Gemeinde ihren Namen von Table Creek in Nebraska City. Nach der Namensänderung von Table Creek in Nebraska City blieb Nebraska City der Sitz des Otoe County.
Nebraska City wurde im Juni 1854 geplottet und am 2. März 1855 gegründet. Der ursprüngliche Plan von Nebraska City befindet sich in der Innenstadt des heutigen Nebraska City. Das Straßennetz, das mit dem ursprünglichen Plan der Stadt verbunden war, sollte den einfachsten Transport von Gütern vom Fluss durch die Stadt und in den Westen ermöglichen. Alle Straßen der Stadt wurden parallel und rechtwinklig zum Missouri River zwischen dem North Table Creek und dem South Table Creek angelegt. Am 16. März 1855 wurde die südöstlich von Nebraska City gelegene Stadt Kearney City gegründet. Dieses Gebiet ist heute vor allem als Kearney Hill bekannt. Das Straßennetz von Kearney City unterschied sich deutlich von dem seiner Nachbargemeinde, da die Straßen im Gegensatz zu den Straßen in Nebraska City um eine Achse gedreht waren. Das alternativ ausgerichtete Straßennetz von Kearney Hill ist auch heute noch gut zu erkennen. Zusätzlich zu Kearney City wurde am 26. Januar 1856 eine dritte Gemeinde namens South Nebraska City gegründet, die direkt südlich von Nebraska City und nördlich des South Table Creek lag. Als eigenständige Gemeinde entwickelte dieses Gebiet auch ein eigenes Straßensystem. Die Straßen in South Nebraska City hatten die gleiche Ausrichtung wie die Straßen in Nebraska City, waren jedoch in Ost-West-Richtung verschoben, so dass die Straßenkorridore beider Gemeinden nicht gerade verliefen. Die Auswirkung dieser Ausrichtung der Straßen in den beiden Gemeinden führte zu Straßen, die nicht dem Rastersystem der Gesamtstadt folgen, und zu einer Reihe von Grundstücken, die deutlich kleiner sind als das typische Entwicklungsmuster der Stadt. Im Dezember 1857 wurden alle drei Gemeinden schließlich zu dem zusammengeschlossen, was heute als Nebraska City bekannt ist.
Die frühen Siedler von Nebraska City waren sich des Mangels an großen Waldgebieten bewusst, was zu einem Mangel an Baumaterial führte. Um dieser Situation entgegenzuwirken, bot der Staat den örtlichen Landbesitzern zahlreiche Anreize, Bäume zu pflanzen. Der Pionier und Einwohner von Nebraska City, J. Sterling Morton, legte nicht nur seine eigene Obstplantage und sein Arboretum an, sondern setzte sich auch politisch für die Anpflanzung von Bäumen ein und war der Begründer des heute landesweit begangenen Arbor Day. Zusätzlich zu seinen Bemühungen um die Einführung des Arbor Day war J. Sterling Morton Kommunal-, Landes- und Bundespolitiker und beendete seine politische Karriere 1897 als Landwirtschaftsminister unter Präsident Grover Cleveland. Mortons Wohnhaus in Nebraska City, eine 52-Zimmer-Villa, die dem Weißen Haus in Washington D.C. nachempfunden ist, wurde ursprünglich 1879 erbaut. Im Jahr 1923 wurde dieses Gebäude in die Arbor Lodge umgewandelt; ein staatlicher historischer Park und ein Arboretum.
Zwei Jahre nach dem Ende des Bürgerkriegs, am 1. März 1867, wurde Nebraska offiziell der 37ste Staat der Union. Die Einführung von Nebraska als Bundesstaat trug dazu bei, neue Siedler anzulocken, und die Lage von Nebraska City als guter Übergang über den Missouri River förderte die Entwicklung in Nebraska City. Der erste Wachstumsschub erfolgte, als die Eisenbahn in die Stadt kam und sich die örtliche Wirtschaft von der Güterbeförderung auf dem Fluss auf das wachsende Eisenbahnnetz verlagerte. Im April 1871 wurde die Burlington and Missouri River Railroad mitten durch die neu gegründete Stadt gebaut, was wiederum zu einem Anstieg der Industrie in der Gegend führte. Durch den einfachen Zugang zum Schienen- und Binnenschiffsverkehr vom Fluss aus konnten die Unternehmen florieren.
Die verarbeitende Industrie spielte eine sehr wichtige Rolle für das Wachstum der Gemeinde. Die frühe industrielle Entwicklung führte dazu, dass die Einwohnerzahl der Stadt im Jahr 1890 einen Rekord von 7.550 erreichte. Dank der erstklassigen Lage am Missouri River und dem unmittelbaren Zugang zur Eisenbahn konnten die lokalen Waren die Märkte in den sich entwickelnden Gebieten des amerikanischen Kontinents erreichen. Der Schwerpunkt der verarbeitenden Industrie in Nebraska City lag auf den Bedürfnissen der Landwirtschaft. Als die Menschen in Nebraska City und Umgebung das landwirtschaftliche Potenzial Nebraskas erkannten, wurde der Bedarf an Pflügen, Maschinen und Metallwaren deutlich; die örtliche Industrie war aufgrund der vorteilhaften Lage an den Hauptverkehrswegen bestens geeignet, diese Produkte zu liefern. 1888 druckte S.H. Calhoun Jr. ein Werbebuch, in dem er die Vorteile von Nebraska City für das industrielle Wachstum pries.
Nebraska City erlebte ab 1900 einen Rückgang der industriellen Aktivitäten und der Bevölkerung. Der Flussverkehr nahm ab, und die ursprünglich in Nebraska City konzentrierten Eisenbahnen vernetzten sich weiter in der Prärie. Der Frachtverkehr, der Reiseverkehr und die Industrie gingen zurück, und die Einwohnerzahl sank auf etwa 7.000, wo sie seit Jahrzehnten geblieben ist. Zu den heutigen Arbeitsplätzen gehören die Kunststoff- und Fertigungsindustrie, die Produktion von Erdgaszählern, die Stromerzeugung, die Fleischverarbeitung, der Einzelhandel, das Bildungswesen, das Gesundheitswesen und Dienstleistungseinrichtungen, um nur einige zu nennen. Im Jahr 2015 führte eine erneute Betonung der Gründung von Kleinunternehmen und des Unternehmertums dazu, dass die Stadt mit der Privatwirtschaft zusammenarbeitete, um eine Infrastruktur für Glasfaserkommunikation in der Stadt zu schaffen.
Nebraska City hat sich bemüht, seine historischen Gebäude und Orte zu erhalten, was dazu führte, dass viele Gebäude von Nebraska City im Nationalen Register für historische Stätten sowie im Historischen Register von Nebraska aufgeführt sind. Aufgrund des historischen Kleinstadtcharakters der Stadt und der Nähe zu den großen Bevölkerungszentren Omaha, Lincoln und Kansas City hat sich die Tourismusindustrie entwickelt und floriert. Im Jahr 1968 rief Nebraska City das berühmte AppleJack Festival ins Leben. Diese Veranstaltung zieht saisonale Touristen in die Gemeinde und wurde 2015 von USA Today als eines der Top-10-Herbstfestivals ausgezeichnet. 1972 wurde die Arbor Day Foundation von John Rosenow gegründet, der auch den Bau des Lied Lodge and Conference Center im Jahr 1993 leitete. Die Arbor Day Foundation ist eine gemeinnützige Umwelt- und Bildungsorganisation mit einer Million Mitgliedern, deren Ziel es ist, Menschen zum Pflanzen, Pflegen und Feiern von Bäumen zu inspirieren. Das Lied Lodge and Conference Center bietet eine resortähnliche Atmosphäre für Konferenzen, Management-Retreats, Familientreffen und Hochzeiten. Das Lewis & Clark Center im Missouri River Basin hat die Geschichte der Region und die Anziehungskraft für den Tourismus erkannt und zieht seit seinem Bau im Jahr 2004 jedes Jahr Besucher aus allen 50 Staaten und zahlreichen Ländern an. Die dreistöckige, 12.000 Quadratmeter große Einrichtung liegt auf einer malerischen, bewaldeten Steilküste mit Blick auf den Missouri River und vermittelt den Besuchern von heute ein Gefühl dafür, warum Lewis und Clark diese Gegend vor über 200 Jahren besuchten.
Neben der einzigartigen Geschichte trägt auch die Kunst zum Tourismus in Nebraska City bei. Im Jahr 2001 wurde in Nebraska City das Kimmel-Harding-Nelson Center for the Arts gegründet. Das Zentrum beherbergt jährlich zwischen fünfzig und sechzig bildende Künstler, Schriftsteller, Komponisten und interdisziplinäre Künstler aus dem ganzen Land und der ganzen Welt und nimmt jeweils bis zu fünf Künstler für Aufenthalte von zwei bis acht Wochen auf. Dieses Artist-in-Residency-Programm hat dazu beigetragen, das Gesicht der Kunst in Nebraska und der Region zu prägen. 2013 wurde unter anderem ein gemeinschaftliches Kunstprojekt mit dem Titel âAn Enchanted Arboretumâ ins Leben gerufen. Dieses Projekt besteht aus einundsiebzig (71) stilisierten Baumskulpturen, die von professionellen Künstlern und Studenten aus Nebraska City entworfen wurden. Fünfundzwanzig (25) sechs Fuß hohe, von professionellen Künstlern gestaltete Bäume stehen auf öffentlichen Plätzen in Nebraska City, und sechsundvierzig (46) vier Fuß hohe, von Studenten gestaltete Bäume stehen in der ganzen Stadt innerhalb oder außerhalb von Geschäften und privaten Häusern und Höfen. Ein verzaubertes Arboretum war das Pilotprojekt der Arbor City Initiative von Nebraska City, einer von der Basis ausgehenden Gemeinschaftsinitiative, die sich der Förderung der Stadt als Arbor Day’s Hometown Where Great Ideas Grow widmet.
Im Laufe der Geschichte von Nebraska City hat sich die Wirtschaft auf den Missouri River und die Landwirtschaft konzentriert. Heute liegen Nebraska City und Otoe County an und/oder in der Nähe von wichtigen Verkehrswegen wie der Interstate 29 im Osten und der Interstate 80 im Norden. Nebraska City hat über den U.S. Highway 75 und den State Highway 2 Zugang zu den beiden Interstate-Systemen. Der Highway 75 ist eine zweispurige Straße, während der State Highway 2 eine vierspurige Schnellstraße mit eingeschränktem Zugang ist, die die Stadt Lincoln und die Interstate 29 über den J. Sterling Morton Beltway am südlichen Rand von Nebraska City verbindet. Obwohl der Flussverkehr im Laufe der Zeit abgenommen hat, dient der lokale Flusszugang dem Verkehr zu anderen Terminals und Märkten flussaufwärts und flussabwärts.