Harnwegsinfektionen gehören zu den häufigsten bakteriellen Infektionen. Sie können entweder unkompliziert auftreten, wenn keine strukturellen oder funktionellen Anomalien im Urogenitaltrakt des Patienten vorliegen, oder kompliziert, wenn dies der Fall ist. Im letzteren Fall sind häufige prädisponierende Faktoren das Vorhandensein eines Fremdkörpers, einschließlich eines Harnkatheters, oder die Unterbrechung des normalen Harnflusses durch Obstruktion oder Retention. Die Fähigkeit der Bakterien, erfolgreich in die Harnwege einzudringen, ist sehr unterschiedlich, wobei die überwiegende Mehrheit der Infektionen auf eine kleine Anzahl von Arten zurückzuführen ist. Der Infektionsweg ist in der Regel das Aufsteigen aus der Harnröhre. Bestimmte uropathogene Stämme von Escherichia coli sind, gemessen an der Häufigkeit, mit der sie als Erreger identifiziert werden, die tüchtigsten. Diese Stämme weisen eine Reihe von Virulenzfaktoren auf, die es ihnen ermöglichen, diese Nische zu besetzen – was bei zunehmendem Verständnis verschiedene Behandlungsmethoden fördern könnte. Andere Arten werden oft nur bei Vorliegen einer zugrundeliegenden urologischen Anomalie nachgewiesen. Das Vorhandensein eines Harnkatheters oder eines anderen Urindrainagegeräts bietet den Organismen ein ideales Gerüst für die Entwicklung eines Biofilms, der sie wiederum vor einer erfolgreichen Eradikation schützt. Auch Nierensteine können mit der Biofilmproduktion in Verbindung gebracht werden.