Ist cDNA einzel- oder doppelsträngig ? – (Feb/09/2006 )

Hallo,
Ich habe meine Frage an anderer Stelle gestellt, aber keine Antwort erhalten. Ich möchte sie hier stellen, und es tut mir leid, dass es eine dumme Frage ist, denn ich bin wirklich verwirrt !
Ich habe irgendwo etwas gelesen, das mich über cDNA verwirrt hat. Ich würde gerne wissen, ob cDNA ein Doppelstrang oder ein Einzelstrang ist?
Ich weiß, dass cDNA die Kopie von mRNA durch reverse Transkriptase ist, also wäre es theoretisch ein Einzelstrang, richtig oder irre ich mich?
Danke für dein Feedback

Für die meisten Fälle, wie z.B. für RT-PCR, 3′ oder 5′ RACE, verwenden wir nur einzelsträngige cDNA (der erste Strang cDNA), während im Falle der Vorbereitung der cDNA für die Bibliothekskonstruktion oder RDA/SSH-Analyse, die zusätzliche zweite Strangsyntheseschritt für die Erzeugung von doppelsträngiger cDNA benötigen könnte.

hi
Sie müssen 2 Dinge unterscheiden:
cDNA ist im Allgemeinen das DNA-Molekül, das ungefähr der mRNA-Sequenz entspricht. Es ist also ein doppelsträngiges Molekül, das in den meisten Fällen in einem Plasmid zur Expression enthalten ist.
RT PCR: das mRNA-Molekül wird in cDNA-Einzelstrang revers transkribiert. Danach eliminiert RNase das mRNA-Molekül und man erhält ein einzelsträngiges cDNA-Molekül. Da der nächste Schritt eine ganz klassische PCR ist, ist ein Einzelstrang für die Exposition in Ordnung (und der erste Schritt, der der Synthese des entsprechenden zweiten Strangs eines DNA-Moleküls entspricht, stellt das echte cDNA-Molekül wieder her.
Richtig ist, dass cDNA ein doppelsträngiges Molekül ist, aber der Einfachheit halber wird cDNA auch für die Konstruktion des revers transkribierten Moleküls der RTPCR verwendet. Sie sollte als halbe cDNA oder einzelsträngige cDNA bezeichnet werden.
cDNA ist eine Kurzbezeichnung.

wobei cDNA, die Abkürzung für komplementäre DNA, in den meisten Fällen als ein einzelsträngiges DNA-Molekül mit einer zu einem RNA-Molekül komplementären Nukleotidsequenz definiert ist und im Labor durch reverse Transkription aus mRNA synthetisiert wird….

Die cDNA ist also einsträngig, bis eine PCR-Reaktion durchgeführt wird? Ok, wie erzeugt die Taq-DNA-Polymerase in diesem Fall einen zweiten komplementären Strang aus nur einem ? Wenn die beiden Primer an jede Seite desselben Strangs annektieren, wie können sie dann den zweiten Strang (den neuen komplementären Strang) erzeugen?

In der PCR bindet ein Primer an ein einzelsträngiges Stück DNA (deshalb muss der erste Schritt immer bei 94C (oder so) erfolgen, um alle doppelsträngigen Moleküle in Einzelstränge aufzuteilen. Im Falle des ersten Strangs der cDNA aus einer RT-Reaktion bindet nur ein Primer in der ersten Runde… Das bedeutet, dass die erste Runde der Amplifikation in einer RT-PCR nicht logrithmisch ist – man synthetisiert einfach den zweiten Strang der cDNA. In den folgenden Runden (Runde 2 bis Runde n) findet eine logrithmische Amplifikation statt, da sowohl der Vorwärts- als auch der Rückwärtsprimer an die denaturierte doppelsträngige Vorlage binden.
In der ersten Runde ist es der Vorwärtsprimer, der sich bindet… Ich denke, das liegt daran, dass mRNA=Vorwärtsstrang im Genom und der erste Strang cDNA=Komplement der mRNA (oder ist das gleiche wie der Rückwärtsstrang im Genom)
Kann jemand meine Logik hier überprüfen, ich verwirre mich… ist das richtig, dass die mRNA das Komplement des Rückwärtsstrangs der genomischen DNA ist?
d.h. mRNA-Sequenz=Vorwärtsstrang=5′-3′ Sequenz in gDNA (nur mit U nicht T)??
HTH

Danke für alles, jetzt ist es mir klarer.

Ich denke schon, ja, bis man auf ein Intron trifft, oder ?
Wir können jede deiner bekannten mRNA-Sequenzen im NCBI überprüfen, den genomischen Treffer wiederherstellen und die Sequenzen vergleichen, um zu sehen, ob es stimmt oder nicht.

Ja, das stimmt, man müsste die Introns auslassen
Hört sich nach einer guten Möglichkeit an, das zu testen, ich werde es später versuchen, wenn ich die Gelegenheit habe und Ihnen Bescheid geben… je mehr ich darüber nachdenke, mRNA-Sequenz=Vorwärtsstrangsequenz muss aber stimmen…
Danke!