Marlon Green wurde in El Dorado, Arkansas, geboren. Sein Vater, Mickinley Green, wurde 1900 geboren und heiratete Greens zukünftige Mutter Lucy am 10. April 1921. Greens Bruder Rudolph Valentino Green wurde 1928 geboren, gefolgt von Marlon (6. Juni 1929), Jean Evelyn (1933), James Zell (1936) und Allen David (1941).
Im Jahr 1936 oder 1937 zog die Familie nach Lansing, Michigan, wo er bei der Drop Forge Company Arbeit fand. Später arbeitete er im Haushalt des Zahnarztes J. Shelton Rushing als, wie sein Sohn es nannte, „Major Domo“.
Marlon Green trat in die United States Air Force ein, wo er zuletzt als Pilot der SA-16 Albatross bei der 36th Air Rescue Squadron auf dem Johnson Air Base in Tokio, Japan, eingesetzt war. Während seines Urlaubs im Jahr 1957 bewarb er sich um eine Stelle als Pilot bei Continental Airlines und wurde zu einem Vorstellungsgespräch eingeladen, nachdem er die Frage nach der Rassenzugehörigkeit in seiner Bewerbung nicht ausgefüllt hatte. Er versäumte es auch, in den kleinen quadratischen Block in der oberen rechten Ecke der ersten Seite der Bewerbung ein Bild von sich selbst einzukleben, während fünf andere weiße Bewerber, die weniger qualifiziert waren, eingestellt wurden. Unterschiedlichen Quellen zufolge wurde er entweder abgelehnt oder als der landesweit erste afroamerikanische Pilot bei einer großen kommerziellen Fluggesellschaft eingestellt, aber nach seinem Orientierungsgespräch abgelehnt. Am 22. April 1963, nach einer mündlichen Verhandlung am 28. März 1963, entschied der Oberste Gerichtshof der Vereinigten Staaten in der Rechtssache Colorado Anti-Discrimination Commission v. Continental Airlines, Inc. 372 U.S. 714 no. 146″, dass Green unrechtmäßig diskriminiert worden war. 1964 stellte American Airlines David Harris als ersten afroamerikanischen Piloten für eine große US-Passagierfluggesellschaft ein. Nach seinem Sieg vor dem Obersten Gerichtshof flog Green von 1965 bis 1978 für Continental, zunächst als Pilot auf Vickers Viscounts von Denver aus. Im Jahr 1966 wurde er Kapitän.
Green starb im Alter von 80 Jahren in Denver, Colorado. Er war geschieden und hinterlässt seine drei Töchter und drei Söhne. Am 16. Februar 2010 wurde auf dem George Bush Intercontinental Airport in Houston, Texas, eine Boeing 737-824 (N77518, cn 31605)> der Continental Airlines nach ihm benannt.
Green wurde zu Lebzeiten in die Arkansas Aviation Hall of Fame aufgenommen.