Die geografische Lage der Ostindischen Inseln inmitten bedeutender Windsysteme und Handelsrouten hat ihre Geschichte nachhaltig beeinflusst. Das Klima und die geologische Aktivität haben das Land geformt und den Archipel geschaffen.
Einst, so glauben Geologen, gab es keine Inseln in dem alten Meer, das Asien und Australien trennte. Die äußere Schicht der Erde ist in viele starre Blöcke unterteilt, die tektonischen Platten, die sich langsam über die Erdoberfläche bewegen. Einige der ostindischen Inseln entstanden, als eine unterseeische Platte mit einer anderen Platte zusammenstieß. Durch die Hitze und die Bewegung der einen Platte, die die andere überlagert, wurden Krustenrücken aufgeworfen, und die Spitzen bildeten Inseln. Diese geologischen Kräfte zeigen sich heute in den Geysiren, aktiven Vulkanen und häufigen Erdbeben, die überall in Ostindien auftreten. Andere Bewegungen der Platten zeigen sich in der verdrehten Form einiger Inseln, wie den vier Armen von Celebes.
Die Meere zwischen den Inseln sind sehr flach, und die Strömungen sind stark. Für große Schiffe ist es schwierig, zwischen den meisten Inseln hindurchzufahren, und es ist ein langer Weg um sie herum. Seit Jahrhunderten passieren Schiffe, die zwischen Europa, Afrika, der arabischen Halbinsel und Indien im Westen und China, Japan und dem Westen der Vereinigten Staaten im Osten verkehren, zwischen Sumatra und der malaiischen Halbinsel die als Straße von Malakka bekannte tiefe See.
Die Verteilung von Pflanzen und Tieren in Ostindien hat zusammen mit anderen Beweisen Wissenschaftler zu dem Schluss geführt, dass einige der westlichen Inseln einst über Land mit dem südostasiatischen Festland verbunden waren. Neuguinea war einst mit Australien verbunden. Die relativ flachen Meere zwischen der Malaiischen Halbinsel und den Inseln Sumatra, Java, Bali und Borneo sind weniger als 90 Meter tief. Auf diesen Inseln leben die Tiere des Festlandes, wie Tiger, Nashörner und Affen. Auf den östlich gelegenen Inseln hingegen sind die Tiere denen Australiens ähnlich. Der Naturforscher Alfred Russel Wallace kartierte diese Unterteilung, die heute als Wallace’s Line bekannt ist, und veröffentlichte sie 1869. Indem er die Ausbreitung und den Artenwandel der Vögel auf den Inseln untersuchte, gelangte Wallace unabhängig von Charles Darwin zur Evolutionstheorie.
Die üppigen tropischen Wälder, Palmen, Farne, Bambus und leuchtenden Blumen der Ostindischen Inseln sind Teil der Fabel. Sie sind das Ergebnis eines äquatorialen Klimas, das im Allgemeinen heiß und feucht ist. Die Niederschlagsmenge liegt an den meisten Orten zwischen 250 und 380 Zentimetern pro Jahr. Auf Meereshöhe liegt die Temperatur an den meisten Orten das ganze Jahr über zwischen 26° und 32° C (80° und 90° F). Die Inseln sind jedoch gebirgig, und viele Orte liegen im Regenschatten eines Berges und bekommen nur wenig oder nur saisonalen Regen ab. Auf den höheren Bergen und Hochebenen ist das Klima subtropisch, und auf den Gipfeln oberhalb von 3.050 Metern gibt es ein kühles Klima und sogar Schnee. Die nördlicheren Inseln werden in ihren Niederschlagsmustern stark von den Monsunwinden beeinflusst.
Die wechselnden Winde waren für Handel und Schifffahrt sehr wichtig, bis im 19. Jahrhundert das Dampfschiff entwickelt wurde. Kaufleute segelten mit dem Nordostmonsun von China nach Sumatra, lagerten ihre Waren in Lagerhäusern und übernahmen Ladungen aus Indien oder dem Nahen Osten. Mit dem Südwestmonsun segelten sie dann zurück nach China, während die Kaufleute aus Indien ankamen, ihre Ladung entluden, die chinesischen Waren in den Lagerhäusern an Bord nahmen und mit dem nächsten Nordostmonsun nach Indien zurückkehrten. Auf diese Weise blühten Städte und Reiche in Indien auf.