Pierpont Morgan stammte von fünf Generationen angesehener Bürger Neuenglands ab – beide Seiten seiner Familie waren vor der Revolution in die Neue Welt gekommen. Einer seiner Vorfahren mütterlicherseits war James Pierpont, ein Gründer von Yale, dessen Tochter Jonathan Edwards heiratete. Ein weiterer Vorfahre mütterlicherseits war Reverend John Pierpont, Pierponts Großvater mütterlicherseits, ein unitarischer Geistlicher, Dichter und radikaler Verfechter der Sklaverei und Mäßigung. Pierponts Großvater Joseph Morgan war Mitbegründer der Aetna Insurance Company und hinterließ 1847 ein Vermögen von rund 1 Million Dollar. Junius Morgan (Josephs Sohn) heiratete 1836 die Tochter von Reverend Pierpont, Juliet. Ein Jahr später wurde ihr erstes Kind, Pierpont, in Hartford geboren. Sie hatten auch drei Töchter – Sarah, Mary und Juliet – und Pierponts einzigen Bruder Junius, der nur elf Jahre alt wurde.
Nach seinem Erfolg mit einer Hartforder Trockenwarenfirma nahm Junius Morgan eine Partnerschaft im Investmenthaus von George Peabody & Co. (die spätere J. S. Morgan & Co.) an und zog 1854 mit seiner gesamten Familie nach London. Pierpont hatte gerade seinen Abschluss an der English High School in Boston gemacht. Um seinen Sohn auf eine Karriere im internationalen Bankwesen vorzubereiten, schickte Junius Pierpont nach der High School nach Europa, um Französisch und Deutsch zu lernen. Als er 1857 im Alter von zwanzig Jahren seine Arbeit als Banklehrling in New York aufnahm, beherrschte er beide Sprachen fließend und war mit mehr Kulturen vertraut als die meisten Amerikaner seiner Zeit. In den nächsten dreißig Jahren arbeiteten er und sein Vater zusammen, um Kapital aus Europa in die aufstrebende amerikanische Wirtschaft zu leiten, und Pierpont überquerte mindestens einmal im Jahr den Atlantik, um sich mit seinen Londoner Partnern zu treffen und seine europäische kulturelle Bildung fortzusetzen.