In der Atlantikschlacht eskortierte die HMS Rajputana mehrere Konvois im Nordatlantik von den Bermudas und Halifax, Neuschottland, unter Kapitän F. H. Taylor mehrere Nordatlantikkonvois von den Bermudas und Halifax Neuschottland, darunter BHX 42, BHX 45, BHX 49, BHX 52, BHX 54, BHX 61, BHX 64, BHX 71, BHX 83, BHX 94, BHX 101, BHX 111 und BHX 117.
Ihre Schwesterschiffe SS Rawalpindi, SS Ranchi und SS Ranpura wurden ebenfalls zu bewaffneten Handelskreuzern umgebaut. Abgesehen von kleinen Korvetten waren die umgebauten Passagierschiffe wie die HMS Rajputana der einzige bewaffnete Schutz für die meisten der frühen Konvois. Mit ihren 6-Zoll-Kanonen (152 mm) waren sie die einzigen Begleitschiffe, die deutsche Überwasserschiffe bekämpfen konnten. Nur sehr wenige Konvois erhielten den Schutz größerer Kreuzer oder Schlachtschiffe.
Am 13. April 1941, vier Tage nachdem sie sich vom Konvoi HX 117 getrennt hatte, wurde sie in der Dänemarkstraße westlich von Reykjavík, Island, von U-108 unter Klaus Scholtz torpediert. Sie sank über eine Stunde später unter Verlust von 42 Männern, darunter ihr letzter ziviler Kapitän, Commander C. T. O. Richardson. Insgesamt 283 Besatzungsmitglieder wurden von dem Zerstörer HMS Legion gerettet, einige von ihnen, nachdem sie zwölf Stunden in überfüllten Rettungsbooten verbracht hatten. Unter den Überlebenden war Daniel Lionel Hanington, der später Konteradmiral in der Royal Canadian Navy wurde.
Von ihren Schwesterschiffen überlebten zwei den Krieg. Am 23. November 1939 kämpfte die HMS Rawalpindi auf der „Northern Patrol“ zur Bewachung der GIUK-Lücke gegen die deutschen Schlachtschiffe Scharnhorst und Gneisenau. Sie verhinderte den Durchbruch der Schiffe, wurde aber selbst südöstlich von Island in der Island-Färöer-Passage versenkt. Die HMS Ranchi überlebte den Krieg und wurde 1953 in Newport abgewrackt. Die HMS Ranpura wurde 1943 an die Admiralität verkauft und zu einem Reparaturschiff umgebaut. Sie diente in der Royal Navy als Flottendepotschiff bis 1961, als sie abgewrackt wurde. Sie nahm 1956 an der britischen Invasion in Ägypten teil.