Das College of Pharmacy wurde 1903 als School of Pharmacy gegründet und eröffnet und befand sich in der Science Hall. Ein ortsansässiger Arzt, Dr. Samuel C. Benedict, fungierte als Teilzeitdekan und ein ortsansässiger Apotheker von H.R. Palmer & Sons, Arthur J. Palmer, als Teilzeitprofessor für Pharmazie. Dr. Benedict lehrte auch Materia Medica. Die Science Hall wurde im November des ersten Jahres durch ein Feuer zerstört, so dass die Pharmazieschule in den Keller der Terrell Hall umzog.
Zu Beginn des Schuljahres 1907-08 stellte die Schule Robert C. Wilson als ersten Vollzeitmitarbeiter ein (Wilson war der Enkel von George Foster Pierce). Die erste Gruppe von Absolventen begann 1908 mit dem Studium der Pharmazie.
Nach dem Tod von Dekan Benedict im Jahr 1914 wurde Robert Wilson Direktor der Schule und blieb in dieser Position bis 1948. Wilson wurde 1924 zum Dekan der School of Pharmacy ernannt. Später änderte die Schule ihren Namen in College of Pharmacy. Im Jahr 1926 bot die Schule als eine der ersten im Land einen vierjährigen Bachelor of Science in Pharmazie an. Zu dieser Zeit wurde auch das zweijährige Promotionsstudium eingestellt.
Der Standort der Schule blieb bis 1939 in der Terrell Hall, als sie in den zweiten und dritten Stock des neu gestalteten New College-Gebäudes umzog. In den 1940er Jahren finanzierte Robert W. Woodruff mit mehreren Spenden ein Dispensierlabor, eine Apotheke und ein pharmakologisches Labor.
1951 begann das Master of Science-Programm des Colleges und 1964 das Ph.D.-Programm, wobei die ersten Doktortitel 1967 verliehen wurden. Die Schule zog 1964 in ihr heutiges Gebäude, das Robert C. Wilson Pharmacy Building, ein; das Gebäude wurde jedoch erst 1978 (zum 100. Geburtstag von Dr. Wilson) nach ihm benannt.
Dr. Stuart Feldman von der University of Houston wurde 1991 zum Dekan ernannt. Während seiner Amtszeit erhielt das College Mittel aus der Lotterie des Bundesstaates Georgia, um die Technologie im Bildungswesen zu verbessern, und das Millikan Educational Resources Center wurde in ein Computerlabor umgewandelt, zu dem die Studenten Zugang haben. Einem landesweiten Trend folgend wurde der Lehrplan vom Quartals- auf das Semestersystem umgestellt, und der Einstiegsdiplomstudiengang Doktor der Pharmazie (PharmD) sowie das nicht-traditionelle Doktor der Pharmazie Pathway Program wurden eingeführt. Ein Vollzeit-Koordinator für das Praktikum wurde eingestellt.
Dr. Svein Øie von der University of California San Francisco wurde am 1. Januar 2000 Dekan. Unter seiner Leitung hat das College seine Klassengröße erhöht, seine regionale Präsenz ausgebaut, an der Einrichtung eines Zentrums für Arzneimittelentdeckung und eines Zentrums für die Abwehr von Massenvernichtungswaffen mitgewirkt, die interdisziplinäre Forschung verstärkt und seinen Forschungsschwerpunkt ausgebaut.
Das College hat sich aktiv an der Ausbildung von Fachärzten beteiligt. Im Jahr 2003 feierte das College sein hundertjähriges Bestehen. Durch Fundraising-Bemühungen konnte die Zahl der Stipendien und Stiftungsprofessuren erhöht werden, und es wurden mehr Mittel für die Verbesserung der Gebäude bereitgestellt. Im Jahr 2007 bewilligte die Legislative des Bundesstaates Georgia Mittel in Höhe von 44 Millionen Dollar für einen neuen, 93.288 Quadratmeter großen Anbau an die Hochschule. Die neue Einrichtung, die als Pharmacy South bekannt ist, wurde neben dem Robert C. Wilson Pharmacy Building gebaut und im September 2009 eingeweiht. Die Renovierung von mehr als 60 % des Wilson-Gebäudes wurde im Jahr 2010 abgeschlossen. Die Hochschule ist eine Partnerschaft mit dem Medical College of Georgia der Georgia Regents University in Augusta, Georgia, eingegangen. Im Herbst 2013 führte die Hochschule einen neuen Bachelor-Studiengang in pharmazeutischen Wissenschaften ein.