A parazita protozoonok többnyire meglehetősen állandó környezetben élnek. A hőmérséklet nagyon kevéssé vagy egyáltalán nem ingadozik a gazdaszervezeten belül, a kiszáradás nem jelent veszélyt, és a táplálék állandóan rendelkezésre áll. A szabadon élő protiszták ezzel szemben a hőmérséklet, a víz savassága, a táplálékellátás, a nedvesség és a fény rövid vagy hosszú távú változásaival szembesülnek. Sok protozoon a kedvezőtlen környezeti körülményekre encisztázással válaszol: vastag, kemény falat választanak ki maguk körül, és gyakorlatilag a hibernációhoz hasonló nyugalmi állapotba kerülnek. Az ellenálló ciszta kialakításának képessége széles körben elterjedt a protisztanuszok különböző csoportjai között, és valószínűleg evolúciós történetük korai szakaszában alakult ki. A nyugalmi cisztákat a szél is könnyen magával viszi, és a talajban élő vagy efemer tavakban és medencékben gyakori fajok számára fontos terjedési eszközt jelentenek. A határozott hideg évszakokkal rendelkező éghajlatokon a ciszta az éves életciklus fontos szakasza lehet.
A ciszta fala változó számú rétegből áll, amelyek összetevői a fajtól függenek. A cisztásodás során a protozoonsejt egy sor olyan változáson megy keresztül, amelyek jelentősen csökkentik a szervezet komplexitását. A flagellás szervezetek és a ciliáták elveszítik flagelláikat és csillóikat, eltűnik a kontraktilis vakuólum és a táplálékvakuolumok, és a sejten belüli organellumok eloszlása is átrendeződhet. Egyes fajoknál a sejttérfogat jelentősen csökken. Ezek a változások az excisztásodás során megfordulnak.
Egyes tengeri planktonikus tintinnidák arra vannak programozva, hogy tömegesen törjenek ki cisztáikból az év azon időszakaiban, amikor a táplálékkínálat bőséges. A Helicostomella subulata például a mérsékelt égövi vizekben júniusban kiválik, és júliustól októberig nagy számban jelenik meg. Októberben ismét encisztázik, és lesüllyed az üledékbe, ahol a következő évig marad. A ciszta az éves életciklus normális része, és még ennek a ciliátának laboratóriumi populációi is a természetes populációval egy időben encisztáznak. Ezt a fajta életstratégiai mintát több más ciliátánál és néhány amőbánál is kimutatták.
A talajlakó egysejtűek számára a ciszta fontos menedék, amikor a talajnedvesség eltűnik, vagy amikor a talajvíz befagy. A fagyásnak és időszakos rövid távú olvadásnak kitett talajokban a protozoonok gyorsan excisztáznak, táplálkoznak és szaporodnak, majd újra encisztáznak, amikor a talajvíz átmenetileg nem áll rendelkezésükre.
A ciszta fontos szerepet játszik számos olyan parazita protozoon életciklusában, amelyeknek van szabadon élő terjedési szakaszuk, mint például az Entamoeba histolytica és a Cryptosporidium. A ciszták a gazdaszervezet székletével ürülnek, és vízben vagy talajban is túlélnek. Az emberek általában szennyezett víz ivásával vagy olyan nyers gyümölcsök és zöldségek fogyasztásával fertőződnek, amelyeket ott termesztettek, ahol emberi ürüléket trágyaként használtak.
A.L. Leu
Néhány édesvízi protozoon, különösen a Spirostomum, Loxodes és Plagiopyla ciliáták, úgy kerülik el a kellemetlen körülményeket, különösen az oxigénhiányt, hogy felhagynak fenéklakó életmódjukkal, és felfelé úszva olyan szintre helyezkednek, ahol némi oxigén áll rendelkezésre, de ahol nem állnak közvetlen versenyben a planktonikus fajokkal. Ott maradnak mindaddig, amíg a tófenéken ismét nem lesz oxigén, és ekkor lefelé vándorolnak.
Az algaszimbiózist és a fotoszintetikus zsákmány plasztidjainak a planktonikus protozoonok általi megtartását és megkötését magában foglaló mixotrófia széles körű előfordulását a táplálékhiányos vizekhez való alkalmazkodásnak tartják. Úgy tűnik, hogy a plasztidokat visszatartó ciliáták sokkal gyakoribbak azokban a vizekben, ahol kevés a táplálék, mint a termékeny vizekben. A mixotrófiának ez a formája és az ökoszisztéma termelékenysége között fordított kapcsolat áll fenn.