Agaróz

Agarózporok és előregyártott gélek

A Bio-Rad számos agarózport és előregyártott agarózgélt kínál a DNS- és RNS-elektroforézishez, beleértve az impulzusmező-gélelektroforézist és az olyan speciális alkalmazásokat, mint az IEP és IEF. A porok tanúsított genetikai minőségben tesztelt DNS-agarózok. Előregyártott géljeink TBE vagy TAE pufferben, etídium-bromiddal vagy anélkül is kaphatók.

Agaróz típusok és felhasználások az elektroforézisben

Minden Bio-Rad agaróz termék garantáltan mentes az inhibitoroktól, DNázoktól és RNázoktól. Többféle agaróz típus létezik, amelyeket különböző felhasználási célokra optimalizáltak.

Molekuláris biológiai agaróz: Ez egy általános célú agaróz, amely magas kizárási határral rendelkezik. Ez az agaróztípus nagy gélszilárdsággal rendelkezik, és alacsony százalékban könnyen kezelhető. A molekuláris biológiai agaróz GQT (genetic quality tested) minőségű, így ideális preparatív gélekhez és DNS visszanyeréséhez. Az analitikai elválasztás >1,000 bázispár (bp).

Low-melt agarose: Az alacsony olvadáspontú agaróz fő felhasználási területe a preparatív elektroforézis. Ideális az olyan gélben történő alkalmazásokhoz, mint a ligálás, PCR, restrikciós enzimes emésztés, transzformáció és szekvenálás. Egyéb alkalmazások közé tartozik a megabázisos DNS impulzusmezővel történő elektroforézise és a kromoszómák beágyazása. Ez az agaróz 26°C-os gélesedési hőmérséklettel és nagy felbontóképességgel rendelkezik, >1,000 kb.

Az alacsony olvadású agarózt az immobilizált pH-gradiens (IPG) csíkok rögzítésére is használják az izoelektromos fókuszáláshoz, a 2D SDS-PAGE második dimenziójához. Ez az agaróz brómfenol-kéket tartalmaz az elektroforézis ellenőrzéséhez.

PCR agaróz: Ez a nagy szilárdságú agaróz olyan géleket képez, amelyek könnyen kezelhetők, és még magas gélszázaléknál is rugalmasak maradnak, csökkentve a repedés vagy törés kockázatát. A gélképződési hőmérséklet 40°C. Ez az agaróz kiváló szitálási tulajdonságokkal és az összes agaróz közül a legnagyobb gélszilárdsággal rendelkezik.

PCR low-melt agaróz nagy szitálási képességgel rendelkezik. Ideális preparatív elektroforézishez és gélen belüli alkalmazásokhoz, mint például restrikciós enzimes emésztésekhez, ligáláshoz és transzformációhoz. A PCR agaróz ajánlott <1,000 bp DNS fragmentumokhoz.

Az alacsony olvadású ultra agaróz: Ez az agaróz a standard agaróznál alacsonyabb koncentrációban biztosítja a primerek és a kis PCR-termékek felbontását, így elkerülhető a poliakrilamid használata. A 3%-os gél egyértelműen felbontja a 10 bp létrát. Az analitikai elválasztás 20-800 bp.

Megabázis agaróz: Ez az agaróz nagyon nagy gélerősséggel, nagy elektroforetikus mozgékonysággal és magas kizárási határral rendelkezik. A megabázis agaróz a legjobb választás a kapcsolt homogén elektromos mező (CHEF) és a mező-inverziós gélelektroforézis (FIGE) alkalmazásokhoz. A gélek már 0,3%-os koncentráció mellett is könnyen kezelhetők maradnak, és rövidebb futási időt tesznek lehetővé. Az alacsony háttérfestés a nagy molekulatömegű DNS kiváló képalkotását is biztosítja. Az elválasztási tartomány 1 kb és 5 Mb között van.

Pulzált mezős agaróz: Az impulzus mező gélelektroforézist (PFGE) nagy DNS fragmentumok elválasztására használják. Bár az ezzel az agarózzal öntött gélek PFGE futási ideje hosszabb, mint a megabázis agarózé, az ehhez az agarózhoz tartozó futási feltételek a CHEF Mapper® XA rendszer automatikus algoritmusának előre beállított, választható protokollja. Az elválasztási tartomány 1 kb-tól 2 Mb-ig terjed.

Agaróz IEP és IEF esetén: Agarózok állnak rendelkezésre immunelektroforézishez (IEP) és izoelektromos fókuszáláshoz (IEF). Használhatók a relatív molekulatömegek (Mr) meghatározására. Az IEF-hez használt agaróznak nincs kimutatható elektroendozmózisa.

Az előregyártott agaróz gélek

Az előregyártott agaróz géleknek a gyorsaságon és a reprodukálhatóságon kívül számos előnye van. A rögzítő tálca azt jelenti, hogy az agaróz gélek nem mozognak a betöltés során és a futtatás elején, ami mintapazarlást, egyenetlen terhelést és a sávok élességének csökkenését eredményezheti. Az UV-áteresztő tálca fluoreszkáló számozott mélyedésekkel rendelkezik, amelyek segítenek nyomon követni a betöltési mintákat, ha sok minta van, valamint egy fluoreszkáló vonalzóval az egyik oldalon a migráció mérésére.

A gélek széles választéka, 1 és 3%-os agaróz, TBE és TAE, valamint etídium-bromiddal és anélkül kapható. A kútkonfigurációk megfelelnek a preparatív igényektől a nagyszámú minta szűréséig terjedő igényeknek (akár négy sornyi kút). Az egységességnek köszönhetően az előregyártott agaróz gélek könnyen tölthetők többcsatornás pipettával.

Az előregyártott agaróz gélek kiváló DNS elválasztást és felbontást biztosítanak, és kompatibilisek a legtöbb víz alatti horizontális elektroforézis rendszerrel.

Bővebb információ az agarózról

Az agaróz egy lineáris poliszacharid, amely ismétlődő agarobióz egységekből áll, és amelyet főzött vörös algákból vonnak ki. Semleges töltése, alacsony gélesedési hőmérséklete és a nagy pórusméretű, stabil gélek képzése teszi az agarózt jó közeggé az elektroforézishez és a kromatográfiához. Az agaróz gélek könnyen és gyorsan beállíthatók, és a kb. 20 bp-től a sok megabázisig terjedő DNS-töredékek szétválasztására alkalmasak. Az agarózgyöngyöket széles körben használják oszlopkromatográfiához, különösen a méretkizárás és az affinitáskromatográfia során.