A kiküszöbölő diéta egy gyakori kezelési lehetőség. Fontos, hogy beszéljen egy képzettAllergológussal/gasztroenterológussal, és egy ételallergiában jártas dietetikussal, mielőtt elkezdené az eliminációs diétát. Az eliminációs diéta az egyénre szabott. Egyesek képesek lehetnek azonosítani a tüneteket kiváltó konkrét élelmiszer(eke)t, de a legtöbben nem. Egynél több élelmiszer is érintett lehet. Egyes orvosok akár 6/8 gyakori ételallergén (tej, tojás, szója, búza, mogyoró/fadió, kagyló/hal) eltávolítását is javasolhatják. A legújabb tanulmányok szerint a tej, a tojás, a búza és a szója az EoE leggyakoribb kiváltó okai, ezért egyes szakorvosok csak e 4 kiváltó ok eltávolítását javasolják. Nincs olyan teszt (bőrprick-teszt, vérvizsgálat vagy tapaszpróba), amely megbízhatóan meg tudná mutatni az EoE specifikus ételkiváltó(k)at. Bármilyen eliminációs diéta esetén fontos, hogy az étrend kiegyensúlyozott legyen, a növekedés megmaradjon, és hogy legyen egy terv az újraértékelésre.
Az elemi diéta csak egy speciális orvosi táplálékból, az úgynevezett elemi tápszerből áll, amely aminosavakat (a fehérjék építőköveit), zsírokat, cukrokat, vitaminokat és ásványi anyagokat tartalmaz. Ezek biztosítják az összes szükséges táplálékot, ha elegendő mennyiséget fogyasztanak.Néhány személynek tápszondára van szüksége, hogy biztosítsa, hogy elegendő tápanyagot kapjon, vagy hogy a nyelőcső pihentesse a nyelőcsövet. A beteg néhány hétig egyedül kapja a tápszert, majd megismétlik az endoszkópiát, hogy lássák, történt-e javulás. Ha az állapot javult, akkor az ételeket lassan visszavezetik az étrendbe, és gyakran ismételt endoszkópiát végeznek, hogy biztosítsák a folyamatos ellenőrzést az ételek újbóli bevezetésével.
A gyógyszeres kezelés önmagában és/vagy a diétás kezelés mellett is alkalmazható. Az EoE-ben leggyakrabban alkalmazott gyógyszerek a lenyelt kortikoszteroidok, gyakran flutikazonpuffert (amelyet lenyelnek) vagy budesonidampullát (amelyet szuszpenzióvá készítenek) használnak. Ezek a gyógyszerek bevonják a nyelőcsövet, és segítenek megszabadulni az eozinofilektől. Savtúltengés elleni gyógyszerek is alkalmazhatók. Az orvos fogja eldönteni, hogy melyik, ha egyáltalán van ilyen, gyógyszeres kezelés megfelelő az egyén számára.
A nyelőcsőtágítás alkalmazható a nyelőcső súlyos szűkületében vagy szűkületében szenvedőknél, hogy azonnali enyhülést biztosítson, másodsorban pedig azoknál, akiknél a tünetek régóta fennállnak, és akik már próbálkoztak diétával vagy gyógyszerekkel, de nem javultak. Bár a tágítás viszonylag biztonságos, ez a kezelés kevésbé kényelmetlen, mivel endoszkópos beavatkozással jár, és csak gondosan kiválasztott esetekben alkalmazható.