Jen itt –
Érdekel annak megértése, hogy kihalt állatok morfológiai adataiból hogyan következtethetünk evolúciós történetre? Ezek a fák keretként használhatók különböző makroevolúciós kérdések tesztelésére a fajok elterjedésével, paleoökológiával, a változások sebességével és még sok mással kapcsolatban! Reméljük, hogy megteremtjük a terepet, hogy elmagyarázzuk, hogyan történik az egyes lépések végrehajtása! Először is, a karaktermátrix felépítése.
Mielőtt igazán belemerülnénk bármi konkrétumba, azt javaslom, hogy gondolkodjunk el egy kicsit az evolúcióról, a filogeniáról és az összes alapvető terminológiáról, ami ehhez a területhez tartozik. Javasolnám, hogy dolgozza át a The Compleat Cladist című könyvet: A Primer of Phylogenetic Procedures. Ez gyakorlatilag egy munkafüzet, amely végigvezet a kifejezéseken, fogalmakon és egyebeken!
Ez nem egy kimerítő útmutató, hanem inkább felkészít a program felfedezésére és egy tesztkarakter-mátrix létrehozására!
1. lépés: Ismerd meg a tanulmányi csoportodat
Ez rengeteg olvasással és a téged érdeklő állatok történetébe való belemerüléssel jár majd. Bizonyos esetekben ez könnyű, más esetekben nagyon nehéz! Nem fogok erre túl sokat kitérni, de könnyű elfelejteni, hogy hol kezdjük. Én azzal kezdeném, hogy a Google Scholar segítségével kutatnám az érdeklődési köröd csoportját, plusz az evolúciót, morfológiát, filogenetikát. Aztán valószínűleg a könyvtárba kell menned egy nálad sokkal régebbi irodalom listájával felfegyverkezve, hogy valóban elkezdhesd a mélymerülést. Ne feledd, hogy az eszmék idővel változnak, ezért az elején kezdeni igazán értékes, hogy megtudd, hogyan változtak az eszmék!
A fontos, hogy a homológiáról is tanulj, és dolgozz azon, hogy megértsd az állataid homológ elemeit. A homológia egyszerűen a közös őstől való öröklődés miatti hasonlóság. A homológia megértése és értékelése eltérő lehet attól függően, hogy milyen csoportot vizsgálsz. A tüskésbőrűeket például már egy ideje így tekintik, és többféle séma is létezik. Az egyik a test egészét veszi figyelembe, és azt, hogy az elemek hogyan kapcsolódnak egymáshoz, a másik egy specifikusabb megközelítést alkalmaz, amely a száj körüli egyes lemezeket vizsgálja. Ezek a sémák nem zárják ki egymást, hanem egymással összhangban használhatók. Egy másik jó dolog, amit nem szabad elfelejteni, hogy egyesek szeretik azt hinni, hogy ők helyesebbek, mint mások – ki tudná ezt megmondani, tényleg. Csak győződjön meg róla, hogy elvégezte a saját házi feladatát, hogy kialakíthassa saját véleményét és elképzeléseit.
2. lépés: Rendszerezd az információidat
Ezt többféleképpen is megteheted, egyszerűen tárolhatod az információkat Excelben vagy Google Sheetsben, vagy használhatsz egy karakteradatok gondozására tervezett programot. Én a Mesquite-ot használtam erre a célra. A Mesquite egy szabadon elérhető szoftver, amely
“…moduláris, bővíthető szoftver az evolúcióbiológia számára, és arra tervezték, hogy segítse a biológusokat az élőlényekre vonatkozó összehasonlító adatok szervezésében és elemzésében. A hangsúly a filogenetikai elemzésen van, de néhány modulja a populációgenetikával foglalkozik, míg mások nem filogenetikai többváltozós elemzést végeznek. Mivel moduláris, az elérhető elemzések a telepített moduloktól függnek.”
Egyszerűen leírhatja a karaktereket, új taxonokat adhat hozzá, taxonokat távolíthat el, importálhat vagy rajzolhat fát, és megnézheti, hogyan változnak a karakterek a különböző fatopológiákban.
Ez egy oldalsó eszköztár, ahol könnyen elkezdhetjük módosítani a mátrixot. Így megváltoztathatod a taxonneveket, taxonokat adhatsz hozzá, karaktereket változtathatsz, karaktereket adhatsz hozzá, törölhetsz bármit, amit akarsz, és még sok minden mást, amivel nem igazán babráltam! Azt javaslom, hogy ha először használod, tölts el egy kis időt a hamis mátrixoddal szórakozva. Ha már egyszer egy méretes adathalmaz van itt, a legjobb, ha nem hibázol! Találd ki, hogy hol ronthatod el, és még idejekorán orvosold a hibákat.
A karakterek és a különböző állapotok importálásának egyszerűbb módja az Állapotnevek szerkesztőablak használata. Ez megmutatja a karaktereid listáját és a különböző állapotokat, amelyekkel rendelkezhet – ezeket könnyen szerkesztheted, és ez egy szép módja a karakterek rendszerezésének, mivel a karaktermátrixban a szöveg ferdén áll, és elég nehéz olvasni.
A Mesquite funkcionalitása jóval túlmutat ezen. Ha útmutatókat keres, vagy a program határait szeretné feszegetni, itt van néhány további olvasmány:
- Mesquite Project home (rengeteg oktatóanyag és lépésenkénti útmutató)
- Integrative Biology 200A, régi laboratóriumi kézikönyv
- KU Lab, módosítva Paul Lewis-tól
3. lépés: Exportálja a mátrixát elemzéshez
File > Exportálással egy sor lehetőséget kapsz a fájl exportálására, ne felejtsd el rendszeresen MENTENI is a fájlodat, így könnyen vissza tudsz térni a mátrixodhoz, hogy könnyen kiegészíthesd azt! A legtöbb filogenitásra következtető programnak szüksége van egy NEXUS fájlra. Ez a fájltípus tartalmazza a mátrixodat és gyakran egy kicsit több információt arról, hogy mit szeretnél az elemzésben, vagy információt a karakterekről. Javaslom, hogy használd a kedvenc egyszerű szövegszerkesztődet, és exportálj néhány különböző típust, hogy láthasd, hogyan épülnek fel, és hogy bizonyos programok miért akarnak különböző fájlokat és különböző információkat!