Kelet-India földrajzi helyzete a jelentős szélrendszerek és kereskedelmi útvonalak mentén mélyen befolyásolta történelmét. Éghajlata és geológiai tevékenysége alakította szárazföldjét és hozta létre a szigetvilágot.
A geológusok szerint egykor nem voltak szigetek az Ázsiát és Ausztráliát elválasztó ősi tengerben. A Föld külső rétege sok merev tömbre, úgynevezett tektonikus lemezekre oszlik, amelyek lassan mozognak a Föld felszínén. Kelet-India egyes szigetei akkor jöttek létre, amikor egy tenger alatti lemez ütközni kezdett egy másik lemezzel. Az egyik lemez hője és mozgása a másikat felülírva kéreggerinceket emelt, és a tetejükön szigetek alakultak ki. Ezek a geológiai erők ma a gejzírekben, az aktív vulkánokban és a gyakori földrengésekben nyilvánulnak meg, amelyek Kelet-Indiában mindenütt előfordulnak. A lemezek egyéb mozgásai egyes szigetek, például Celebesz négy karjának csavart alakjában is megmutatkoznak.
A szigetek közötti tengerek nagyon sekélyek, és az áramlatok erősek. A legtöbb sziget között a nagy hajók nehezen tudnak áthaladni, és hosszú az út körülöttük. Évszázadok óta a nyugatról Európa, Afrika, az Arab-félsziget és India, keletről pedig Kína, Japán és az Egyesült Államok nyugati része között kereskedő hajók Szumátra és a Maláj-félsziget között a Malaccai-szoros néven ismert mély vízen keresztül haladnak.
A kelet-indiai növények és állatok elterjedése, valamint más bizonyítékok alapján a tudósok arra a következtetésre jutottak, hogy a nyugati szigetek egykor szárazföldi összeköttetésben álltak a délkelet-ázsiai szárazfölddel. Új-Guinea egykor Ausztráliával volt összekötve. A Maláj-félsziget és Szumátra, Jáva, Bali és Borneó szigetei közötti viszonylag sekély tengerek mélysége kevesebb mint 90 méter (300 láb). A szárazföld állatai – például tigrisek, orrszarvúak és majmok – ezeken a szigeteken élnek. A keletre fekvő szigeteken azonban olyan állatok élnek, mint Ausztráliában. Alfred Russel Wallace természettudós feltérképezte és 1869-ben közzétette ezt a ma Wallace-vonal néven ismert felosztást. A szigetek között a madarak elterjedésének és fajváltásának tanulmányozása során Wallace Charles Darwintól függetlenül jutott el az evolúció elméletéhez.
A Kelet-Indiai szigetek buja trópusi erdei, pálmái, páfrányai, páfrányfenyői, bambuszai és ragyogó virágai a mese részét képezik. Ezek az egyenlítői éghajlatnak köszönhetőek, amely általában forró és nedves. A csapadékmennyiség a legtöbb helyen évi 100 és 150 hüvelyk (250 és 380 centiméter) között van. A tengerszinten a hőmérséklet a legtöbb helyen egész évben 26 és 32 °C között van. A szigetek azonban hegyvidéki jellegűek, és sok helyen egy-egy hegység esőárnyékában fekszenek, így kevés vagy csak szezonális eső esik. A magasabb hegyekben és fennsíkokon az éghajlat szubtrópusi, és a 10 000 láb (3 050 méter) feletti csúcsokon hűvös az éghajlat, és még havazik is. Az északabbra fekvő szigeteket a monszunszelek erősen befolyásolják csapadékviszonyaikban.
A változó szelek nagyon fontosak voltak a kereskedelem és a hajózás szempontjából, amíg a 19. században ki nem fejlesztették a gőzhajókat. A kereskedők az északkeleti monszunon hajóztak Kínából Szumátrába, árujukat raktárakban tárolták, és Indiából vagy a Közel-Keletről vettek át rakományt. Ezután a délnyugati monszunnal visszahajóztak Kínába, miközben a kereskedők Indiából érkeztek, kirakodták rakományukat, felvették a raktárakban lévő kínai árukat, és a következő északkeleti monszunnal visszatértek Indiába. Így virágoztak a városok és birodalmak Indiában.