A Gyógyszerészeti Főiskolát 1903-ban alapították és nyitották meg Gyógyszerészeti Iskolaként, és a Science Hallban kapott helyet. Az iskolának egy helyi orvos, Dr. Samuel C. Benedict, mint részmunkaidős dékán és egy helyi gyógyszerész a H.R. Palmer & Sons-nál, Arthur J. Palmer, mint részmunkaidős gyógyszerészprofesszor szolgált. Dr. Benedict Materia Medica-t is tanított. A Science Hall az első év novemberében tűzvészben elpusztult, így a Gyógyszerészeti Iskola a Terrell Hall alagsorába költözött.
Az iskola az 1907-08-as tanév kezdetén Robert C. Wilsont vette fel első teljes munkaidős munkatársaként (Wilson George Foster Pierce unokája volt). A végzősök első csoportja 1908-ban kezdte meg a gyógyszerészdiploma (Ph.G.) megszerzését.
Benedict dékán 1914-ben bekövetkezett halála után Robert Wilson lett az iskola igazgatója, és ebben a pozícióban maradt 1948-ig. Wilsont 1924-ben nevezték ki a Gyógyszerészeti Iskola dékánjává. Az iskola később Gyógyszerészeti Főiskolára változtatta a nevét. 1926-ban az iskola az országban az elsők között indított négyéves gyógyszerészeti alapképzést. Ekkor szüntette meg a kétéves Ph.G. fokozatot adó pályát is.
Az iskola székhelye 1939-ig a Terrell Hallban maradt, amikor is a frissen átalakított New College épület második és harmadik emeletére költözött. Az 1940-es években Robert W. Woodruff többszörös adományt adott egy adagoló laboratórium, egy gyógyszertár és egy farmakológiai laboratórium finanszírozására.
A főiskola tudományos mesterképzése 1951-ben, a doktori képzés pedig 1964-ben indult, az első doktori fokozatot 1967-ben adták át. Az iskola 1964-ben költözött jelenlegi épületébe, a Robert C. Wilson Pharmacy Buildingbe; az épületet azonban csak 1978-ban (Dr. Wilson 100. születésnapján) nevezték el Wilsonról.
Dr. Stuart Feldmant a Houstoni Egyetemről 1991-ben nevezték ki dékánnak. Az ő hivatali ideje alatt a főiskola Georgia állam lottópénzt kapott az oktatásban alkalmazott technológia növelésére, és a Millikan Educational Resources Center-t számítógépes laboratóriummá alakították át a hallgatók számára. Az országos tendenciát követve a tantervet a negyedéves rendszerről a féléves rendszerre módosították, és elindították a belépő szintű gyógyszerészdoktori (PharmD) fokozatot, valamint a nem hagyományos gyógyszerészdoktori útvonalprogramot. Teljes munkaidős tapasztalati koordinátort alkalmaztak.
Dr. Svein Øie a Kaliforniai Egyetem San Franciscó-i karáról 2000. január 1-jén lett dékán. Irányítása alatt a Főiskola növelte osztálylétszámát, bővítette regionális jelenlétét, részt vett egy Gyógyszerkutató Központ és egy Tömegpusztítás-védelmi Központ létrehozásában, növelte az interdiszciplináris kutatást és megerősítette kutatási fókuszát.
A Főiskola aktívan részt vett a rezidensképzésben. A Szakkollégium 2003-ban ünnepelte százéves fennállását. Az adománygyűjtési erőfeszítések megnövelték az ösztöndíjak számát, a dotált professzorok számát és növelték az épületfejlesztésekre rendelkezésre álló forrásokat. 2007-ben a georgiai törvényhozás 44 millió dolláros finanszírozást hagyott jóvá az iskola új, 93 288 négyzetméteres bővítésére. A déli gyógyszertár néven ismert új létesítményt a Robert C. Wilson gyógyszerészeti épület mellett építették fel, és 2009 szeptemberében avatták fel. A Wilson-épület több mint 60%-ának felújítása 2010-ben fejeződött be. A főiskola partnerséget alakított ki a Georgia Regents University’s Medical College of Georgia intézményével, amely Augusta, Georgia államban található. 2013 őszén a főiskola új alapképzési szakot hozott létre a gyógyszerészeti tudományok területén.