La posición geográfica de las Indias Orientales a horcajadas de importantes sistemas de vientos y rutas comerciales ha influido profundamente en su historia. Su clima y la actividad geológica han formado su tierra y han creado el archipiélago.
Una vez, creen los geólogos, no había islas en el antiguo mar que separaba Asia y Australia. La capa exterior de la Tierra está dividida en muchos bloques rígidos, llamados placas tectónicas, que se mueven lentamente sobre la superficie terrestre. Algunas de las islas de las Indias Orientales se crearon cuando una placa submarina empezó a chocar con otra placa. El calor y el movimiento de una placa sobre la otra levantaron crestas de corteza, y las cimas formaron islas. Estas fuerzas geológicas son evidentes hoy en día en los géiseres, los volcanes activos y los frecuentes terremotos que se producen en las Indias Orientales. Otros movimientos de las placas son evidentes en la forma retorcida de algunas islas, como los cuatro brazos de Célebes.
Los mares entre las islas son muy poco profundos y las corrientes son fuertes. Es difícil para los grandes barcos pasar entre la mayoría de las islas, y hay un largo camino alrededor de ellas. Durante siglos, los barcos que comercian entre Europa, África, la Península Arábiga y la India desde el oeste y China, Japón y el oeste de los Estados Unidos desde el este han pasado entre Sumatra y la Península Malaya a través de las aguas profundas conocidas como el Estrecho de Malaca.
La distribución de plantas y animales en las Indias Orientales, junto con otras pruebas, ha llevado a los científicos a concluir que algunas de las islas occidentales estuvieron en su día conectadas por tierra con el sudeste asiático continental. Nueva Guinea estuvo unida a Australia. Los mares relativamente poco profundos entre la península malaya y las islas de Sumatra, Java, Bali y Borneo tienen menos de 90 metros de profundidad. En estas islas se encuentran animales de tierra firme, como tigres, rinocerontes y simios. En las islas del este, sin embargo, los animales son como los de Australia. El naturalista Alfred Russel Wallace trazó esta división, ahora conocida como la Línea de Wallace, y la publicó en 1869. Al estudiar la forma en que las aves se extendían y cambiaban de especie entre las islas, Wallace llegó a la teoría de la evolución independientemente de Charles Darwin.
Los exuberantes bosques tropicales, las palmeras, los helechos, los bambúes y las brillantes flores de las Indias Orientales forman parte de su fábula. Son el resultado de un clima ecuatorial generalmente cálido y húmedo. Las precipitaciones en la mayoría de los lugares se sitúan entre las 100 y las 150 pulgadas (250 y 380 centímetros) al año. A nivel del mar, la temperatura en la mayoría de los lugares oscila entre los 26 y 32 grados centígrados (80° y 90° F) durante todo el año. Sin embargo, las islas son montañosas y muchos lugares se encuentran a la sombra de una montaña, por lo que las lluvias son escasas o estacionales. En las montañas y mesetas más altas el clima es subtropical, y los picos por encima de los 3.050 metros tienen un clima fresco e incluso nieve. Las islas más septentrionales están fuertemente influenciadas por los vientos monzones en su régimen de lluvias.
Los vientos cambiantes fueron muy importantes para el comercio y la navegación hasta que se desarrolló el barco de vapor en el siglo XIX. Los mercaderes navegaban de China a Sumatra en el monzón del noreste, almacenaban sus mercancías en depósitos y tomaban la carga de la India o de Oriente Medio. Luego, en el monzón del suroeste, navegaban de vuelta a China mientras los mercaderes llegaban de la India, descargaban sus cargas, tomaban a bordo las mercancías chinas en los almacenes y volvían a la India con el siguiente monzón del noreste. De esta manera florecieron ciudades e imperios en las Indias.