Per la maggior parte, i protozoi parassiti vivono in un ambiente abbastanza costante. La temperatura oscilla molto poco, o per niente, all’interno dell’ospite, l’essiccazione non è un rischio, e il cibo è sempre disponibile. I protisti che vivono liberi, d’altra parte, affrontano cambiamenti a breve o lungo termine nella temperatura, nell’acidità dell’acqua, nella fornitura di cibo, nell’umidità e nella luce. Molti protozoi rispondono alle condizioni ambientali avverse incistando: secernono una parete spessa e resistente intorno a se stessi ed entrano effettivamente in uno stato di quiescenza paragonabile all’ibernazione. La capacità di formare una ciste resistente è diffusa tra diversi gruppi di protisti e probabilmente si è sviluppata presto nella loro storia evolutiva. Le cisti a riposo sono anche facilmente trasportate dal vento e costituiscono un importante mezzo di dispersione per le specie che vivono nel suolo o sono comuni negli stagni e nelle piscine effimere. Nei climi con stagioni fredde distinte, la ciste può essere una fase importante nel ciclo di vita annuale.
La parete della ciste è composta da un numero variabile di strati, i cui componenti dipendono dalla specie. Durante il processo di incistamento, la cellula del protozoo subisce una serie di cambiamenti che riducono notevolmente la complessità dell’organismo. Gli organismi flagellati e i ciliati perdono i loro flagelli e le loro ciglia, il vacuolo contrattile e i vacuoli alimentari scompaiono, e la distribuzione degli organelli all’interno della cellula può essere riorganizzata. In alcune specie il volume della cellula si riduce considerevolmente. Questi cambiamenti sono invertiti durante il processo di excystment.
Alcuni tintinnidi planctonici marini sono programmati per uscire in massa dalle loro cisti in periodi dell’anno in cui il cibo è abbondante. Helicostomella subulata, per esempio, esce in giugno nelle acque temperate e diventa numerosa da luglio a ottobre. Cista di nuovo in ottobre, affondando nei sedimenti, dove rimane fino all’anno successivo. La ciste è una parte normale del ciclo di vita annuale, e anche le popolazioni di laboratorio di questo ciliato si incistano nello stesso periodo della popolazione naturale. Questo tipo di strategia di vita è stato dimostrato in diversi altri ciliati e in alcune amebe.
Per i protozoi del suolo la ciste è un importante rifugio quando l’umidità del suolo scompare o quando l’acqua del suolo si congela. Nei terreni che sono soggetti al congelamento e allo scongelamento periodico a breve termine, i protozoi escono rapidamente, si nutrono e si riproducono e poi escono di nuovo quando l’acqua del suolo diventa temporaneamente non disponibile per loro.
La ciste gioca un ruolo importante nei cicli di vita di diversi protozoi parassiti che hanno uno stadio di dispersione a vita libera, come Entamoeba histolytica e Cryptosporidium. Le cisti sono espulse nelle feci dell’ospite e sopravvivono nell’acqua o nel suolo. Gli esseri umani sono solitamente infettati bevendo acqua contaminata o mangiando frutta e verdura cruda coltivata dove le feci umane sono usate come fertilizzante.
Alcuni protozoi d’acqua dolce, specialmente i ciliati Spirostomum, Loxodes, e Plagiopyla, evitano condizioni spiacevoli, specialmente la mancanza di ossigeno, abbandonando il loro modo di vivere sul fondo e nuotando verso l’alto per posizionarsi ad un livello dove un po’ di ossigeno è disponibile ma dove non sono in competizione diretta con specie planctoniche. Rimangono lì fino a quando l’ossigeno diventa nuovamente disponibile sul fondo del lago, a quel punto migrano verso il basso.
La diffusa presenza di mixotrofia che coinvolge la simbiosi algale e la ritenzione e il sequestro dei plastidi delle prede fotosintetiche da parte dei protozoi planctonici è ritenuta un adattamento alle acque dove il cibo è limitato. I ciliati che trattengono i plastidi sembrano essere molto più comuni in acque dove il cibo è scarso che in acque produttive. Esiste una relazione inversa tra questa forma di mixotrofia e la produttività dell’ecosistema.