Condemned 2: Bloodshot si svolge 11 mesi dopo gli eventi del primo Condemned. Il misterioso fenomeno che causa violenza folle e psicosi di massa tra i senzatetto di Metro City è solo peggiorato, con rivolte di massa che scoppiano in tutta la città. Il protagonista Ethan Thomas, dimessosi dall’Unità Crimini Seriali dell’FBI dopo gli eventi dell’indagine Serial Killer X, è stato preso in una spirale discendente e ora si ritrova senza casa, violento e alcolizzato. Soffre ancora di visioni paranormali, e il suo alcolismo si manifesta anche come un alter-ego antagonista che lo deride durante le sue allucinazioni.
Sotto gli ordini del direttore Farrell, Ethan viene reclutato di nuovo nella SCU per indagare sull’omicidio del suo mentore di una volta Malcolm Vanhorn. È aiutato dalla sua vecchia partner Rosa e comandato dall’ostile e antagonista agente Dorland, il comandante tattico della SCU. Nel corso delle indagini Ethan scopre che la sua nemesi Serial Killer X è ancora viva, essendo stata curata da suo zio Malcolm Vanhorn dopo essere stata colpita alla testa alla fine dell’originale Condemned. Serial Killer X ha ucciso Malcolm Vanhorn, così come il sindaco di Metro City Rachel Mars, e alla fine rapisce il direttore Farrell.
Ethan e Rosa scoprono anche che la fonte di tutti i problemi della città è un’organizzazione segreta conosciuta come “l’Oro”, il culto accennato nel primo Condemned, i cui membri usano dolorosi impianti di metallo per sviluppare poteri sonici che permettono loro di influenzare e controllare il resto dell’umanità. Rosa teorizza che sono la fonte di tutti i crimini, le guerre e l’odio dell’umanità.
Serial Killer X, avendo saputo degli Oro, ora vuole sfruttare la loro capacità sonica, e attualmente sta uccidendo e sezionando i membri degli Oro per ottenere questa capacità. Gli Oro sono molto più potenti di quanto si pensasse in precedenza; i loro membri includono molti membri di alto livello della società, tra cui il sindaco Mars, il direttore Farrell e l’agente Dorland. Gli Oro controllano anche la SCU, e Dorland e le sue squadre tattiche tentano di uccidere Ethan quando scopre il loro segreto. Ethan combatte con l’aiuto di Rosa e dell’agente della SCU Pierce LeRue, e persino del Serial Killer X, che salva Ethan dalla SCU, definendolo “un investimento futuro”.
Malcolm Vanhorn, che ha passato la sua vita a combattere gli Oro, lascia a Ethan un messaggio videoregistrato che rivela la verità finale; i genitori di Ethan erano membri degli Oro che disertarono dall’organizzazione e furono uccisi per questo. Ethan stesso è “il Rimedio”, un essere a lungo profetizzato che possiede corde vocali “perfettamente evolute” in grado di generare il potere sonoro degli Oro senza gli impianti metallici che gli Oro usano. L’abilità di Ethan è più potente degli Oro, capace di distruggere carne e ossa. Il Rimedio è destinato ad essere “la voce che si oppone a quella degli Oro”. Di conseguenza, l’agente Dorland e gli Oro vogliono Ethan morto. Il direttore Farrell, parte di una fazione scissionista degli Oro che vuole reclutare piuttosto che distruggere Ethan, sacrifica la sua vita per sbloccare i poteri sonici di Ethan dopo che i due sono stati messi all’angolo dall’agente Dorland.
Ethan procede verso la Penisola, una terra artificiale dove gli Oro hanno una base segreta da dove monitorano e controllano l’intera città. Usando i suoi ritrovati poteri sonici, Ethan sconfigge i membri degli Oro, distrugge il macchinario degli Oro che permette loro di controllare la città, poi combatte Dorland in un duello sonoro all’interno della Penisola che crolla. Sconfitto, Dorland informa Ethan che le motivazioni degli Oro sono “Creare ostilità, il desiderio incrollabile di combattere. Per diventare inconsapevolmente… i nostri protettori”. Ethan chiede da cosa stanno proteggendo, senza ricevere risposta. Ethan conclude allora che Dorland non lo sa nemmeno lui, che non è altro che una marionetta, e l’ex comandante viene scaraventato verso la morte. Ethan fugge in elicottero insieme a Rosa e LeRue, rifiutando l’offerta di LeRue di un drink e addormentandosi. Nel frattempo, il Presidente degli Stati Uniti soffre di un apparente attacco di cuore dopo aver ricevuto il messaggio “Il Rimedio è tra noi!”, suggerendo che il Presidente era un membro dell’Oro.Infine, Serial Killer X viene mostrato mentre riceve impianti metallici Oro nella sua bocca, simili nell’aspetto all’Oro Dark Primary, il “boss finale” membro Oro che Ethan ha combattuto e ucciso alla fine del primo Condemned.