La posizione geografica delle Indie Orientali a cavallo di importanti sistemi di vento e rotte commerciali ha profondamente influenzato la sua storia. Il suo clima e l’attività geologica hanno formato la sua terra e creato l’arcipelago.
Un tempo, secondo i geologi, non c’erano isole nell’antico mare che separava Asia e Australia. Lo strato esterno della Terra è diviso in molti blocchi rigidi, chiamati placche tettoniche, che si muovono lentamente sulla superficie terrestre. Alcune delle isole delle Indie Orientali furono create quando una placca sottomarina iniziò a scontrarsi con un’altra placca. Il calore e il movimento di una placca che sovrasta l’altra hanno sollevato creste di crosta, e le cime hanno formato delle isole. Queste forze geologiche sono evidenti oggi nei geyser, nei vulcani attivi e nei frequenti terremoti che si verificano nelle Indie Orientali. Altri movimenti delle placche sono evidenti nella forma contorta di alcune isole, come i quattro bracci di Celebes.
I mari tra le isole sono molto poco profondi e le correnti sono forti. È difficile per le grandi navi passare tra la maggior parte delle isole, ed è un lungo percorso intorno ad esse. Per secoli, le navi che commerciavano tra l’Europa, l’Africa, la penisola arabica e l’India da ovest e la Cina, il Giappone e gli Stati Uniti occidentali da est sono passate tra Sumatra e la penisola malese attraverso le acque profonde note come lo stretto di Malacca.
La distribuzione di piante e animali nelle Indie Orientali, insieme ad altre prove, ha portato gli scienziati a concludere che alcune delle isole occidentali erano un tempo collegate via terra al sud-est asiatico continentale. La Nuova Guinea era un tempo unita all’Australia. I mari relativamente poco profondi tra la penisola malese e le isole di Sumatra, Java, Bali e Borneo sono profondi meno di 300 piedi (90 metri). Gli animali della terraferma, come tigri, rinoceronti e scimmie, si trovano su queste isole. Sulle isole a est, invece, gli animali sono come quelli dell’Australia. Il naturalista Alfred Russel Wallace mappò questa divisione, ora conosciuta come Linea di Wallace, e la pubblicò nel 1869. Studiando il modo in cui gli uccelli si diffondevano e cambiavano specie tra le isole, Wallace arrivò alla teoria dell’evoluzione indipendentemente da Charles Darwin.
Le lussureggianti foreste tropicali, palme, felci, bambù e fiori brillanti delle Indie Orientali fanno parte della sua favola. Sono il risultato di un clima equatoriale che è generalmente caldo e umido. Le precipitazioni nella maggior parte dei luoghi sono tra i 100 e i 150 pollici (250 e 380 centimetri) all’anno. A livello del mare la temperatura nella maggior parte dei luoghi è tra gli 80° e i 90° F (26° e 32° C) tutto l’anno. Le isole sono montuose, tuttavia, e molti luoghi si trovano all’ombra della pioggia di una montagna e ricevono poca pioggia o solo stagionale. Sulle montagne più alte e sugli altipiani il clima è subtropicale, e le cime sopra i 10.000 piedi (3.050 metri) hanno un clima fresco e anche la neve. Le isole più settentrionali sono fortemente influenzate dai venti monsonici nelle loro precipitazioni.
I venti mutevoli erano molto importanti per il commercio e la navigazione fino allo sviluppo della nave a vapore nel XIX secolo. I mercanti navigavano dalla Cina a Sumatra sul monsone di nord-est, immagazzinavano le loro merci nei magazzini e prendevano il carico dall’India o dal Medio Oriente. Poi con il monsone di sud-ovest tornavano in Cina mentre i mercanti arrivavano dall’India, scaricavano i loro carichi, prendevano a bordo le merci cinesi nei magazzini e tornavano in India con il successivo monsone di nord-est. In questo modo le città e gli imperi fiorirono nelle Indie.