L’organizzazione che ha portato al Military Auxiliary Radio System era chiamata Auxiliary Amateur Radio System (AARS). L’AARS è stato creato nel novembre 1925 da alcuni pionieri dedicati nei Signal Corps dell’esercito degli Stati Uniti guidati dal capitano Thomas C. Rives. Gli Stati Uniti hanno riconosciuto la radio come un modo critico di comunicazione durante la prima guerra mondiale. L’integrazione della radio per sostenere le operazioni dell’esercito ha generato una significativa richiesta di manodopera e di competenze che non era facile da soddisfare. L’Army Amateur Radio System è stato formato nel 1925 per fornire un pool di operatori radio addestrati per aumentare il Signal Corps durante la mobilitazione in tempo di guerra e fornire un’estensione della rete radio del Signal Corps per sostenere le autorità civili con gli sforzi di soccorso per i disastri naturali. Pur sostenendo gli obiettivi militari, l’organizzazione era composta da civili volontari che erano abili radioamatori. Questi civili applicarono le loro abilità speciali nelle comunicazioni radio mentre supportavano i Signal Corps negli Stati Uniti continentali, nelle Filippine, a Panama e alle Hawaii.
L’organizzazione alla fine sperimentò sia il successo che il fallimento. L’Army Amateur Radio System riuscì a sviluppare la competenza dei suoi operatori radio come dimostrato dal supporto fornito alle autorità locali, statali e federali durante i soccorsi per i disastri naturali. Tuttavia, alla vigilia dell’entrata degli Stati Uniti nella Seconda Guerra Mondiale, il numero di membri dell’Army Amateur Radio System era significativamente sottosviluppato per fornire manodopera significativa per aumentare la mobilitazione del Signal Corps per la guerra. L’organizzazione AARS continuò ad operare fino all’entrata degli Stati Uniti nella seconda guerra mondiale il 7 dicembre 1941, quando ai radioamatori fu negato l’uso delle onde radio, e il servizio amatoriale e l’Army Amateur Radio System furono disattivati. Dopo la seconda guerra mondiale, l’esercito degli Stati Uniti riconobbe l’importanza di riattivare l’AARS per addestrare il personale di comunicazione di vitale importanza ad un costo diretto relativamente basso per il governo, e nel 1946 l’AARS fu riattivato.
L’AARS funzionò come tale fino alla creazione del Military Affiliate Radio System nel novembre 1948 con l’istituzione di programmi separati Army e Air Force MARS, riflettendo la creazione dell’Air Force come servizio separato. Nel 1948 il capitano Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) scelse l’uso dell’acronimo MARS, il dio romano della guerra, come nome adatto per la rinascita dell’AARS dopo la seconda guerra mondiale come Military Amateur Radio System. Il nome del programma fu cambiato in Military Affiliate Radio System il 2 settembre 1952, in riconoscimento della natura mutevole dell’organizzazione con il crescente numero di membri volontari civili. Alla fine, il programma MARS della Marina-Marine Corps fu istituito ufficialmente il 17 agosto 1962, e iniziò le operazioni il 1º gennaio 1963. Questo seguì la crisi dei missili di Cuba e la preoccupazione del presidente Kennedy per le capacità di comunicazione vitali ed estese.
Durante la guerra di Corea, la guerra del Vietnam, la guerra fredda e la guerra del Golfo, MARS era più noto per la sua gestione dei messaggi scritti “Marsgram” e la fornitura di “cerotti telefonici” per consentire ai militari d’oltremare di contattare le loro famiglie a casa.
Il nome del programma è stato cambiato nuovamente nell’attuale Military Auxiliary Radio System il 23 dicembre 2009.
Un dispaccio emesso nel maggio 2009 ha annunciato la chiusura del programma MARS della Marina e del Corpo dei Marines entro il 30 settembre 2009. Tuttavia, Navy-Marine Corps MARS ha continuato a funzionare fino al 30 settembre 2015.
Department of Defense Instruction 4650.02, datato 23 dicembre 2009 ha cambiato lo status di MARS da un affiliato a un ausiliario (uguale allo status della Coast Guard Auxiliary e Civil Air Patrol). Questo cambiamento di status ha evitato che il programma MARS della Marina e del Corpo dei Marines venisse chiuso e lo ha rimesso in linea con la missione delle comunicazioni di emergenza dei suoi servizi fratelli (MARS dell’Esercito e dell’Aeronautica).