Redwood Creek fornisce un habitat critico per la deposizione delle uova e l’allevamento del salmone coho o argentato (Oncorhynchus kisutch), del cutthroat costiero (Oncorhynchus clarki clarki) e della trota steelhead (Oncorhynchus mykiss), tutte specie minacciate. Il torrente è vicino al limite più meridionale dell’habitat del coho e i pesci non sono mai stati ripopolati, quindi hanno un DNA caratteristico. I salmoni di Redwood Creek sono salmoni coho della costa centrale che sono stati elencati come specie minacciate a livello federale dall’ottobre 2006 e come specie in pericolo a livello federale nel giugno 2005. I coho migrano dall’oceano verso l’acqua dolce per una sola possibilità di riproduzione, generalmente dopo due anni nell’oceano. Le migrazioni per la deposizione delle uova iniziano dopo che le forti piogge di fine autunno o invernali rompono il banco di sabbia a Muir Beach permettendo ai pesci di risalire la corrente (di solito in dicembre e gennaio). Nessun salmone è stato visto nella corsa invernale 2007-2008, né in quella 2008-2009. L’evidenza indica l’esaurimento degli smolt che si spostano nel torrente a causa della perdita di grandi detriti legnosi e di piscine profonde dove i giovani salmoni possono riposare. A partire dal 2009, il National Park Service inizierà a ripristinare Muir Beach per creare un ecosistema funzionale e autosufficiente e migliorare l’accesso dei visitatori. L’intervento era quasi troppo tardi, dato che il coho ha solo tre anni di vita. Fortunatamente, a partire da gennaio 2010 e per la prima volta in tre anni, si stima che 45 coho abbiano risalito il Redwood Creek per deporre le uova, creando 23 redds o gruppi di uova. Nel 2011, sono stati osservati 11 coho adulti vivi e 1 carcassa di coho, insieme a tre redds, un modesto aumento rispetto alla stagione di deposizione 2007-2008. In tutto lo stato la popolazione di coho è l’1% dei suoi livelli negli anni ’40 e i pesci sono scomparsi dal 90% dei corsi d’acqua che visitavano formalmente. La Watershed Alliance of Marin ha riferito che nessun salmone è tornato a deporre le uova nel 2014, facendo temere che il pesce possa ora essere localmente estinto. Tre maschi adulti coho catturati dal torrente come giovani nel 2014 sono stati rilasciati con tre femmine Olema Creek come parte del California Department of Fish and Wildlife operazione “coho jumpstart”, e almeno uno di questi ultimi è stato osservato a deporre le uova, aumentando le speranze di un ritorno di una corsa vitale di riproduzione in Redwood Creek.
Nell’autunno del 2003, il NPS completato la prima fase del progetto di restauro Banducci Site, circa 1 km a monte della bocca del torrente a Muir Beach. Sono state costruite dighe artificiali usando alberi di Eucalipto abbattuti e rompendo gli argini limitanti per ricollegare il canale e la pianura alluvionale. Lo scopo principale del progetto instream era quello di creare piscine di allevamento per i salmonidi giovani. NPS ha anche rimosso la vegetazione invasiva e non nativa nel corridoio ripariale e l’ha sostituita con vegetazione nativa per migliorare l’habitat di nidificazione per gli uccelli canori ripariali residenti e migranti. La fase attuale del progetto di restauro del Redwood Creek, iniziata nel 2009, è un tentativo di ripristinare la pianura alluvionale del torrente di 46 acri. Include la creazione di un nuovo canale serpeggiante di 650 piedi con tre canali laterali, nel tentativo di ripristinare la storica Big Lagoon, che secondo le mappe del 1850, si estendeva fino all’attuale Pelican Inn. Una volta che la vegetazione nativa piantata prenderà piede sulle nuove rive del torrente, l’attuale parcheggio sarà ruotato di 90 gradi e il nuovo canale sarà collegato.
Altre specie rare che vivono nello spartiacque includono il gufo maculato del nord (Strix occidentalis caurina) e la rana dalle gambe rosse della California (Rana aurora draytonii). Alla fine del 2009 l’NPS ha scavato uno stagno in un pascolo presso la Green Gulch Farm per fornire un habitat alla popolazione in declino della rana dalle zampe rosse della California, l’unica nello spartiacque.
La lontra di fiume (Lontra canadensis) è stata individuata nel Redwood Creek nel 1996, e ritorna ogni anno per mangiare la trota. La lontra di fiume non era elencata come nativa della Contea di Marin nel Grinnell’s 1937 Fur-bearing Mammals of California.