Nella battaglia dell’Atlantico la HMS Rajputana scortò diversi convogli del Nord Atlantico dalle Bermuda e Halifax, Nuova Scozia sotto il capitano F. H. Taylor, tra cui BHX 42, BHX 45, BHX 49, BHX 52, BHX 54, BHX 61, BHX 64, BHX 71, BHX 83, BHX 94, BHX 101, BHX 111 e BHX 117.
Anche le sue navi sorelle SS Rawalpindi, SS Ranchi e SS Ranpura furono convertite in incrociatori commerciali armati. Ad eccezione di piccole corvette, le navi passeggeri convertite come la HMS Rajputana erano l’unica protezione armata per la maggior parte dei primi convogli. Con i loro cannoni da 6 pollici (152 mm), erano l’unica scorta che poteva ingaggiare le navi di superficie tedesche. Pochissimi convogli ricevettero la protezione degli incrociatori più grandi o delle corazzate.
Il 13 aprile 1941, quattro giorni dopo essersi separata dal convoglio HX 117, fu silurata dall’U-108 di Klaus Scholtz nello stretto di Danimarca a ovest di Reykjavík, in Islanda. Affondò più di un’ora dopo con la perdita di 42 uomini, compreso il suo ultimo capitano civile, il comandante C.T.O. Richardson. Un totale di 283 del suo equipaggio fu salvato dal cacciatorpediniere HMS Legion, alcuni di loro dopo aver trascorso dodici ore in scialuppe sovraffollate. Tra i sopravvissuti c’era Daniel Lionel Hanington, che in seguito divenne un ammiraglio posteriore nella Royal Canadian Navy.
Delle sue navi sorelle due sopravvissero alla guerra. Il 23 novembre 1939, mentre era in “Pattugliamento del Nord” a guardia del varco GIUK, la HMS Rawalpindi si impegnò in battaglia contro le corazzate tedesche Scharnhorst e Gneisenau. Impedì lo sfondamento delle navi, ma fu lei stessa affondata a sud-est dell’Islanda nel passaggio Islanda-Faroe. La HMS Ranchi sopravvisse alla guerra e fu demolita a Newport nel 1953. La HMS Ranpura fu venduta all’Ammiragliato nel 1943 e convertita in nave da riparazione. Servì nella Royal Navy come nave deposito della flotta fino al 1961, quando fu rottamata. Prese parte all’invasione britannica dell’Egitto del 1956.