Anche se l’imaging di cellule vive è auspicabile, non è sempre fattibile e in molte situazioni le cellule vengono fissate per fornire un'”istantanea” della natura e della distribuzione delle molecole all’interno di una cellula minimizzando i cambiamenti dovuti al movimento delle cellule, alla degradazione del campione ecc. C’è una vasta gamma di metodi di fissazione disponibili che agiscono attraverso meccanismi diversi e su diversi componenti cellulari. Ogni metodo ha vantaggi e svantaggi e la scelta di quale metodo di fissazione scegliere per un particolare esperimento deve prendere in considerazione questi fattori. Qui abbiamo usato l’imaging spettroscopico Raman di cellule vive, e confrontato con cellule conservate con aldeide, o metodi di fissazione basati su solventi organici per valutare i cambiamenti chimici indotti da ogni fissativo, e il loro impatto sulla qualità delle immagini che possono essere ottenute da cellule fissate. Nel complesso, i metodi di fissazione con aldeidi hanno ottenuto risultati significativamente migliori rispetto ai solventi organici con una perdita meno grave di informazioni biochimiche. I fissativi a base di aldeidi mostrano un contenuto biochimico alterato delle cellule, attribuito alla formazione di addotti, ma questo può essere minimizzato ottimizzando la temperatura di fissazione, o attraverso la rimozione della formazione di addotti con trattamenti di permeabilizzazione a base di detergenti come secondo passo (al costo della perdita di altre informazioni biochimiche). I risultati hanno mostrato che i solventi organici, d’altra parte, portano a una grave perdita di contenuto cellulare, attribuita alla perdita di integrità della membrana dopo la rimozione dei lipidi. Inoltre, la fissazione con aldeidi prima della permeabilizzazione con solventi organici non fornisce una protezione adeguata del contenuto citoplasmatico. L’uso dell’imaging Raman è ideale per confrontare gruppi di cellule in termini di contenuto molecolare, e i risultati mostrano che i metodi di fissazione con aldeidi sono preferibili per gli studi in cui il contenuto molecolare complessivo dei campioni è importante. Anche se non esiste un metodo di fissazione universale per ogni applicazione, i risultati qui ci permettono di fornire alcuni principi generali: dove la somiglianza spettrale alle cellule vive è importante, la fissazione con paraformaldeide a temperatura ambiente è preferibile, al costo di alcuni blebbing e formazione di vacuoli. Dove la conservazione della struttura cellulare o la distribuzione biomolecolare è importante, una miscela di paraformaldeide e glutaraldeide sarebbe più appropriata, ma al costo di alcuni cambiamenti al profilo spettrale, in particolare nelle bande legate al DNA.