1993年までは、ニューヨーク州ジェニーバでプレーするジェニーバ・カブズでした。 1994年のシーズンには、クラブはウィリアムスポートに移転し、それまでの2シーズンはプロ野球に使用されていなかった歴史的な施設を使用することになった。 ウィリアムスポート・カブスはシカゴ・カブスのA級短シーズンチームとして知られるようになり、1998年までその名称を維持した。 1999年にシカゴ・カブスからピッツバーグ・パイレーツに所属先を変更し、チーム名は「クロスカッターズ」となった。 2006年シーズン終了後、チームはフィラデルフィア・フィリーズの傘下に入り、ピッツバーグの傘下はステート・カレッジ・スパイクスに変わった。
クロスカッターズは2001年にニューヨーク・ペンリーグのチャンピオンシップを、シリーズ初戦を落としたブルックリンサイクローンと分かち合った。 2001年9月11日の同時多発テロの影響で残りのシリーズがキャンセルされた後、両チームともチャンピオンと宣言された。 2002年、クロスカッターズは再びプレーオフに進出するも、1回戦で敗退。 しかし、チームは2003年にサイクロンズとのチャンピオンシップ・シリーズで優勝するために戻ってきた。
「クロスカッターズ」という名前は、かつて「世界の木材の首都」として知られたウィリアムズポートの伐採遺産を反映したものである。 この街は、サスケハナ川西岸に位置し、かつて伐採王が大邸宅を構えた4番街は「ミリオネア・ロウ」と呼ばれるようになり、歴史的に人口あたりの大富豪の数が最も多い街となりました。 今日まで、ウィリアムズポート・エリア高校のスポーツチームはミリオネアとして知られている。
2015年シーズン、ウィリアムズポート・クロスカッターズは2001年以来のピンクニー・ディビジョン優勝を果たした。
2017年9月18日、クロスカッターズはフィリーズから選手育成契約（PDC）を2020年シーズンまで延長したことを発表した。 2017年、BB&T Ballpark at Bowman Fieldでのチームの総入場者数は61,082人だった。
2020年シーズン以降のメジャーリーグによるマイナーリーグの再編に伴い、ウィリアムスポートはマイナーリーグを離れ、ドラフト対象選手のショーケースとして新設されたMLBドラフトリーグの大学夏季野球チームとして活動するようになった。