ルイス・クラークと共にルイジアナ購入地を探検中、1804年7月末に体調を崩す。 7月31日、フロイドは日記に “I am very sick and have been some time but have recovered my health again. “と書いている。 しかし、この明らかな回復の後、すぐに深刻な病状悪化に見舞われた。 ウィリアム・クラークは、フロイドの死について「非常に落ち着いていた」と述べ、フロイドが死ぬ前にクラークに「私は旅に出ます」と言ったという。 1383>
葬儀が行われ、フロイドはミズーリ川を見下ろす崖の上に埋葬された。 探検隊はその場所をフロイドに敬意を表してフロイドズ・ブラフと名付けた。 その夜、彼らはフロイド川の河口でキャンプをした。「幅約30ヤード、美しい夜だった」
クラークはフロイドの死因を胆汁性疝痛と診断したが、現代の医師や歴史家はフロイドの死は盲腸破裂が原因であった可能性が高いと見ている。 しかし、現代の医師や歴史家は、フロイドの死は盲腸の破裂によるものだと考えている。フロイドが語った短い「回復」は、盲腸が破裂したことによって一時的に楽になっただけで、その後に致命的な腹膜炎を起こす可能性があるのだ。 もしそうであれば、当時は虫垂炎の治療法が知られていなかったので、当時の最高の医師のもとで治療を受けていたとしても、それ以上のことはなかっただろう
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