感覚器からの出力は、まず視床で受け取られます。 視床の刺激の一部はそのまま扁桃体すなわち「感情・不合理脳」に送られ、他の一部は大脳新皮質すなわち「思考・合理脳」に送られる。 扁桃体が刺激と一致すると認識した場合、つまり海馬の体験記録が扁桃体に「闘争、逃走、凍結」の状況であると伝えた場合、扁桃体はHPA（下垂体-副腎）軸を発動させ理性脳をハイジャックしてしまう。 この感情的な脳の活動は、理性的な脳よりも数ミリ秒早く情報を処理するので、勝負の場合、大脳新皮質からの可能な指示を受ける前に扁桃体が行動してしまうのです。 しかし、扁桃体は受け取った刺激と記録された脅威の状況とが一致しない場合、大脳新皮質から受け取った指示にしたがって行動する。 扁桃体が脅威を感知すると、その人を非合理的で破壊的な反応に導くことがある。
ゴールマンは、感情は「今すぐ注意を向けさせる-これは緊急だ-そして考え直すことなく即時の行動計画を与える」と述べている。 感情の要素は非常に早くから進化してきたのです。 私はそれを食べるのか、それともそれは私を食べるのだろうか？ 扁桃体ハイジャックは3つの兆候を示す：強い情動反応、突然の発症、そして反応が不適切だった場合の事後的な認識。 したがって、たとえば「夫婦関係の重要な能力の一つは、パートナーが自分自身の苦しい感情をなだめることを学ぶことである…夫や妻が感情のハイジャックの最中にあるときは、何も前向きに解決されない」。 危険なのは、「パートナーが事実上、敵になったとき、私たちは、脳の大脳辺縁系中枢に留まる感情記憶が、論理や理性の恩恵なしに私たちの反応を支配する『扁桃体ハイジャック』に陥り…それによって、体が『戦うか逃げるか』の反応に入る」
ことである。