東インド諸島の地理的位置は、重要な風系と貿易ルートにまたがっており、その歴史に大きな影響を及ぼしています。
かつて、アジアとオーストラリアを分ける古代の海には島がなかったと、地質学者は考えています。 地球の外層は、地殻変動プレートと呼ばれる多くの硬いブロックに分かれており、地表をゆっくりと移動しています。 東インド諸島の島々の一部は、海底プレートが別のプレートと衝突を始めたときにできたものです。 海底プレートが他のプレートにぶつかり、その熱と動きで地殻の隆起が起こり、その頂点に島ができたのです。 このような地質学的な力は、現在、東インド諸島で見られる間欠泉や活火山、頻発する地震に表れています。
島々の間の海は非常に浅く、潮流が強い。 ほとんどの島々の間を大型船が通ることは難しく、また島々の周囲は遠回りである。 何世紀にもわたって、西からヨーロッパ、アフリカ、アラビア半島、インド、東から中国、日本、アメリカ西部を結ぶ貿易船は、スマトラとマレー半島の間をマラッカ海峡と呼ばれる深い海を通過してきた。
東インド諸島の植物と動物の分布は、他の証拠とともに、科学者に、西の島のいくつかはかつて東南アジア本土と陸でつながっていたと結論づけるようにさせたのである。 ニューギニアはかつてオーストラリアとつながっていました。 マレー半島とスマトラ島、ジャワ島、バリ島、ボルネオ島の間の比較的浅い海は、水深90メートルにも満たない。 これらの島々には、トラ、サイ、類人猿など、本土の動物が生息しています。 一方、東側の島々では、オーストラリアと同じような動物が生息しています。 この区分けは、1869年に博物学者アルフレッド・ラッセル・ウォレスが地図にまとめて発表した「ウォレス線」と呼ばれるものである。 ウォレスは、鳥類が島々の間で種を変えながら広がっていく様子を研究し、チャールズ・ダーウィンとは別に進化論に到達したのである。 赤道直下の気候は一般に高温多湿であるため、このようなことが起こる。 雨量は年間100〜150インチ（250〜380センチメートル）である。 海抜は年間を通じて80〜90度（26〜32度）である。 しかし、島は山がちで、多くの場所が山の陰に隠れているため、雨はほとんど降らないか、季節的な雨にしかならない。 標高の高い山や高原では亜熱帯気候になり、標高10,000フィート（3,050m）以上の山では冷涼な気候で、雪も降ることがある。 より北にある島々は、降雨パターンがモンスーン風の影響を強く受ける。
19世紀に蒸気船が開発されるまで、移り変わる風は貿易と航海に非常に重要であった。 商人は北東モンスーンに乗って中国からスマトラ島まで航海し、倉庫に商品を保管し、インドや中近東からの貨物を引き受けた。 そして、南西モンスーンに乗って中国に戻り、インドから到着した商人たちは荷物を下ろし、倉庫にある中国の荷物を積み込み、次の北東モンスーンとともにインドに戻るというものである。 こうしてインドでは都市と帝国が栄えたのである
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