Building a Character Matrix

Jen here –

絶滅した動物の形態学的データを、進化の歴史を推測するのに利用する方法を理解したいと思いませんか? これらの木は、種の分布、古生態学、変化率などに関するさまざまな大進化の疑問を検証する枠組みとして使用することができます! 各ステップがどのように行われるかを説明するための舞台を用意することができればと思います。 まず最初に、文字行列を構築する。

具体的な作業に入る前に、進化、系統、およびこの分野のすべての基本用語について少し考えておくことをお勧めします。 The Compleat Cladist を読み進めることをお勧めします。 A Primer of Phylogenetic Procedures」を読むことをお勧めします。 これは事実上、用語や概念などを説明するワークブックです！

これは完全なガイドではなく、プログラムを探求し、テスト文字行列を生成するためのセットアップです！

ステップ 1: 研究グループについて学ぶ

これには多くの読書と、興味のある動物の歴史に潜ることが必要でしょう。 これは簡単な場合もあれば、非常に難しい場合もあります。 あまり深く考えないようにしますが、どこから始めればよいのか忘れがちです。 私なら、まずGoogle Scholarを使って、興味のあるグループに加えて、進化、形態、系統について調べます。 それから、図書館に行って、自分よりずっと古い文献のリストを持って、本当にディープダイブを始める必要があるでしょう。 考え方は時代とともに変化するので、考え方がどのように変化してきたかを知るために、最初から始めることは本当に価値があるのです！

重要なことは、相同性についても学び、自分の生き物の相同な要素を理解するように努力することです。 相同性とは、単純に共通の祖先から受け継いだことによる類似性のことです。 相同性の理解や評価は、対象とするグループによって異なることがあります。 例えば、棘皮動物は以前からこのように考えられており、いくつかの方式がある。 体全体や各要素のつながりを考慮したもの、口の周りの特定の板を見るより具体的なアプローチなどです。 これらは相互に排他的なものではなく、互いに協調して使用することができます。 もうひとつ覚えておいていただきたいのは、自分の方が正しいと思い込んでいる人がいることです。 ただ、自分自身の意見や考えを形成するために、自分自身の下調べをするようにしてください。

ステップ2：情報を整理する

これにはいくつかの方法があり、単純にExcelやGoogle Sheetsに情報を保存することもできますし、キャラクターデータのキュレーション用に設計されたプログラムを使用することも可能です。 私はこれにはMesquiteを使用しています。 Mesquite は、

進化生物学のためのモジュール式で拡張可能なソフトウェアで、生物学者が生物に関する比較データを整理して分析するのに役立つように設計されています。 系統解析に重点を置いていますが、集団遺伝学に関連するモジュールや、非系統的な多変量解析を行うモジュールもあります。 モジュール化されているため、利用できる分析はインストールされているモジュールに依存します。”

文字の記述、新しい分類群の追加、分類群の削除、樹のインポートまたは描画、異なるツリートポロジでの文字の変化を簡単に見ることができます。

サイド ツール バーがあり、マトリックスの修正を簡単に開始できます。 つまり、分類名を変更したり、分類を追加したり、文字を変更したり、文字を追加したり、好きなものを削除したり、他にもたくさんありますが、私はまだあまりいじっていません! 初めて使う人は、偽のマトリックスでしばらく時間をかけて、いろいろと試してみることをお勧めします。 一旦、かなりの量のデータセットをここに入れたら、どんなミスもしないのが一番です!