cDNAは一本鎖か二本鎖か？ – (2006年2月9日)

こんにちは、
他のところで質問をしたのですが、回答がなかったので、ここに投稿したいと思います、くだらない質問で申し訳ありませんが、私は本当に混乱しています！
あるところで、cDNAについて戸惑うことを読みました。 cDNAは二本鎖なのか一本鎖なのか知りたいのですが。
cDNAは逆転写酵素によるmRNAのコピーであることは知っているので、理論的には一本鎖なのでしょうか、それとも私の間違いでしょうか。
Thanks for your feedback

RT-PCR、3’または5’RACEなどほとんどの場合、一本鎖cDNA（一本鎖cDNA）を使用しますが、ライブラリー構築やRDA/SSH分析用のcDNAを準備する場合、二本鎖cDNAを生成するために二本鎖合成工程が追加されることがあります。

hi
2つのことを区別する必要があります：
一般的にcDNAは、mRNAの塩基配列にほぼ対応するDNA分子です。
RT PCR : mRNA分子を逆転写し、一本鎖のcDNAにする。 この後、RNaseがmRNA分子を除去し、一本鎖のcDNA分子が得られます。 次のステップは古典的なPCRなので、expは一本鎖でOK（そして、対応するDNA分子の2本目の鎖の合成に相当する最初のステップで、本当のcDNA分子を復元する）
正しくはcDNAは二本鎖分子だが、RTPCRの逆転写分子を設計する際も便宜上cDNAが使われている。 ハーフcDNAや一本鎖cDNAと命名されるべきです。
cDNAは短縮名です。

一方、cDNAはcomplementary DNAの略で、RNA分子に相補的な塩基配列を持つ一本鎖DNA分子と定義され、研究室でmRNAから逆転写によって合成されることが多いのですが、この分子はcDNAと呼ばれています。…

つまり、cDNAはPCR反応を行うまで一本鎖なのですね。 では、この場合、Taq DNA Polymerase はどのようにして一本鎖から二本目の相補鎖を作るのでしょうか？

PCRでは、1つのプライマーが1本のDNAに結合します（そのため、最初のステップは必ず94℃程度で変性させ、2本鎖を1本鎖に分離させます）。 RT反応による1本目のcDNAの場合、1回目の反応では1つのプライマーしか結合しない…。 つまり、PCRの最初の増幅ラウンドは対数的ではなく、単に2本目のcDNAを合成する。 その後のラウンド（ラウンド2〜ラウンドn）では、フォワードプライマーとリバースプライマーの両方が、変性した二本鎖鋳型に結合するので、対数的な増幅が行われます。
最初のラウンドでは、結合するのはフォワードプライマーだと思うのですが…。 これは、mRNA＝ゲノムの順鎖、1本目のcDNA＝mRNAの相補体（あるいはゲノムの逆鎖と同じ）だからだと思います
どなたか私の論理を確認してください、混乱しています。
ie: mRNA sequence=forward strand=gDNA の 5′-3′ sequence (just with U not T)???
HTH

Thank you for all, it is more clear for me now.

そうですね、イントロンに遭遇するまではそうですよね？
NCBIで既知のmRNAの配列を調べて、ゲノムヒットを回収し、配列を比較すれば、それが本当かどうかがわかります。

そうですね、イントロンをスキップする必要がありますね
テストするには良い方法のようですね。後で機会があれば試してみて、お知らせします。