中国では紀元前500年から存在していたそうです。 1630年にはすでに500以上の品種が記載されていた。 ヨーロッパ、特にオランダでは17世紀半ばから知られていたが、一般に普及したのは19世紀に入ってからである。 菊は中国で初めて薬用植物として評価されました。
中国最古の医学資料『神農本草経』（近世）では上薬に分類され、不老不死の探求に関わる製品の一つとなっています。 “長期間の使用で、血と気の阻害を解除し、身体を緩和し、老化を遅らせ、寿命を延ばす “と古典には書かれています。 「体を軽くする」ことは、空を飛んで「雲に乗る」ことができる仙人の境地に達するための目標だったのだ。 金・唐の時代（紀元5世紀頃）からは、菊は観賞用植物として鑑賞されるようになり、食用としても利用され続けました。 劉蒙,:296-97は「菊花論」(菊譜),:242で、菊をその色によって分類しています：通常のものは黄色で、次に白、紫、最後に赤が来ます。 また、龍門石窟の仏殿の近くにある庭園で観察できる栽培品種を35種挙げている。 16世紀には、有名な医師で薬草学者の李時珍が『医事大論』の中で、100種類の品種を報告している。 彼は「熱と毒を取り除く」、「視力を改善する」などの薬効があるとしている。 1630年には500品種以上、20世紀初頭には約2000品種を調査しています。
ヨーロッパで初めて菊に言及したのは、1689年のヤコブス・ブレイニウス（Jacob Breyn）の『Prodromus Plantarum Rariorum』です。 この商人兼植物学者は、Matricaria japonica maximaについて、八重咲きでピンクや薄紅色の20輪の非常に優雅な花であり、いくつかの品種が存在すると記述しています。 花屋菊の最初の植物学的記述は、トマ・ドーディベール・ド・ラマチュエルによるものである。 1792年、この植物学者は『Journal of Natural History』に、航海士マルセイユ・ブランカールが中国から持ち帰った、紫色の大きな花をつける栽培植物について、「大きな花をつけるカモミール」、Anthemis grandifloraという名で記述している。 彼はこの花を、小さな黄色の花をつけるリンネのChrysanthemum indicumと区別するよう主張している。 また、ノートでこの花をChrysanthemum morifoliumと呼ぶことを提案している。 1789年にブランカードが中国から持ち帰ったこの最初の栽培植物から、その後（1846年に中国から、1863年に日本から）持ち帰った植物から、ヨーロッパで何千もの栽培品種や交配種が作られることになる。
著者のウィルヘルム・ミラーは、「花屋によくある菊（C. hortorum）は、丈夫な屋外種と区別するために、しばしば『大輪の菊』『秋菊』と呼ばれる」と書いている。 中国や日本に自生するC. indicumとC. morifoliumをブレンドして作られたものである。 露地栽培用の菊は、同じ種から派生したもので、あまり発達していないものである。 花屋の菊は必ずしもガラス温室の対象ではない」
19世紀以来ヨーロッパに存在する1000種以上の品種は、多数の品種に分かれている。 最も古いグループとしてのインディクム交配種は、キク科の菊（Chrysanthemum indicum）を親としている
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