Condemned 2: Bloodshotは、初代Condemnedの出来事から11ヵ月後が舞台となります。 メトロ・シティのホームレスの間で狂気の暴力と集団精神病を引き起こす謎の現象は悪化するばかりで、街中で大規模な暴動が勃発していた。 主人公のEthan Thomasは、Serial Killer Xの捜査の後、FBIの連続犯罪課を辞め、ホームレス、暴力、アルコール依存症という悪循環に陥っている。
ファレル局長の命令で、イーサンはかつての恩師マルコム・ヴァンホーン殺害事件を捜査するため、再びSCUに採用される。 彼はかつてのパートナー、ローザに助けられ、敵対するSCUの戦術的司令官であるエージェント・ドルランドに指揮を任される。 イーサンの捜査の過程で、彼は宿敵シリアルキラーXがまだ生きていることを発見する。初代『Condemned』のラストで頭を撃たれた後、叔父のマルコム・ヴァンホーンに看病され、健康を回復していたのだ。 その頃、彼は、「Serial Killer X」がマルコム・ヴァンホーンとメトロシティの市長レイチェル・マーズを殺し、ファレル長官を誘拐していたことを知る。 ローザは、彼らが人類のすべての犯罪、戦争、憎しみの源であると理論化している。
シリアルキラーXは、オロについて学んだ後、彼らの音波能力を利用したいと考えており、現在この能力を得るためにオロのメンバーを殺害し解剖している。 マース市長、ファレル長官、ドーラン捜査官など、社会的地位の高い人物が多数所属しており、以前考えられていたよりもはるかに強力な組織である。 オロはSCUも支配しており、その秘密を知ったドルランドとその戦術チームはイーサンを殺そうとする。 イーサンは、ローザやSCU捜査官ピアス・ルルー、さらにはシリアルキラーXの助けを借りて応戦するが、SCUは「未来の投資」と称してイーサンを救う。
マルコム バンホーンは、生涯をかけてオロと戦ってきたが、最後の真実を明らかにするビデオテープのメッセージをイーサンに残す。 イーサンは “救済者 “であり、”完璧に進化した “声帯を持ち、オロの金属インプラントなしでオロの音波パワーを発生させることができる、長い間予言されていた存在である。 イーサンの能力はオロよりも強力で、肉や骨を破壊することができる。 レメディは「オロのそれに対抗する声」となる運命にある。 そのため、ドーランド捜査官とオロはイーサンの死を望んでいる。 イーサンを殺すのではなく、リクルートすることを望むオロの分派の一部であるファレル長官は、二人がドーランド捜査官に追い詰められた後、イーサンの音波の力を解放するために自分の命を犠牲にします。
イーサンは半島に進み、オロが秘密基地を持っており、そこから街全体を監視しコントロールしている人工地塊に向かいます。 イーサンは音波の力でオロのメンバーを倒し、オロの機械を破壊して街を支配し、崩壊する半島でドルランドと音波による決闘に挑む。 そして、崩壊した半島でドルランドと音波による決闘が行われる。 知らず知らずのうちに我々の守護者となるため」だという。 イーサンは、彼らが何から守っているのかと問うが、答えは返ってこない。 そしてイーサンは、ドルランドは自分では気づいていない、操り人形に過ぎないと結論付け、元司令官は死地へと投げ出される。 イーサンはローザ、ルルーと共にヘリで脱出し、ルルーの酒の誘いを断り眠りにつく。 一方、米国の大統領は、大統領がOro.Finallyのメンバーであったことを示唆して、 “救済は私たちの間である！”というメッセージを受信した後、見かけ上の心臓発作に苦しんでいるシリアルキラーXは、Oroダークプライマリに外観が似て、彼の口の中にOro金属移植を受けて示されており、最初のCondemned.
の最後にイーサンは戦い、殺さOroメンバー “ラスボス”。