La etiqueta FLAG, o el octapéptido FLAG, o el epítopo FLAG, es una etiqueta proteica polipeptídica que puede añadirse a una proteína mediante la tecnología del ADN recombinante, y que tiene el motivo de secuencia DYKDDDDK (donde D=ácido aspártico, Y=tirosina y K=lisina). Es una de las etiquetas más específicas y es un antígeno artificial para el que se han desarrollado anticuerpos monoclonales específicos de alta afinidad, por lo que puede utilizarse para la purificación de proteínas mediante cromatografía de afinidad y también puede utilizarse para localizar proteínas dentro de células vivas. Se ha utilizado para separar la proteína recombinante y sobreexpresada de la proteína de tipo salvaje expresada por el organismo anfitrión. También puede utilizarse en el aislamiento de complejos proteicos con múltiples subunidades, ya que su suave procedimiento de purificación tiende a no alterar dichos complejos. Se ha utilizado para obtener proteínas de suficiente pureza y calidad para llevar a cabo la determinación de la estructura 3D mediante cristalografía de rayos X.
Una etiqueta FLAG puede utilizarse en muchos ensayos diferentes que requieren el reconocimiento de un anticuerpo. Si no existe ningún anticuerpo contra una proteína determinada, la adición de una etiqueta FLAG a una proteína permite estudiarla con un anticuerpo contra la secuencia FLAG. Algunos ejemplos son los estudios de localización celular por inmunofluorescencia, inmunoprecipitación o detección por electroforesis de proteínas SDS PAGE y Western blot.
La secuencia peptídica de la etiqueta FLAG desde el N-terminal hasta el C-terminal es: DYKDDDDK (1012 Da). Además, puede utilizarse en tándem, comúnmente el péptido 3xFLAG: DYKDHD-G-DYKDHD-I-DYKDDDDK (con la etiqueta final que codifica un sitio de corte de la enteroquinasa). Puede fusionarse con el C-terminal o el N-terminal de una proteína, o insertarse dentro de una proteína. Algunos anticuerpos disponibles en el mercado (por ejemplo, M1/4E11) reconocen el epítopo sólo cuando está presente en el N-terminal. Sin embargo, otros anticuerpos disponibles (por ejemplo, M2) son insensibles a la posición. El residuo de tirosina en la etiqueta FLAG puede estar sulfatado, lo que puede afectar al reconocimiento del epítopo FLAG por parte de los anticuerpos. La etiqueta FLAG puede utilizarse junto con otras etiquetas de afinidad, por ejemplo una etiqueta de polihistidina (etiqueta His), una etiqueta HA o una etiqueta myc.